t0157

T0157

Das zu untersuchende CASP5 Target T0157 beschreibt das Protein yqgF des Bakteriums E. coli und besitzt eine Länge von 138 Aminosären.

Domainidentifikation

genutzte Server: blast

Es werden keine signifikanten Domainen in der Blast-Datenbank gefunden. Somit erübrigt sich auch die Suche nach Sequenz-Sequenz Homologen.

Suche von Sequenz-Struktur Homologen (fold recognition)

genutzte Software: Fugue

Es werden 3 signifikante Alignments gefunden.

1HJR - RuvC resolvase from E. coli: Z-score=5.06
1GSO - Glycinamide Ribonucleotide Synthetase (Gar-Syn) from E. coli.: Z-score=4.06
1O9G - Rrna Methyltransferase Avira From Streptomyces Viridochromogenes At 1.5A: Z-score=3.70

Die RuvC resolvase, die als Modell für die weitere Strukturanalyse dienen soll, besteht aus 4 Ketten. Das Alignment mit dem Target T0157 zeigt, dass die Strukturüberlagerung in der Kette D erfolgt.

Modeller

genutzte Software: Modeller 6v2

Die für den Modeller benötigten Eingabedaten

pir-file (Alignment der Struktur des Modells gegen Zielsequenz mit FUGUE berechnet und anschliessend leicht modifiziert)
pdb-file des Modells 1HJR
Startscript

erzeugen das pdb-file für das Target T0157.

Kontrolle des erhaltenen Ergebnisses auf seine Glaubwürdigkeit:

genutzte Software: ProFit v2.2

Der Vergleich der Aminosäuren 6 bis 143 der Modellstruktur 1HJR (pdb-file) mit der Targetstruktur T0157 ergibt einen RMS-Wert von 11.46. Da der RMS-Wert grösser als der Grenzwert 10 ist, wird dieser Modellansatz wieder verworfen.

weitere Suche von Sequenz-Struktur Homologen (fold recognition)

genutzte Software: 3dpssm

Es werden 2 signifikante Alignments gefunden.

1IV0 - Solution Structure Of The yqgF-Family Protein: E-value=1.81e-06
1HJR - RuvC resolvase from E. coli: E-value=0.208 (fold family is Ribonuclease H-like motif)

Als bestes Alignment erhalten wir unsere Targetsequenz und als zweitbestes Alignment dasselbe Modell 1HJR wie mit Fugue.

FAZIT

Nachdem mit Blast kein signifikantes Sequenzalignment gefunden wurde, ergaben die Strukturalignments sowohl mit Fugue als auch mit 3dpssm die grösste Übereinstimmung mit 1HJR. Dieses Modell erwies sich aber als ungenügend für die Strukturvorhersage der Targets T0157.