Locus 94

Sequence ID pao.2374
Location 4,444,680 – 4,444,919
Length 239
Max. P 0.997388
window484 window485 window486 window487 window488

overview

Window 4

Location 4,444,680 – 4,444,762
Length 82
Sequences 6
Columns 83
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 70.88
Mean single sequence MFE -35.38
Consensus MFE -22.33
Energy contribution -21.83
Covariance contribution -0.50
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -3.09
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 2.85
SVM RNA-class probability 0.997388
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2374 4444680 82 - 6264404
GUGAGCCGUCGCCAACAGCGCCGAGCCAGGACAGUUAC-CCCAGAAGGGAGGUCGACGGGCCUCCCUUUUUCUUUGCCCGCGA
(((.((((.(((.....))).)).))..((.(((....-...((((((((((((....))))))))))))...)))))))).. ( -30.20)
>pf5.3295 6190030 80 - 7074893
GUGAGCCGGCGUCAAAAGCGCCGAGCACGGACAAAA---UCUCAAAGGGCGGCCGACGGGCCGCCCUUUUUUAUUGCCUGCGA
......((((((.....)))))).(((.((.(((..---....(((((((((((....)))))))))))....)))))))).. ( -39.00)
>pel.2759 5099022 80 - 5888780
GUGAGCCGGUGUCACAAGCGCCGAGCACGGACGACAAU-UCCCGAAGGGAGGCCGCAAGGCCU-CCCUUUUUUAUACCUGCG-
......((((((.....)))))).(((.((.((.....-...))((((((((((....)))))-))))).......))))).- ( -37.70)
>pfo.2931 5565622 82 - 6438405
GUGAGCCGACGUCAAAAGCGUCGAGCCAGGACGAAGUUCUCUAGAAGGGAGGCCGACGGGUCUCCCUUUUUUCUUGCCCGCG-
(((.((((((((.....)))))).))(((((.((.....)).((((((((((((....)))))))))))).)))))..))).- ( -34.20)
>pss.2638 5186776 77 - 6093698
GUGAGCCAGCGUCAAAAGCGCUGCGCCAGGACGAAG---UAUCUCAAGGGGGCCAUUUGGUC--CCCUUUUCUUUGUCUGCU-
.((.((((((((.....)))))).))))((((((((---......(((((((((....))))--)))))..))))))))...- ( -37.10)
>psp.2565 4998991 77 - 5928787
GUGAGCCAACGUCAAAAGCGUUGCGCCAGGGCGAAG---UAUCUCAAGGGGGCCAUUUGGUC--CCCUUUUCUUUGUCUGCU-
.((.((((((((.....)))))).))))((((((((---......(((((((((....))))--)))))..))))))))...- ( -34.10)
>consensus
GUGAGCCGGCGUCAAAAGCGCCGAGCCAGGACGAAG___UCUCGAAGGGAGGCCGACGGGCCU_CCCUUUUCUUUGCCUGCG_
(((.((((((((.....)))))).)).................(((((((((((....))))).))))))........))).. (-22.33 = -21.83 +  -0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 4,444,762 – 4,444,881
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.75
Mean single sequence MFE -60.10
Consensus MFE -46.31
Energy contribution -45.85
Covariance contribution -0.46
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 1.01
SVM RNA-class probability 0.900534
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2374 4444762 119 + 6264404
CUCACUCCACCUUCUGGGCGGUGUGCAACCCGGAGGCCGGCGCAACCCUG-UAGGGUCGGCGGCCACGGCUGGCCUGAUUGGGCGAGCUGUGAUGGACGAGAUGUCCGGGCCGUGAAUCU
.((((.......((((((..(....)..))))))(((((.(((.((((..-..))))..))).)(((((((.((((....)))).))))))).(((((.....))))))))))))).... ( -59.40)
>pss.2638 5186853 119 + 6093698
CUCAUGCCGUCUUCUGGACAGUAUGUAGCCCGGGGGCCUGACACACCCUG-UCGGGUGGGAGGCCGCGACUGGCCUGAUUCGGCGGGUCGCGCUGGACGCUGUGUCCGGGCAGUGAUUCU
..(((((.(((.....))).)))))..((((((((((((..(.(((((..-..)))))).)))))((((((.(((......))).))))))((.....))....)))))))......... ( -59.70)
>pel.2759 5099102 118 + 5888780
CUCGCGCCGUCUUCUGGACAGUGCGUAGCCCGGGGGCCUGGCGGAUCCUG-UUGGAUGGCCGGCCGCGACCGCCCGUCUGGGGCGCGUCGCCGUGGACUG-AUGUCCGGGCAGUGAUUCU
..(((((.(((.....))).)))))..(((((((((((.(((.(.(((..-..)))).)))))))((((((((((.....))))).))))).........-...)))))))......... ( -62.90)
>ppk.2774 5437709 117 + 6181863
CUCACACCGUCUUCUGGAGGGUGUGUAGCCCGGGGGCCUG-CAGAUCCUG-UUGGAUGGCCGGCCGCGACCGCCCGCCUAGGGCGCGUCGCCGUGGACUG-AUGUCCGGGCAGUGAUUCU
..((((((.((.....)).))))))..(((((((((((.(-(..((((..-..)))).)).))))((((((((((.....))))).))))).........-...)))))))......... ( -63.50)
>pf5.3295 6190110 119 + 7074893
CUCACUCCGUCUUCUGGACAGUGUGUAGCCCGGGGGCCGGCUCAACCCUG-UGGGAUUGGCGGCCGCGGCAGGCCUGAUUCGGCGGGCCGCAGUGGACUCUAUGUCCGGGCAGUGAUUCU
.(((((..(((.....)))........((((((((((((.(.((((((..-.))).)))))))))(((((..(((......)))..))))).............)))))))))))).... ( -54.80)
>pfo.2931 5565704 120 + 6438405
CUCACGCCGUCUUCUGGACAGUGUGCAGCUCGGGGGCCGGCACAACCCCGGUGGGGGUGGCGGCCGCGGCGGGCCGGAUUGGGCGGGCCGCAGUGGACUGUGUUACCGAGCAGUGAUUCU
..(((((.(((.....))).)))))..((((((.(((((.(((..((((...))))))).)))))(((((..(((......)))..)))))..............))))))......... ( -60.30)
>consensus
CUCACGCCGUCUUCUGGACAGUGUGUAGCCCGGGGGCCGGCCCAACCCUG_UGGGAUGGGCGGCCGCGACCGGCCGGAUUGGGCGGGCCGCAGUGGACUGUAUGUCCGGGCAGUGAUUCU
..(((((.(((.....))).)))))..(((((((((((.(((...(((.....)))..)))))))(((((..(((......)))..))))).............)))))))......... (-46.31 = -45.85 +  -0.46)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 4,444,762 – 4,444,881
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.75
Mean single sequence MFE -56.75
Consensus MFE -47.70
Energy contribution -45.98
Covariance contribution -1.71
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -2.79
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.79
SVM RNA-class probability 0.977262
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2374 4444762 119 - 6264404
AGAUUCACGGCCCGGACAUCUCGUCCAUCACAGCUCGCCCAAUCAGGCCAGCCGUGGCCGCCGACCCUA-CAGGGUUGCGCCGGCCUCCGGGUUGCACACCGCCCAGAAGGUGGAGUGAG
.......(((((((((.............((.(((.(((......))).))).))((((((((((((..-..)))))).).))))))))))))))(((.(((((.....))))).))).. ( -55.90)
>pss.2638 5186853 119 - 6093698
AGAAUCACUGCCCGGACACAGCGUCCAGCGCGACCCGCCGAAUCAGGCCAGUCGCGGCCUCCCACCCGA-CAGGGUGUGUCAGGCCCCCGGGCUACAUACUGUCCAGAAGACGGCAUGAG
.........((((((.....((.....))(((((..(((......)))..)))))(((((.((((((..-..))))).)..))))).))))))..(((.(((((.....))))).))).. ( -54.40)
>pel.2759 5099102 118 - 5888780
AGAAUCACUGCCCGGACAU-CAGUCCACGGCGACGCGCCCCAGACGGGCGGUCGCGGCCGGCCAUCCAA-CAGGAUCCGCCAGGCCCCCGGGCUACGCACUGUCCAGAAGACGGCGCGAG
.........((((((((..-..))))...(((((.(((((.....))))))))))(((((((.((((..-..))))..))).))))...))))..(((.(((((.....))))).))).. ( -60.40)
>ppk.2774 5437709 117 - 6181863
AGAAUCACUGCCCGGACAU-CAGUCCACGGCGACGCGCCCUAGGCGGGCGGUCGCGGCCGGCCAUCCAA-CAGGAUCUG-CAGGCCCCCGGGCUACACACCCUCCAGAAGACGGUGUGAG
.........((((((((..-..))))...(((((.(((((.....))))))))))((((.((.((((..-..))))..)-).))))...))))..((((((.((.....)).)))))).. ( -57.80)
>pf5.3295 6190110 119 - 7074893
AGAAUCACUGCCCGGACAUAGAGUCCACUGCGGCCCGCCGAAUCAGGCCUGCCGCGGCCGCCAAUCCCA-CAGGGUUGAGCCGGCCCCCGGGCUACACACUGUCCAGAAGACGGAGUGAG
....(((((((((((((.....))))...(((((..(((......)))..)))))((((((((((((..-..)))))).).)))))...))))......(((((.....)))))))))). ( -57.90)
>pfo.2931 5565704 120 - 6438405
AGAAUCACUGCUCGGUAACACAGUCCACUGCGGCCCGCCCAAUCCGGCCCGCCGCGGCCGCCACCCCCACCGGGGUUGUGCCGGCCCCCGAGCUGCACACUGUCCAGAAGACGGCGUGAG
.........((((((..............(((((..(((......)))..)))))(((((.(((((((...))))..))).))))).))))))..(((.(((((.....))))).))).. ( -54.10)
>consensus
AGAAUCACUGCCCGGACAUACAGUCCACCGCGACCCGCCCAAUCAGGCCAGCCGCGGCCGCCCACCCAA_CAGGGUUGGGCAGGCCCCCGGGCUACACACUGUCCAGAAGACGGCGUGAG
.........((((((..............(((((..(((......)))..)))))(((((..(((((.....)))))....))))).))))))..(((.(((((.....))))).))).. (-47.70 = -45.98 +  -1.71)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 7

Location 4,444,802 – 4,444,919
Length 117
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.16
Mean single sequence MFE -49.12
Consensus MFE -34.58
Energy contribution -35.30
Covariance contribution 0.72
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.91
SVM RNA-class probability 0.879599
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2374 4444802 117 + 6264404
CGCAACCCUG-UAGGGUCGGCGGCCACGGCUGGCCUGAUUGGGCGAGCUGUGAUGGACGAGAUGUCCGGGCCGUGAAUCUGGGUAAAAGAAUACGUCGCCAGGCGCGACCAAUGAUUG
(((.((((..-..((((..((((((((((((.((((....)))).))))))..(((((.....)))))))))))..))))))))..........(((....))))))........... ( -49.40)
>pss.2638 5186893 117 + 6093698
ACACACCCUG-UCGGGUGGGAGGCCGCGACUGGCCUGAUUCGGCGGGUCGCGCUGGACGCUGUGUCCGGGCAGUGAUUCUGUUUAAAAGAAUAGGCCUGAGGCUAAGGCAGAAGAUUG
...(((((..-..)))))(..(((.((((((.(((......))).)))))))))...)(((..((((((((....(((((.......)))))..))))).)))...)))......... ( -50.20)
>pf5.3295 6190150 117 + 7074893
CUCAACCCUG-UGGGAUUGGCGGCCGCGGCAGGCCUGAUUCGGCGGGCCGCAGUGGACUCUAUGUCCGGGCAGUGAUUCUGGUGAUAAGAAUAGGCGCGCAGCGAAGACAGAGGAUUG
..(((.(((.-((...((.((((((......)))).......(((.(((((..(((((.....))))).))....(((((.......))))).))).))).)).))..)).))).))) ( -45.30)
>pfo.2931 5565744 118 + 6438405
CACAACCCCGGUGGGGGUGGCGGCCGCGGCGGGCCGGAUUGGGCGGGCCGCAGUGGACUGUGUUACCGAGCAGUGAUUCUGGUGAUAAGAAUAGGCCCGGAGCCGCGACAGAUGAUUG
.....((((...))))((.(((((.....((((((..((((..(((..(((((....)))))...)))..)))).(((((.......))))).))))))..))))).))......... ( -49.10)
>psp.2565 4999108 117 + 5928787
GCACACCCUG-UUGGGUGGGAGGCCGCGACUGGCCUGAUUCGGCGAGUCGCGCUGGACGCUGUGUCCGGGCAGUGAUUCUGGUUAAAAGAAUAGGCCUGAGGCGAAGGCAGAGGAUUG
...(((((..-..)))))..(((((((((((.(((......))).))))))((..((((((((......))))))..))..))..........)))))...((....))......... ( -52.10)
>pst.2860 5433146 115 + 6397126
GCACACCCUG-UUGGGUGGGAGGCCGCAACUGGCCUGAUUUGGCGAGU--CGCUGGACGCUGUGUCCGGGCAGUGAUUCUGUUUAAAAGAAUAGGCCUGAGGCAGUGGCAGGGGAUUG
((.(((((..-..)))))..((((((....))))))......)).(((--(.((...((((((.((.((((....(((((.......)))))..)))))).))))))...)).)))). ( -48.60)
>consensus
CCAAACCCUG_UGGGGUGGGAGGCCGCGACUGGCCUGAUUCGGCGAGCCGCGCUGGACGCUGUGUCCGGGCAGUGAUUCUGGUUAAAAGAAUAGGCCUGAAGCCAAGACAGAGGAUUG
...(((((.....)))))..(((((((((((.(((......))).))))))..(((((.....))))).......(((((.......))))).))))).................... (-34.58 = -35.30 +   0.72)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 4,444,802 – 4,444,919
Length 117
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.16
Mean single sequence MFE -41.11
Consensus MFE -28.95
Energy contribution -28.23
Covariance contribution -0.72
Combinations/Pair 1.42
Mean z-score -2.30
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 1.82
SVM RNA-class probability 0.978584
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2374 4444802 117 - 6264404
CAAUCAUUGGUCGCGCCUGGCGACGUAUUCUUUUACCCAGAUUCACGGCCCGGACAUCUCGUCCAUCACAGCUCGCCCAAUCAGGCCAGCCGUGGCCGCCGACCCUA-CAGGGUUGCG
.((((....(((((.....)))))(((......)))...))))..(((((.((((.....))))...((.(((.(((......))).))).))))))).((((((..-..)))))).. ( -42.60)
>pss.2638 5186893 117 - 6093698
CAAUCUUCUGCCUUAGCCUCAGGCCUAUUCUUUUAAACAGAAUCACUGCCCGGACACAGCGUCCAGCGCGACCCGCCGAAUCAGGCCAGUCGCGGCCUCCCACCCGA-CAGGGUGUGU
.........(((...((....(((..(((((.......)))))....))).((((.....)))).))(((((..(((......)))..))))))))....(((((..-..)))))... ( -39.50)
>pf5.3295 6190150 117 - 7074893
CAAUCCUCUGUCUUCGCUGCGCGCCUAUUCUUAUCACCAGAAUCACUGCCCGGACAUAGAGUCCACUGCGGCCCGCCGAAUCAGGCCUGCCGCGGCCGCCAAUCCCA-CAGGGUUGAG
(((((((.((........(((.(((.(((((.......)))))........((((.....))))...(((((..(((......)))..)))))))))))......))-.))))))).. ( -39.94)
>pfo.2931 5565744 118 - 6438405
CAAUCAUCUGUCGCGGCUCCGGGCCUAUUCUUAUCACCAGAAUCACUGCUCGGUAACACAGUCCACUGCGGCCCGCCCAAUCCGGCCCGCCGCGGCCGCCACCCCCACCGGGGUUGUG
.........((((((((...(((((.....(((((..(((.....)))...)))))..(((....))).)))))(((......)))..))))))))(((.(((((....))))).))) ( -46.60)
>psp.2565 4999108 117 - 5928787
CAAUCCUCUGCCUUCGCCUCAGGCCUAUUCUUUUAACCAGAAUCACUGCCCGGACACAGCGUCCAGCGCGACUCGCCGAAUCAGGCCAGUCGCGGCCUCCCACCCAA-CAGGGUGUGC
.........(((...((....(((..(((((.......)))))....))).((((.....)))).))((((((.(((......))).)))))))))....(((((..-..)))))... ( -41.30)
>pst.2860 5433146 115 - 6397126
CAAUCCCCUGCCACUGCCUCAGGCCUAUUCUUUUAAACAGAAUCACUGCCCGGACACAGCGUCCAGCG--ACUCGCCAAAUCAGGCCAGUUGCGGCCUCCCACCCAA-CAGGGUGUGC
.........(((.........(((..(((((.......)))))....))).((((.....)))).(((--(((.(((......))).)))))))))....(((((..-..)))))... ( -36.70)
>consensus
CAAUCCUCUGCCUCCGCCUCAGGCCUAUUCUUUUAACCAGAAUCACUGCCCGGACACAGCGUCCAGCGCGACCCGCCGAAUCAGGCCAGCCGCGGCCGCCCACCCAA_CAGGGUGGGG
.........((((.......)))).......................(((.((((.....))))...(((((..(((......)))..))))))))....(((((.....)))))... (-28.95 = -28.23 +  -0.72)

alignment

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secondary structure

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