Durchführung

Im Vorfeld wurden bereits alle zu diesem Zeitpunkt annotierten miRNAs gegen eine umfangreiche Auswahl von Genomen geblastet. Der Blastoutput bildete die Grundlage für das weitere Arbeiten. Anhand dessen wurden chromosomenweise akkumulierte Fenster aus den entsprechenden Genomen heraus geschnitten. Zusätzlich wurde das Fenster um 10 nt an beiden Seiten erweitert, da die miRBase Sequenzen möglicherweise zu kurz annotiert worden sind. Für jede Familie wurden die gewonnenen Sequenzen zusammen mit den annotierten miRNAs mittels ClustalW aligniert. Das Alignment wurde im Emacs im ralee-mode ``geputzt``. Dabei wurden Duplikate sowie nicht faltende und nur außerhalb der Mature passende Sequenzen entfernt. Unter Umständen wurde das Alignment noch per Hand verbessert, indem die Sequenzen bzw. Sequenzteile an besser passenden Stellen im Alignment verschoben wurden. Zum Schluß wurde das Alignment an beiden Seiten abgeschnitten, sodass nur die eigentlichen Precursor das Alignment bilden. Aus diesen Alignments wurde mittels SplitsTree phylogentische Bäume erstellt. Mit ihrer Hilfe konnte eine vorläufige Einteilung der Familien in Gruppen vorgenommen werden. Außerdem wurden die zurecht geschnittenen Sequenzen nochmals zurück gegen die Genome geblastet um die genauen Genompostionen herauszufinden. Auf Grundlage der Genompositionen und der phylogentischen Bäume aller Familien eines Clusters konnte die evolutionäre Geschichte des Clusters rekonstruiert werden. Basierend auf der Theorie der zwei Genomduplikationen bei Vertebraten und der zusätzlichen Duplikation bei Teleost Fischen konnten die Stammbäume interpretiert werden [3] [5].

Abbildung: Übersicht über Arbeitsablauf
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