Analyse des Dotplots

Im Dotplot wird die mögliche Basenpaarung eines RNA-Strangs dargestellt. Jedes Paar wird durch ein verschieden gefärbtes Quadrat visualisiert. Die Größe und Farbe eines Punktes dient als Richtschnur für die Bewertung des Basenpaares. Je größer ein Punkt ist, desto häufiger sind Basen an dieser Stelle gepaart. Die Farbe wird anhand der Anzahl unterschiedlicher Basenpaare zwischen den betrachteten Sequenzpositionen festgelegt.

Farbcodierung
Farbe	Bedeutung
rot	zwei gleiche Nucleotide
ocker	zwei verschiedene Basenpaare
grün	drei verschiedene Basenpaare
türkis	vier verschiedene Basenpaare
blau	fünf verschiedene Basenpaare
violett	sechs verschiedene Basenpaare

Je mehr die Farbe eines Punktes ins Blaue oder Violette geht, desto besser also für die Analyse der Sekundärstruktur.

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