# STOCKHOLM 1.0 BACTERIAL Val #=GC CS 2445664..2.2............2.2.54425.......52445.....36422.......224634665442.... #=GC BP +++++++..++++..........++++.+++++.......+++++.....+++++.......++++++++++++.... tdbD3106|Acholeplasma_laidlawii|2148|Val|TAC GGAGGATTAGCTCAGTTGGG--AGAGCACCTGCCTTACAAGCAGGGGGTCGGCGGTTCAAGCCCGTCATCCTCCACCA tdbD11228|Acinetobacter_sp._ADP1|62977|Val|TAC GGGCGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGTCTGCCTTACAAGCAGAATGTCGGCGGTTCGATCCCGTCAGCGCCCACCA tdbD10940|Agrobacterium_tumefaciens_str._C58|176299|Val|TAC GGGCGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCCTCGTTTACACCGAGGATGTCGGGAGTTCGAGTCTCTCATCGCCCACCA tdbD10906|Aquifex_aeolicus_VF5|224324|Val|TAC AGGCGGGTAGCTCAGTTGGG--AGAGCGCCGCCCTTACAAGGCGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGCCCCGCCTACCA tdbD3124|Azospirillum_lipoferum|193|Val|TAC GGAGGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAGCCCGCCATCCTCCACCA tdbD11229|Bacillus_anthracis_str._A2012|191218|Val|GAC GATCCCGTAGCTCAGCAGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCTCCGGGATCA--- tdbD11159|Bacillus_anthracis_str._Ames|198094|Val|GAC GATCCCGTAGCTCAGCAGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCTCCGGGATCA--- tdbD11180|Bacillus_anthracis_str._Sterne|260799|Val|GAC GATCCCGTAGCTCAGCAGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCTCCGGGATCA--- tdbD11208|Bacillus_cereus_ATCC_10987|222523|Val|GAC GATCCCGTAGCTCAGCAGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCTCCGGGGTCA--- tdbD11130|Bacillus_cereus_ATCC_14579|226900|Val|GAC GATCCCGTAGCTCAGCAGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGCTGGTTCGAGACCAGTCGGGGTCA--- tdbD11099|Bacillus_halodurans_C-125|272558|Val|GAC GATCCGTTAGCTCAGTTGGG--AGAGCGCTACCTTGACAGGGTAGAGGTCACTGGTTCGAGCCCAGTACGGGTCA--- tdbD3120|Bacillus_sp._PS3|2334|Val|TAC GGAGGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCACTTGCCTTACAAGCAAGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCCTCCACCA tdbD10836|Bacillus_subtilis_subsp._subtilis_str._168|224308|Val|GAC GATTCCGTAGCTCAGCTGGG--AGAGCGCTACCTTGACAGGGTAGAGGTCGCTGGTTCGAGCCCAGTCGGAATCA--- tdbD11230|Bacillus_thuringiensis_serovar_konkukian_str._97-27|281309|Val|GAC GATCCCGTAGCTCAGCAGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGTGAGTTCGAACCTCTCCGGGGTCA--- tdbD11155|Bacteroides_thetaiotaomicron_VPI-5482|226186|Val|TAC GGGCGCTTAGCTCAGCTGGTTCAGAGCATCTGGTTTACACCCAGAGGGTCGGGGGTTCGAATCCCTCAGCGCCCA--- tdbD11160|Bartonella_henselae_str._Houston-1|283166|Val|GAC GGGCGTGTAGCTCAGC-GGG--AGAGCACTACGTTGACATCGTAGGGGTCACAGGTTCAATCCCTGTCACGCCCACCA tdbD11234|Bartonella_quintana_str._Toulouse|283165|Val|GAC GGGCGTGTAGCTCAGC-GGG--AGAGCACTACGTTGACATCGTAGGGGTCACAGGTTCGATCCCTGTCACGCCCACCA tdbD11163|Bdellovibrio_bacteriovorus_HD100|264462|Val|TAC AGGGAGTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCCACCCTTACAAGGTGGATGTCGCAGGTTCGAATCCTGTACTCCCTACCA tdbD11074|Bifidobacterium_longum_NCC2705|206672|Val|TAC GGGCAATTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCGCCACCTTTACACGGTGGATGTCGGGGGTTCGAGTCCCTCATTGCCCA--- tdbD10876|Borrelia_burgdorferi_B31|224326|Val|TAC GGGCTCATAGCTCAGTTGGTC-AGAGCGCCTGCCTTACAAGCAGGATGTCGGGAGTTCGAATCTCTCTGGGCCCA--- tdbD11181|Borrelia_garinii_PBi|290434|Val|TAC GGGCTCATAGCTCAGTTGGTC-AGAGCGCCTGCCTTACAAGCAGGATGTCGGGAGTTCGAATCTCTCTGGGCCCA--- tdbD11105|Bradyrhizobium_japonicum_USDA_110|224911|Val|GAC GGGCACGTAGCTCAGC-GGG--AGAGCACTACCTTGACATGGTAGGGGTCACAGGTTCGATCCCTGTCGTGCCCACCA tdbD10923|Brucella_melitensis_16M|224914|Val|TAC GGGCGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCTTCGTTTACACCGAAGATGTCGGGAGTTCGAGTCTCTCATCGCCCACCA tdbD11078|Brucella_suis_1330|204722|Val|TAC GGGCGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCTTCGTTTACACCGAAGATGTCGGGAGTTCGAGTCTCTCATCGCCCACCA tdbD10839|Buchnera_aphidicola_str._APS_(Acyrthosiphon_pisum)|107806|Val|GAC ACGTTCGTAGCTCAATTGGTT-AGAGCGCTACCATGACATGGTAGAAGTTAGTGGTTCAAGTCCACTCGAACGTA--- tdbD11131|Buchnera_aphidicola_str._Bp_(Baizongia_pistaciae)|224915|Val|TAC GGGTGATTAGCTCAATTGGT--AGAGCATCTCCTTTACACGGAGAAGGTCGGCGGTTCGAGACCGTCATCACCCA--- tdbD11039|Buchnera_aphidicola_str._Sg_(Schizaphis_graminum)|198804|Val|GAC ACGTTCGTAGCTCAATAGGTT-AGAGCATTACCATGACATGGTAGAGGTTAGTGGTTCAAGTCCACTCGAACGTA--- tdbD10878|Campylobacter_jejuni_subsp._jejuni_NCTC_11168|192222|Val|TAC GGTCGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCCACCCTTACAAGGTGGATGTCATAAGTTCGAGTCTTATAGTGACCACCA tdbD11237|Candidatus_Blochmannia_floridanus|203907|Val|TAC AGGTGATTAGCTCAATAGGT--AGAGTATCTCTCTTACAAGGAGAAGGTCGGCGGTTCAAATCCGCCATCACCTA--- tdbD11172|Candidatus_Protochlamydia_amoebophila_UWE25|264201|Val|TAC GGGCGTATAGCTCAGTTGGT--AGAGCTCCTGTCTTACACACAGGTGGTCATAGGTTCGAGTCCTTTTGCGCCCA--- tdbD10880|Caulobacter_crescentus_CB15|190650|Val|GAC GGACGCGTAGCTCAGC-GGG--AGAGCACTACGTTGACATCGTAGGGGTCACAGGTTCAATCCCTGTCGCGTCCACCA tdbD10915|Chlamydia_muridarum_Nigg|243161|Val|TAC GGATGCGTAGCTCAGC-GGTT-AGAGCACCTGTCTTACACACAGGGGGTCATAGGTTCAAATCCTGTCGTGTCCA--- tdbD10833|Chlamydia_trachomatis_D/UW-3/CX|272561|Val|TAC GGATGCGTAGCTCAGC-GGTT-AGAGCACCTGTCTTACACACAGGGGGTCATAGGTTCAAATCCTGTCGTGTCCA--- tdbD10829|Chlamydophila_pneumoniae_AR39|115711|Val|TAC GGATGCGTAGCTCAGC-GGTT-AGAGCACCTGTCTTACACACAGGGGGTCATAGGTTCAAATCCTGTCGTGTCCA--- tdbD10831|Chlamydophila_pneumoniae_CWL029|115713|Val|TAC GGATGCGTAGCTCAGC-GGTT-AGAGCACCTGTCTTACACACAGGGGGTCATAGGTTCAAATCCTGTCGTGTCCA--- tdbD10858|Chlamydophila_pneumoniae_J138|138677|Val|TAC GGATGCGTAGCTCAGC-GGTT-AGAGCACCTGTCTTACACACAGGGGGTCATAGGTTCAAATCCTGTCGTGTCCA--- tdbD11031|Chlorobium_tepidum_TLS|194439|Val|GAC GGGCGGTTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCGCTACCTTGACACGGTAGAGGTCAGAAGTTCGAATCTTCTATCGCCCA--- tdbD10919|Clostridium_acetobutylicum_ATCC_824|272562|Val|TAC GGGCGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCACAGGTTCGAGCCCTGTAATGCCCA--- tdbD10913|Clostridium_perfringens_str._13|195102|Val|TAC GGTCGCATAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTGCCTTACAAGCAGGGGGTCACAGGTTCGATCCCTGTTGCGACCACCA tdbD11106|Clostridium_tetani_E88|212717|Val|TAC GGGCGCATAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTGCCTTACAAGCAGGGGGTCACAGGTTCGAGCCCTGTTGTGCCCACCA tdbD11164|Corynebacterium_diphtheriae_NCTC_13129|257309|Val|CAC GGTCCTATGGCTCAGT-GGA--AGAGCGTTCCGTTCACACCGGAAAGGTCGCTGGTTCGATCCCAGCTAGGACCA--- tdbD11081|Corynebacterium_efficiens_YS-314|196164|Val|CAC GGTCCTATGGCTCAGT-GGA--AGAGCGTTCCGTTCACACCGGAAAGGTCGCTGGTTCGAACCCAGCTAGGACCA--- tdbD11043|Corynebacterium_glutamicum_ATCC_13032|196627|Val|CAC GGTCCTATGGCTCAGT-GGA--AGAGCGTTCCGTTCACACCGGAAAGGTCGCTGGTTCGAACCCAGCTAGGACCA--- tdbD11127|Coxiella_burnetii_RSA_493|227377|Val|TAC GGGTGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGTCGCCCTTACAAGGCGAATGTCGGGGGTTCGAATCCCTCAGCACCCA--- tdbD10882|Deinococcus_radiodurans_R1|243230|Val|CAC GGGCGGTTAGCTCAGT-GGT--AGAGCATTCGCTTCACACGCGAAGGGTCGTAGGTTCAAGTCCTATACCGCCCACCA tdbD11212|Desulfovibrio_vulgaris_subsp._vulgaris_str._Hildenborough|882|Val|TAC GGGCGGTTAGCTCAGCTGGT--AGAGCGTCGGCCTTACAAGCCGAATGCCGGGGGTTCGATCCCCTCACCGCCCACCA tdbD11107|Enterococcus_faecalis_V583|226185|Val|TAC GGAGGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTGCCTTACAAGCAGGGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCA--- tdbD11134|Escherichia_coli_CFT073|199310|Val|GAC GCGTTCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCA tdbD10859|Escherichia_coli_K12|83333|Val|GAC GCGTTCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCA tdbD10862|Escherichia_coli_O157:H7|83334|Val|GAC GCGTTCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCA tdbD10866|Escherichia_coli_O157:H7_EDL933|155864|Val|GAC GCGTTCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCA tdbD11034|Fusobacterium_nucleatum_subsp._nucleatum_ATCC_25586|190304|Val|TAC GGTCGCATAGCTCAGTTGGG--AGAGCACCTGCCTTACAAGCAGGGGGTCATAGGTTCAAGTCCTATTGCGACCACCA tdbD11184|Geobacter_sulfurreducens_PCA|243231|Val|TAC GGGCGAATAGCTCAGCTGGG--AGAGCGCCAGCCTTACAAGCTGGATGTCGGGGGTTCGATCCCCTCTTCGCCCACCA tdbD10874|Haemophilus_influenzae_Rd_KW20|71421|Val|GAC GCGACTATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCACTGGTTCGAGTCCAGCTAGTCGCACCA tdbD10871|Helicobacter_pylori_26695|85962|Val|TAC GGTCGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCTACCCTTACAAGGTAGATGTCATAAGTTCGAGTCTTATAGCGACCACCA tdbD10873|Helicobacter_pylori_J99|85963|Val|TAC GGTCGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCTACCCTTACAAGGTAGATGTCATAAGTTCGAGTCTTATAGCGACCACCA tdbD3116|Lactobacillus_delbrueckii_subsp._bulgaricus|1585|Val|TAC GGAGGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCACAGGTTCGAGCCCTGTATCCTCCA--- tdbD11185|Lactobacillus_johnsonii_NCC_533|257314|Val|TAC GGAGGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGGAGGTCACAGGTTCGAGCCCTGTATCCTCCA--- tdbD11109|Lactobacillus_plantarum_WCFS1|220668|Val|TAC GGAGGATTAGCTCAGTTGGG--AGAGCGTCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCACAGGTTCGAGCCCTGTATCCTCCA--- tdbD11188|Leifsonia_xyli_subsp._xyli_str._CTCB07|281090|Val|TAC GGGCCTTTAGCTCAGCTGGT--AGAGCGCCACGTTTACACCGTGGATGTCGTCGGTTCGAACCCGGCAAGGCCCA--- tdbD11083|Leptospira_interrogans_serovar_Lai_str._56601|189518|Val|TAC GGGCGATTAGCTCAGCTGGT--AGAGCGCCTGCCTTACAAGCAGGATGTCGGCAGTTCGATCCTGTCATCGCCCA--- tdbD10907|Listeria_innocua_Clip11262|272626|Val|TAC GGAGGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCA--- tdbD10910|Listeria_monocytogenes_EGD-e|169963|Val|TAC GGAGGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCA--- tdbD11213|Listeria_monocytogenes_str._4b_F2365|265669|Val|TAC GGAGGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCA--- tdbD11216|Mesoplasma_florum_L1|265311|Val|TAC GGAGTGCTAGCTCAGTTGGG--AGAGCTCCTGCCTTACAAGCAGGCGGTCAGCGGTTCGAGCCCGTTGCACTCCACCA tdbD10926|Mesorhizobium_loti_MAFF303099|266835|Val|GAC GGGCGTGTAGCTCAGC-GGG--AGAGCACTGCATTGACATTGCAGGGGTCACAGGTTCAATCCCTGTCACGCCCACCA tdbD11123|Mycobacterium_bovis_AF2122/97|233413|Val|CAC GGTCCCGTGGCTCAGT-GGG--AGAGCGTCCGCTTCACACGCGGAAGGTCGCTGGTTCGATCCCAGCCGGGACCA--- tdbD10855|Mycobacterium_leprae_TN|272631|Val|TAC GGGCGCGTAGCTCAGT-GGT--AGAGCTCTGGTTTTACACACCAGCGGTCGGCGGTTCGATACCGTCCGCGCCCACCA tdbD10841|Mycobacterium_tuberculosis_CDC1551|83331|Val|CAC GGTCCCGTGGCTCAGT-GGG--AGAGCGTCCGCTTCACACGCGGAAGGTCGCTGGTTCGATCCCAGCCGGGACCA--- tdbD11169|Mycobacterium_tuberculosis_H37Rv|83332|Val|CAC GGTCCCGTGGCTCAGT-GGG--AGAGCGTCCGCTTCACACGCGGAAGGTCGCTGGTTCGATCCCAGCCGGGACCA--- tdbD3103|Mycoplasma_capricolum|2095|Val|TAC GGAGTGTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCTCCTGCCTTACAAGCAGGCGGTCATAGGTTCAAGTCCTATACACTCCACCA tdbD11121|Mycoplasma_gallisepticum_R|233150|Val|TAC GGAGTGTTAGCTCAGGTGGG--AGAGCATATGCCTTACAAGCATAGGGTCGGGGGTTCGATCCCCTCACACTCCACCA tdbD10885|Mycoplasma_genitalium_G37|243273|Val|TAC GGATTGTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATATGCCTTACAAGCATAGGGTCGGGGGTTCGATCCCCTCACAATCCACCA tdbD3104|Mycoplasma_mycoides|2102|Val|TAC GGAGTGTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCTCCTGCCTTACAAGCAGGCGGTCATAGGTTCAAGTCCTATACACTCCACCA tdbD10886|Mycoplasma_pneumoniae_M129|272634|Val|TAC GGATTGTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATATGCCTTACAAGCATAGGGTCGGGGGTTCGATCCCCTCACAATCCACCA tdbD10939|Mycoplasma_pulmonis_UAB_CTIP|272635|Val|TAC GGAAGATTAGCTCAGTTGGG--AGAGCATCGCCCTTACAAGGCGAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCTCATCTTCCACCA tdbD10846|Neisseria_meningitidis_MC58|122586|Val|TAC GGGTGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGTCTGCCTTACAAGCAGAATGTCGGCGGTTCGACTCCGTCATCACCCACCA tdbD10848|Neisseria_meningitidis_Z2491|122587|Val|TAC GGGTGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGTCTGCCTTACAAGCAGAATGTCGGCGGTTCGACTCCGTCATCACCCACCA tdbD11152|Nitrosomonas_europaea_ATCC_19718|228410|Val|TAC GGGTGCTTAGCTCAGCTGGT--AGAGCGTCGCCCTTACAAGGCGAATGTCGGGGGTTCGATCCCCTCAGCACCCACCA tdbD10938|Nostoc_sp._PCC_7120|103690|Val|GAC GGACGTATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCGCTACGTTGACATCGTAGAGGTCACTGGTTCGAATCCAGTTACGTCCA--- tdbD11086|Oceanobacillus_iheyensis_HTE831|221109|Val|GAC GATTCCGTAGCTCAGTTGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGTTGGTTCGAGCCCAATCGGAATCA--- tdbD11167|Onion_yellows_phytoplasma_OY-M|262768|Val|TAC AGAGGATTAGCTCAGTTGGG--AGAGCGTCTGCCTTACAAGCAGAATGTCGGGGGTTCAAGTCCCTCATCCTCTACCA tdbD10887|Pasteurella_multocida_subsp._multocida_str._Pm70|272843|Val|GAC GCGACTATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCACTGGTTCGAGTCCAGCTAGTCGCACCA tdbD11174|Photorhabdus_luminescens_subsp._laumondii_TTO1|243265|Val|GAC GCGTCCGTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCA tdbD11190|Porphyromonas_gingivalis_W83|242619|Val|TAC GGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCATAGGTTCGAATCCTATTGGGCCCA--- tdbD11217|Propionibacterium_acnes_KPA171202|267747|Val|GAC GGGCGGTTGGCGCAGT-GGT--AGCGCGCTTCCCTGACACGGAAGAGGTCGCCAGTTCAAACCTGGCATCGCCCA--- tdbD10892|Pseudomonas_aeruginosa_PAO1|208964|Val|GAC AGGCACGTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAATCCAATCGTGCCTACCA tdbD11157|Pseudomonas_syringae_pv._tomato_str._DC3000|223283|Val|TAC GGGTGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCAGCTGCCTTACAAGCAGCGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA tdbD10934|Ralstonia_solanacearum_GMI1000|267608|Val|TAC GGGTGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGGCGCCCTTACAAGGCGTAGGTCGGGAGTTCGAGCCTCTCAGCACCCACCA tdbD11150|Rhodopirellula_baltica_SH_1|243090|Val|GAC GGGCGATTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCGCCACGTTGACATCGTGGAGGTCACAGATTCGAGTTCTGTATCGCCCA--- tdbD11175|Rhodopseudomonas_palustris_CGA009|258594|Val|GAC GGGCGCGTAGCTCAGC-GGG--AGAGCACCTCGTTGACATCGAGGGGGTCACAGGTTCGATCCCTGTCGCGCCCACCA tdbD10920|Rickettsia_conorii_str._Malish_7|272944|Val|GAC GGGTGATTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCATTACGTTGACATCGTAAAGGTCGGTGGTTCGAGCCCACTATCACTCACCA tdbD11041|Rickettsia_prowazekii_str._Madrid_E|272947|Val|GAC GGGTGATTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCATTACGTTGACATCGTAAAGGTCAGTGGTTCGAGTCCACTATCACCCACCA tdbD11192|Rickettsia_typhi_str._Wilmington|257363|Val|TAC GGGCGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGTATCTCGTTTACACCGAGAATGTCGGCGGTTCAAGTCCGTCATCGCCCACCA tdbD10942|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._CT18|220341|Val|GAC GCGTTCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCA tdbD11145|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._Ty2|209261|Val|GAC GCGTTCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCA tdbD10932|Salmonella_typhimurium_LT2|99287|Val|TAC GGGTGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA tdbD11094|Shewanella_oneidensis_MR-1|211586|Val|TAC GGTCGCTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCACTGGTTCGATCCCAGTAGCGACCACCA tdbD11095|Shigella_flexneri_2a_str._301|198214|Val|TAC GGGTGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA tdbD10946|Sinorhizobium_meliloti_1021|266834|Val|TAC GGGCGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCCTCGTTTACACCGAGGATGTCGGGAGTTCGAGTCTCTCATCGCCCACCA tdbD11178|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MRSA252|282458|Val|TAC GGAGAATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCA tdbD11045|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MW2|196620|Val|TAC GGAGAATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCA tdbD10852|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_N315|158879|Val|TAC GGAGAATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCA tdbD11110|Staphylococcus_epidermidis_ATCC_12228|176280|Val|TAC GGAGAATTAGCTCAGTTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCA tdbD11097|Streptococcus_agalactiae_2603V/R|208435|Val|TAC GGGAGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACTCCCA--- tdbD11046|Streptococcus_agalactiae_NEM316|211110|Val|TAC GGGAGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACTCCCA--- tdbD11098|Streptococcus_mutans_UA159|210007|Val|TAC GGGAGTTTAGCTCAGTTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGAGCCCGTTAACTCCCA--- tdbD10917|Streptococcus_pneumoniae_TIGR4|170187|Val|TAC GGGAGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACTCCCA--- tdbD10916|Streptococcus_pyogenes_M1_GAS|160490|Val|TAC GGGAGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACTCCCA--- tdbD11047|Streptococcus_pyogenes_MGAS315|198466|Val|TAC GGGAGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACTCCCA--- tdbD11125|Streptococcus_pyogenes_SSI-1|193567|Val|TAC GGGAGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACTCCCA--- tdbD11142|Streptomyces_avermitilis_MA-4680|227882|Val|CAC GGGCGATTAGCTCAGT-GGG--AGAGCGCTTCGTTCACACCGAAGAGGTCACTGGTTCGAACCCAGTATCGCCCA--- tdbD11087|Streptomyces_coelicolor_A3(2)|100226|Val|CAC GGGCGATTAGCTCAGT-GGG--AGAGCGCTTCGTTCACACCGAAGAGGTCACTGGTTCGAACCCAGTATCGCCCA--- tdbD3112|Streptomyces_lividans|1916|Val|GAC GCGCGATTAGCTCAGC-GGG--AGAGCGCTTCCCTGACACGGAAGAGGTCACTGGTTCAATCCCAGTATCGCGCA--- tdbD11196|Symbiobacterium_thermophilum_IAM_14863|292459|Val|TAC GGTCGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCACGTGCTTTACACGCATGGGGTCGGGGGTTCGAGTCCCTCAGCGACCACCA tdbD10895|Synechocystis_sp._PCC_6803|1148|Val|TAC GGGCGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCCTGCCTTACAAGCAGGATGTCGGCGGTTCGAGCCCGTCATCGCCCA--- tdbD11057|Thermoanaerobacter_tengcongensis_MB4|273068|Val|GAC GGGGTCATAGCTCAGCTGGTT-AGAGCGCTACGTTGACATCGTAGAGGCCACAGGTTCAAGTCCTGTTGACCCCACCA tdbD11050|Thermosynechococcus_elongatus_BP-1|197221|Val|GAC GGACGCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACGTTGACATCGTGGGGGTCACTGGTTCGAGTCCAGTTGTGTCCA--- tdbD10898|Thermotoga_maritima_MSB8|243274|Val|TAC GGGAGCGTAGCTCAGG-GGA--AGAGCGCCTGCCTTACAAGCAGGAGGTCGTAGGTTCAAGTCCTGCCGCTCCCACCA tdbD11220|Thermus_thermophilus_HB27|262724|Val|GAC GGGCGCGTAGCTCAGGTGGCT-AGAGCACTACCTTGACACGGTAGGGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCGCGCCCACCA tdbD11223|Treponema_denticola_ATCC_35405|243275|Val|GAC GGGCAATTAGCTCAGTTGGTT-AGAGTACAAGCATGACACGCTTGGGGTCACTGGTTCGATTCCAGTATTGCCCA--- tdbD10891|Treponema_pallidum_subsp._pallidum_str._Nichols|243276|Val|TAC GGGCGCTTAGCTCAGC-GGGC-AGAGCGCTTGGTTTACACCCAAGAGGTCAGCGGTTCAAACCCGTTAGCGCCCA--- tdbD11113|Tropheryma_whipplei_str._Twist|203267|Val|GAC GGGCGATTGGCGCAGT-GGT--AGCGCGCTTCCTTGACACGGAAGAGGTCACTGGTTCGAGTCCAGTATCGCCCA--- tdbD11116|Tropheryma_whipplei_TW08/27|218496|Val|GAC GGGCGATTGGCGCAGT-GGT--AGCGCGCTTCCTTGACACGGAAGAGGTCACTGGTTCGAGTCCAGTATCGCCCA--- tdbD10856|Ureaplasma_parvum_serovar_3|38504|Val|TAC GGAGTGCTAGCTCAGTTGGG--AGAGCATTTGCCTTACAAGCAAAGGGTCAGGGGTTCGAGTCCCTTGCACTCCACCA tdbD10849|Vibrio_cholerae_O1_biovar_El_Tor_str._N16961|243277|Val|GAC GCGTCTATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTTAGACGCACCA tdbD11226|Wolbachia_endosymbiont_of_Drosophila_melanogaster|163164|Val|TAC GGGCAATTAGCTCAGCTGGT--AGAGCATCTCGTTTACACCGAGGAGGTCGGCAGTTCAAGTCTGTCATTGCCCA--- tdbD11063|Xanthomonas_axonopodis_pv._citri_str._306|190486|Val|GAC GGGCGGTTAGCTCAGC-GGT--AGAGCACTACCTTGACATGGTAGGGGTCACAGGTTCGAACCCTGTACCGCCCACCA tdbD11060|Xanthomonas_campestris_pv._campestris_str._ATCC_33913|190485|Val|GAC GGGCGGTTAGCTCAGC-GGT--AGAGCACTACCTTGACATGGTAGGGGTCACAGGTTCGAACCCTGTACCGCCCACCA tdbD10900|Xylella_fastidiosa_9a5c|160492|Val|GAC GGGCGGTTAGCTCAGT-GGT--AGAGCACTACCTTGACATGGTAGGGGTCACAGGTTCGAACCCTGTACCGCCCACCA tdbD11118|Xylella_fastidiosa_Temecula1|183190|Val|TAC GGGTGCTTAGCTCAGC-GGT--AGAGCGTCTCCCTTACAAGGAGAGGGCCGGGGGTTCGAAACCCTCAGCACCCACCA tdbD11197|Yersinia_pestis_biovar_Microtus_str._91001|229193|Val|GAC GCGTCCGTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGATGGTTCGAGTCCATTCGGACGCACCA tdbD10928|Yersinia_pestis_CO92|214092|Val|GAC GCGTCCGTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGATGGTTCGAGTCCATTCGGACGCACCA tdbD11069|Yersinia_pestis_KIM|187410|Val|GAC GCGTCCGTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGATGGTTCGAGTCCATTCGGACGCACCA tdbD11200|Yersinia_pseudotuberculosis_IP_32953|273123|Val|GAC GCGTCCGTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGATGGTTCGAGTCCATTCGGACGCACCA #=GC SS_cons (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... #=GC SN 0000000..1111..........1111.22222.......22222.....33333.......333330000000.... #=GF CS 78 columns, 21 paired, 19 covariant; 4 stems //