t0142

T0142

Das zu untersuchende CASP5 Target T0142 beschreibt das Protein Nitrophorin des Organismus Cimex lectularius und besitzt eine Länge von 282 Aminosären.

Domainidentifikation

genutzte Server: blast

3 vermeintlich konservierte Domainen wurden gefunden:

IPPc, Inositol polyphosphate phosphatase: Score=108, E-value=9e-25
COG5411, Phosphatidylinositol 5-phosphate phosphatase: Score=92.0, E-value=8e-20
pfam03372, Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family: Score=69.7, E-value=4e-13

In der Grafik kann man auch die Transmembranregion erkennen (hellblau).

Suche von Sequenz-Sequenz Homologen

genutzte Server: blastp

Die Nutzung der Domaine IPPc erzeugt 4 signifikante Alignments.

1I9Y - Chain A, Crystal Structure Of Inositol Polyphosphate: Score=79, E-value=1e-15
1MDC - Fatty Acid Binding Protein: Score=28, E-value=3.0
1B7F - Chain A, Sxl-Lethal ProteinRNA COMPLEX: Score=28, E-value=4.2
3SXL - Chain A, Sex-Lethal Rna Recognition Domains 1 And 2 From Drosophila: Score=28, E-value=5.2

Das Alignment des target T0142 mit der ersten Sequenz (grün in der Grafik) ergibt einen guten Score, so dass diese Sequenz als Modell für die Strukturanalyse dienen soll. Der zu verwendende PDB_Code lautet 1I9Y.

Modeller

genutzte Software: Modeller 6v2

Die für den Modeller benötigten Eingabedaten

pir-file (Alignment der Struktur des Modells gegen Zielsequenz mit FUGUE berechnet und anschliessend leicht modifiziert)
pdb-file des Modells 1I9Y
Startscript

erzeugen das pdb-file für das Target T0134.

Kontrolle des erhaltenen Ergebnisses auf seine Glaubwürdigkeit:

genutzte Software: ProFit v2.2

Der Vergleich der Aminosären 552 bis 838 der Modellstruktur 1I9Y (pdb-file) mit der Targetstruktur T0142 ergibt einen RMS-Wert von 19.512. Dieser ist bedeutend grösser als der Grenzwert 10, weswegen auf ein schlechtes Modell zu schliessen ist.
Das Modell 1I9Y wird verworfen.

Suche von Sequenz-Struktur Homologen (fold recognition)

genutzte Software: 3dpssm

Es werden 2 signifikante Alignments gefunden.

1I9Y - Chain A, Crystal Structure Of Inositol Polyphosphate: E-value=6.46e-16 (fold family exist not in SCOP)
1AKO - DNA-repair enzyme exonuclease III from Escherichia coli: E-value=0.0183 (fold family is DNase I-like)

Als bestes Alignment erhalten wir dasselbe Modell 1I9Y wie mit Blast. Daher verwenden wir im folgenden das zweitbeste Modell, das den pdb-Code 1AKO besitzt.

Modeller

genutzte Software: Modeller 6v2

Die für den Modeller benötigten Eingabedaten

pir-file (Alignment der Struktur des Modells gegen Zielsequenz mit FUGUE berechnet und anschliessend leicht modifiziert)
pdb-file des Modells 1AKO
Startscript

erzeugen das pdb-file für das Target T0134.

Kontrolle des erhaltenen Ergebnisses auf seine Glaubwürdigkeit:

genutzte Software: ProFit v2.2

Der Vergleich der Modellstruktur 1AKO (pdb-file) mit den Aminosären 15 bis 282 der Targetstruktur T0142 ergibt einen RMS-Wert von 12.042. Obwohl dieses Modell somit besser als das erste Modell ist, ist der RMS-Wert immer noch grösser als der Grenzwert 10.

FAZIT

Es konnte sowohl durch das Sequenz-Sequenz- als auch durch das Sequenz-Struktur-Alignment mit den Proteindatenbanken von Blast und 3dpssm kein genügend gutes Modell zur Vorhersage der Proteinstruktur des Targets T0142 gefunden werden.