Locus 71

Sequence ID	pao.2541
Location	4,781,786 – 4,781,947
Length	161
Max. P	0.999748

overview

Window 5

Location	4,781,786 – 4,781,906
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.48
Mean single sequence MFE	-45.52
Consensus MFE	-38.17
Energy contribution	-38.37
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-2.17
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.72
SVM RNA-class probability	0.831812
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2541 4781786 120 + 6264404
GGGUUUACUCCUGGAUGUUACCGUUUCGUCCAGCCGGGGCCGGACGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGGUAACCGAAUCGGGAGCACCAUCUGCGUAGGCUUGUGGUUUAAGGCUUGCGCCA
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>pau.418 5792615 120 - 6537648
GGGUUUACUCCUGGAUGUUACCGUUUCGUCCAGCCGGGGCCGGACGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGGUAACCGAAUCGGGAGCACCAUCUGCGUAGGCUUGUGGUUUAAGGCUUGCGCCA
(((......)))((((.....((...(((((.((....)).))))).))....((((((((((((((...)))))))))..)))))))))((((((((((........)))))))))).. ( -49.70)
>ppk.262 5645409 117 - 6181863
--GUUUACUCCUGGUUUUUACCGUUUCAUCUGGCCGAGGCCGGAUGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGGUAAC-GAAUCGGGAGCACCAUCUGCGUGGGCUGAUGUUUUAAGGCUUGCGCCG
--..........(((....)))....((((((((....))))))))......((((((((((((((....)-)))))))..))))))...(((..((((..........))))..))).. ( -47.30)
>pel.242 5386975 117 - 5888780
--GUUUACUCCUGGUUUCUACCGUUUCAUCUGGCCGGAGCCGGAUGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGCGAAC-GAAUCGGGAGCACCAUCUGCGUAGGCUUGAGGUUUAAGGCUUGCGCCG
--..........(((....)))....((((((((....))))))))......((((((((((((((....)-)))))))..))))))...((((((((((........)))))))))).. ( -46.40)
>pfo.2998 5719837 116 + 6438405
---UUAACUCCUGCUUGUUACCGUUUCAUCCGAUCGAAACCGAAUGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGGUAAG-GAACCGGGAGCACCAUCUGCGUAGGCUUGAGGUUUAAGACUUGCGCCG
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>pf5.3374 6376777 116 + 7074893
---UUAACUCCUGCUUGUUACCGUUUCAUCCAACCGGAGCUGGAUGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGGUAAG-GAACCGGGAGCACCAUCUGCGUAGGCUUGAGGUUUAAGACUUGCGUCG
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>consensus
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.......(((((((((.((((((..(((....((((((((........))))))))...)))..))))))...)))))))))........((((((((((........)))))))))).. (-38.17 = -38.37 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	4,781,786 – 4,781,906
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.48
Mean single sequence MFE	-39.10
Consensus MFE	-34.72
Energy contribution	-33.00
Covariance contribution	-1.72
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.79
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	2.18
SVM RNA-class probability	0.989709
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2541 4781786 120 - 6264404
UGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUCGGUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACGUCCGGCCCCGGCUGGACGAAACGGUAACAUCCAGGAGUAAACCC
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>pau.418 5792615 120 + 6537648
UGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUCGGUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACGUCCGGCCCCGGCUGGACGAAACGGUAACAUCCAGGAGUAAACCC
.(((....)))....((((...((....))...))))(((((.(((((((...)))))))..............((((((((....))))))))....((......)).)))))...... ( -44.60)
>ppk.262 5645409 117 + 6181863
CGGCGCAAGCCUUAAAACAUCAGCCCACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC-GUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCGGCCUCGGCCAGAUGAAACGGUAAAAACCAGGAGUAAAC--
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>pel.242 5386975 117 + 5888780
CGGCGCAAGCCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC-GUUCGCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCGGCUCCGGCCAGAUGAAACGGUAGAAACCAGGAGUAAAC--
.(((....)))(((..(((.....((((.....(((((.((..(((((-(....)))))).)))))))......((((.(((....))).)))).....)))).....)))..)))..-- ( -39.30)
>pfo.2998 5719837 116 - 6438405
CGGCGCAAGUCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGGUUC-CUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUUCGGUUUCGAUCGGAUGAAACGGUAACAAGCAGGAGUUAA---
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>pf5.3374 6376777 116 - 7074893
CGACGCAAGUCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGGUUC-CUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCAGCUCCGGUUGGAUGAAACGGUAACAAGCAGGAGUUAA---
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>consensus
CGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC_GUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCGGCCCCGGCCGGAUGAAACGGUAACAACCAGGAGUAAAC__
.(((....)))...........(((........(((((.((..(((((.......))))).)))))))......((((((((....))))))))....)))................... (-34.72 = -33.00 +  -1.72)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	4,781,826 – 4,781,946
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.31
Mean single sequence MFE	-46.65
Consensus MFE	-43.47
Energy contribution	-42.83
Covariance contribution	-0.64
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.28
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	3.34
SVM RNA-class probability	0.999043
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2541 4781826 120 - 6264404
UUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGUGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUCGGUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACGUCCG
(((((((((((((...)))))))))..))))(((((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((((...))))))).))))))).......))).. ( -50.80)
>pau.418 5792655 120 + 6537648
UUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGUGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUCGGUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACGUCCG
(((((((((((((...)))))))))..))))(((((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((((...))))))).))))))).......))).. ( -50.80)
>ppk.262 5645447 119 + 6181863
UUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGGCGCAAGCCUUAAAACAUCAGCCCACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC-GUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCG
(((((((((((((...)))))))))..))))...(((.((((((....)))...........))).)))....(((((.((..(((((-(....)))))).)))))))............ ( -43.40)
>pel.242 5387013 119 + 5888780
UUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGGCGCAAGCCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC-GUUCGCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCG
(((((((((((((...)))))))))..))))...((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((-(....)))))).)))))))............ ( -49.10)
>pfo.2998 5719874 119 - 6438405
UUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGGCGCAAGUCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGGUUC-CUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUUCG
(((((((((((((...)))))))))..))))...((((((((((....)))...........)))))))....(((((((..((((..-...))))....)).)))))............ ( -42.60)
>pf5.3374 6376814 119 - 7074893
UUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGACGCAAGUCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGGUUC-CUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCA
(((((((((((((...)))))))))..))))...((((((((((....)))...........)))))))....(((((((..((((..-...))))....)).)))))............ ( -43.20)
>consensus
UUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC_GUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCG
(((((((((((((...)))))))))..))))...((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((.......))))).)))))))............ (-43.47 = -42.83 +  -0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	4,781,827 – 4,781,947
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.31
Mean single sequence MFE	-46.95
Consensus MFE	-43.77
Energy contribution	-43.13
Covariance contribution	-0.64
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.68
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	4.00
SVM RNA-class probability	0.999748
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2541 4781827 120 - 6264404
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGUGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUCGGUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACGUCC
.(((((((((((((...)))))))))..))))(((((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((((...))))))).))))))).......))). ( -51.10)
>pau.418 5792656 120 + 6537648
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGUGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUCGGUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACGUCC
.(((((((((((((...)))))))))..))))(((((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((((...))))))).))))))).......))). ( -51.10)
>ppk.262 5645448 119 + 6181863
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGGCGCAAGCCUUAAAACAUCAGCCCACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC-GUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCC
.(((((((((((((...)))))))))..))))...(((.((((((....)))...........))).)))....(((((.((..(((((-(....)))))).)))))))........... ( -43.70)
>pel.242 5387014 119 + 5888780
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGGCGCAAGCCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC-GUUCGCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCC
.(((((((((((((...)))))))))..))))...((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((-(....)))))).)))))))........... ( -49.40)
>pfo.2998 5719875 119 - 6438405
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGGCGCAAGUCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGGUUC-CUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUUC
.(((((((((((((...)))))))))..))))...((((((((((....)))...........)))))))....(((((((..((((..-...))))....)).)))))........... ( -42.90)
>pss.2758 5417711 119 - 6093698
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGACGCAAGUCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGGUUC-CUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCU
.(((((((((((((...)))))))))..))))...((((((((((....)))...........)))))))....(((((((..((((..-...))))....)).)))))........... ( -43.50)
>consensus
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC_GUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCC
.(((((((((((((...)))))))))..))))...((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((.......))))).)))))))........... (-43.77 = -43.13 +  -0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Thu Jan 18 21:10:45 2007