Locus 75

Sequence ID pao.2532
Location 4,756,848 – 4,756,978
Length 130
Max. P 0.994688
window425 window426 window427 window428

overview

Window 5

Location 4,756,848 – 4,756,965
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.99
Mean single sequence MFE -40.43
Consensus MFE -33.84
Energy contribution -33.79
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -4.32
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 2.35
SVM RNA-class probability 0.992821
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2532 4756848 117 + 6264404
UCAGAAAAACUCCAAUUGACAGCUACCCUGCGCCCAGGAAGCCAAGAAA--GGGCGCG-GAUAUUAGCGCUGUAAUAGCAAAUAAUCAACCCGGCAGCACACUAGCUGCCGGGUUAUCAC
...((................((((..((((((((..............--)))))))-)....))))((((...))))......))(((((((((((......)))))))))))..... ( -44.54)
>pau.427 5767678 117 - 6537648
UCAGAAAAACUCCAAUUGACAGCUACCCUGCGCCCAGGAAGCCAAGAAA--GGGCGCG-GAUAUUAGCGCUGUAAUAGCAAAUAAUCAACCCGGCAGCACACUAGCUGCCGGGUUAUCAC
...((................((((..((((((((..............--)))))))-)....))))((((...))))......))(((((((((((......)))))))))))..... ( -44.54)
>pfo.2989 5694818 110 + 6438405
--------ACUCCAAUUGACAGCUACC-UACGCCCCGGAAGCCAAGAAAUAGGGCGCGAGAUAAUAUCGCUGUAAUAACAAAUAAUCAACCCGGUAGCGCACUAGCUACCGGGCU-UGAA
--------..........(((((....-..((((((...............))).))).(((...))))))))............(((((((((((((......))))))))).)-))). ( -37.76)
>pf5.3365 6351746 110 + 7074893
--------ACUCCAAUUGACAGCUACC-UACGCCCCGGAAGCCAAGAAAUAGGGCGCGAGAUAAUAUCGCUGUAAUAACAAAUAAUCAACCCGGCAGCGCACUAGCUGCCGGGCU-UGAA
--------..........(((((....-..((((((...............))).))).(((...))))))))............(((((((((((((......))))))))).)-))). ( -39.76)
>ppk.271 5620379 110 - 6181863
--------ACUCCAAUUGACAGCUACC-UACGCCCCGGAAGCCAAGAAAUAGGGCGCGAGAUAAUAUCGCUGUAGAAACGAAUAAUCAACCCAGCAGCACACUAGCUGCUGGGUU-UGAA
--------..................(-((((((((....)..........))))((((.......)))).))))..........(((((((((((((......))))))))).)-))). ( -38.00)
>pel.251 5361940 110 - 5888780
--------ACUCCAAUUGACAGCUACC-UACGCCCCGGAAGCCAAGAAAUAGGGCGCGAGAUAAUAUCGCUGUAGAAACGAAUAAUCAACCCAGCAGCACACUAGCUGCUGGGUU-UGAA
--------..................(-((((((((....)..........))))((((.......)))).))))..........(((((((((((((......))))))))).)-))). ( -38.00)
>consensus
________ACUCCAAUUGACAGCUACC_UACGCCCCGGAAGCCAAGAAAUAGGGCGCGAGAUAAUAUCGCUGUAAUAACAAAUAAUCAACCCGGCAGCACACUAGCUGCCGGGUU_UGAA
..................(((((.......(((((................))))).((.......)))))))..............(((((((((((......)))))))))))..... (-33.84 = -33.79 +  -0.05)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 4,756,848 – 4,756,965
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.99
Mean single sequence MFE -44.31
Consensus MFE -38.90
Energy contribution -38.07
Covariance contribution -0.83
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -3.52
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 2.50
SVM RNA-class probability 0.994688
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2532 4756848 117 - 6264404
GUGAUAACCCGGCAGCUAGUGUGCUGCCGGGUUGAUUAUUUGCUAUUACAGCGCUAAUAUC-CGCGCCC--UUUCUUGGCUUCCUGGGCGCAGGGUAGCUGUCAAUUGGAGUUUUUCUGA
((((((((((((((((......))))))))))).)))))...(((..(((((.....((((-(((((((--..............)))))).))))))))))....)))........... ( -47.94)
>pau.427 5767678 117 + 6537648
GUGAUAACCCGGCAGCUAGUGUGCUGCCGGGUUGAUUAUUUGCUAUUACAGCGCUAAUAUC-CGCGCCC--UUUCUUGGCUUCCUGGGCGCAGGGUAGCUGUCAAUUGGAGUUUUUCUGA
((((((((((((((((......))))))))))).)))))...(((..(((((.....((((-(((((((--..............)))))).))))))))))....)))........... ( -47.94)
>pfo.2989 5694818 110 - 6438405
UUCA-AGCCCGGUAGCUAGUGCGCUACCGGGUUGAUUAUUUGUUAUUACAGCGAUAUUAUCUCGCGCCCUAUUUCUUGGCUUCCGGGGCGUA-GGUAGCUGUCAAUUGGAGU--------
((((-(((((((((((......)))))))))))..............(((((.....(((((.(((((((..............))))))))-)))))))))....))))..-------- ( -41.04)
>pf5.3365 6351746 110 - 7074893
UUCA-AGCCCGGCAGCUAGUGCGCUGCCGGGUUGAUUAUUUGUUAUUACAGCGAUAUUAUCUCGCGCCCUAUUUCUUGGCUUCCGGGGCGUA-GGUAGCUGUCAAUUGGAGU--------
((((-(((((((((((......)))))))))))..............(((((.....(((((.(((((((..............))))))))-)))))))))....))))..-------- ( -43.04)
>ppk.271 5620379 110 + 6181863
UUCA-AACCCAGCAGCUAGUGUGCUGCUGGGUUGAUUAUUCGUUUCUACAGCGAUAUUAUCUCGCGCCCUAUUUCUUGGCUUCCGGGGCGUA-GGUAGCUGUCAAUUGGAGU--------
.(((-(.(((((((((......)))))))))))))...((((.....(((((.....(((((.(((((((..............))))))))-)))))))))....))))..-------- ( -42.94)
>pel.251 5361940 110 + 5888780
UUCA-AACCCAGCAGCUAGUGUGCUGCUGGGUUGAUUAUUCGUUUCUACAGCGAUAUUAUCUCGCGCCCUAUUUCUUGGCUUCCGGGGCGUA-GGUAGCUGUCAAUUGGAGU--------
.(((-(.(((((((((......)))))))))))))...((((.....(((((.....(((((.(((((((..............))))))))-)))))))))....))))..-------- ( -42.94)
>consensus
UUCA_AACCCGGCAGCUAGUGUGCUGCCGGGUUGAUUAUUUGUUAUUACAGCGAUAUUAUCUCGCGCCCUAUUUCUUGGCUUCCGGGGCGUA_GGUAGCUGUCAAUUGGAGU________
.....(((((((((((......)))))))))))..............(((((.....((((..(((((((..............)))))))..))))))))).................. (-38.90 = -38.07 +  -0.83)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 4,756,861 – 4,756,978
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.92
Mean single sequence MFE -43.17
Consensus MFE -33.93
Energy contribution -33.66
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -4.37
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 1.94
SVM RNA-class probability 0.983465
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2532 4756861 117 + 6264404
AAUUGACAGCUACCCUGCGCCCAGGAAGCCAAGAAA--GGGCGCG-GAUAUUAGCGCUGUAAUAGCAAAUAAUCAACCCGGCAGCACACUAGCUGCCGGGUUAUCACGCGUGGAUCACAA
...(((...((((.((((((((..............--)))))))-)......((((((...))))........(((((((((((......))))))))))).....)))))).)))... ( -47.54)
>pau.427 5767691 117 - 6537648
AAUUGACAGCUACCCUGCGCCCAGGAAGCCAAGAAA--GGGCGCG-GAUAUUAGCGCUGUAAUAGCAAAUAAUCAACCCGGCAGCACACUAGCUGCCGGGUUAUCACGCGUGGAUCACAA
...(((...((((.((((((((..............--)))))))-)......((((((...))))........(((((((((((......))))))))))).....)))))).)))... ( -47.54)
>pfo.2989 5694823 115 + 6438405
AAUUGACAGCUACC-UACGCCCCGGAAGCCAAGAAAUAGGGCGCGAGAUAAUAUCGCUGUAAUAACAAAUAAUCAACCCGGUAGCGCACUAGCUACCGGGCU-UGAAGCAC-AAUCAC--
.(((((((((....-..((((((...............))).))).(((...))))))))............(((((((((((((......))))))))).)-)))....)-)))...-- ( -38.76)
>pf5.3365 6351751 115 + 7074893
AAUUGACAGCUACC-UACGCCCCGGAAGCCAAGAAAUAGGGCGCGAGAUAAUAUCGCUGUAAUAACAAAUAAUCAACCCGGCAGCGCACUAGCUGCCGGGCU-UGAAGCAC-AAUCAC--
.(((((((((....-..((((((...............))).))).(((...))))))))............(((((((((((((......))))))))).)-)))....)-)))...-- ( -40.76)
>ppk.271 5620384 116 - 6181863
AAUUGACAGCUACC-UACGCCCCGGAAGCCAAGAAAUAGGGCGCGAGAUAAUAUCGCUGUAGAAACGAAUAAUCAACCCAGCAGCACACUAGCUGCUGGGUU-UGAAGCGCAGAUCAC--
..(((...(((..(-((((((((....)..........))))((((.......)))).))))..........(((((((((((((......))))))))).)-)))))).))).....-- ( -42.20)
>pel.251 5361945 116 - 5888780
AAUUGACAGCUACC-UACGCCCCGGAAGCCAAGAAAUAGGGCGCGAGAUAAUAUCGCUGUAGAAACGAAUAAUCAACCCAGCAGCACACUAGCUGCUGGGUU-UGAAGCGCAGAUCAC--
..(((...(((..(-((((((((....)..........))))((((.......)))).))))..........(((((((((((((......))))))))).)-)))))).))).....-- ( -42.20)
>consensus
AAUUGACAGCUACC_UACGCCCCGGAAGCCAAGAAAUAGGGCGCGAGAUAAUAUCGCUGUAAUAACAAAUAAUCAACCCGGCAGCACACUAGCUGCCGGGUU_UGAAGCGC_GAUCAC__
........((.....(((((((................))))((((.......)))).))).............(((((((((((......))))))))))).....))........... (-33.93 = -33.66 +  -0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 4,756,861 – 4,756,978
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.92
Mean single sequence MFE -46.66
Consensus MFE -39.98
Energy contribution -39.04
Covariance contribution -0.94
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -3.78
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 2.49
SVM RNA-class probability 0.994558
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2532 4756861 117 - 6264404
UUGUGAUCCACGCGUGAUAACCCGGCAGCUAGUGUGCUGCCGGGUUGAUUAUUUGCUAUUACAGCGCUAAUAUC-CGCGCCC--UUUCUUGGCUUCCUGGGCGCAGGGUAGCUGUCAAUU
..(((...)))((((((((((((((((((......))))))))))).)))))..))....(((((.....((((-(((((((--..............)))))).))))))))))..... ( -49.34)
>pau.427 5767691 117 + 6537648
UUGUGAUCCACGCGUGAUAACCCGGCAGCUAGUGUGCUGCCGGGUUGAUUAUUUGCUAUUACAGCGCUAAUAUC-CGCGCCC--UUUCUUGGCUUCCUGGGCGCAGGGUAGCUGUCAAUU
..(((...)))((((((((((((((((((......))))))))))).)))))..))....(((((.....((((-(((((((--..............)))))).))))))))))..... ( -49.34)
>pfo.2989 5694823 115 - 6438405
--GUGAUU-GUGCUUCA-AGCCCGGUAGCUAGUGCGCUACCGGGUUGAUUAUUUGUUAUUACAGCGAUAUUAUCUCGCGCCCUAUUUCUUGGCUUCCGGGGCGUA-GGUAGCUGUCAAUU
--(((((.-..((.(((-(.(((((((((......)))))))))))))......)).)))))...((((((((((.(((((((..............))))))))-))))).)))).... ( -43.14)
>pf5.3365 6351751 115 - 7074893
--GUGAUU-GUGCUUCA-AGCCCGGCAGCUAGUGCGCUGCCGGGUUGAUUAUUUGUUAUUACAGCGAUAUUAUCUCGCGCCCUAUUUCUUGGCUUCCGGGGCGUA-GGUAGCUGUCAAUU
--(((((.-..((.(((-(.(((((((((......)))))))))))))......)).)))))...((((((((((.(((((((..............))))))))-))))).)))).... ( -45.14)
>ppk.271 5620384 116 + 6181863
--GUGAUCUGCGCUUCA-AACCCAGCAGCUAGUGUGCUGCUGGGUUGAUUAUUCGUUUCUACAGCGAUAUUAUCUCGCGCCCUAUUUCUUGGCUUCCGGGGCGUA-GGUAGCUGUCAAUU
--((.(((((((((((.-(((((((((((......))))))))))).................((((.......))))(((.........)))....))))))))-))).))........ ( -46.50)
>pel.251 5361945 116 + 5888780
--GUGAUCUGCGCUUCA-AACCCAGCAGCUAGUGUGCUGCUGGGUUGAUUAUUCGUUUCUACAGCGAUAUUAUCUCGCGCCCUAUUUCUUGGCUUCCGGGGCGUA-GGUAGCUGUCAAUU
--((.(((((((((((.-(((((((((((......))))))))))).................((((.......))))(((.........)))....))))))))-))).))........ ( -46.50)
>consensus
__GUGAUC_GCGCUUCA_AACCCGGCAGCUAGUGUGCUGCCGGGUUGAUUAUUUGUUAUUACAGCGAUAUUAUCUCGCGCCCUAUUUCUUGGCUUCCGGGGCGUA_GGUAGCUGUCAAUU
...((((....((.....(((((((((((......)))))))))))(((...(((((.....)))))....)))..(((((((..............)))))))......)).))))... (-39.98 = -39.04 +  -0.94)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Thu Jan 18 21:11:06 2007