Locus 38

Sequence ID pao.2685
Location 5,087,083 – 5,087,199
Length 116
Max. P 0.985897
window192 window193 window194

overview

Window 2

Location 5,087,083 – 5,087,178
Length 95
Sequences 6
Columns 100
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.34
Mean single sequence MFE -30.05
Consensus MFE -28.49
Energy contribution -27.60
Covariance contribution -0.89
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 2.02
SVM RNA-class probability 0.985897
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2685 5087083 95 + 6264404
CCCCGAUUGGAAGUUGGCUCCGCGACCUGGACUCGAACCAGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCGCGGAACG-----UC
..(((((.....))))).((((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..)))))))...-----.. ( -31.20)
>pau.2821 5359550 95 + 6537648
CCCCGAUUGGAAUUUGGCUCCGCGACCUGGACUCGAACCAGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCGCGGAACG-----UC
..((((.......)))).((((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..)))))))...-----.. ( -30.00)
>pel.2694 4976311 92 + 5888780
CCC-----CGAGAUUGGCUCCGCGACCUGGACUCGAACCAGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCGCGGAACU---GAAC
...-----.....(..(.((((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..))))))).).---.).. ( -30.70)
>ppk.352 5448393 92 - 6181863
CCC-----CGAGAUUGGCUCCGCGACCUGGACUCGAACCAGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCGCGGAACU---GAAC
...-----.....(..(.((((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..))))))).).---.).. ( -30.70)
>pfo.2868 5451438 100 + 6438405
CCCCGGUUUGAAAUUGGCUCCGUGACCAGGACUCGAACCUGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCACGGAACUACAUAUU
(((.(((((((..(((((.....).))))...))))))).)))..((((((((.....)))))).((((........))))......))........... ( -28.60)
>pf5.3218 6068421 100 + 7074893
CCCCGAUUUGAAAUUGGCUCCGUGACCAGGACUCGAACCUGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCACGGAACUACAUAUU
..(((((.....))))).((((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..))))))).......... ( -29.10)
>consensus
CCCCGAUUCGAAAUUGGCUCCGCGACCUGGACUCGAACCAGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCGCGGAACU____AUC
..................((((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..))))))).......... (-28.49 = -27.60 +  -0.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 5,087,083 – 5,087,178
Length 95
Sequences 6
Columns 100
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.34
Mean single sequence MFE -31.83
Consensus MFE -32.32
Energy contribution -31.43
Covariance contribution -0.89
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.02
Structure conservation index 1.02
SVM decision value 0.58
SVM RNA-class probability 0.787151
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2685 5087083 95 - 6264404
GA-----CGUUCCGCGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCUGGUUCGAGUCCAGGUCGCGGAGCCAACUUCCAAUCGGGG
..-----.(((((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......)))))))))))))).....(((....))). ( -33.20)
>pau.2821 5359550 95 - 6537648
GA-----CGUUCCGCGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCUGGUUCGAGUCCAGGUCGCGGAGCCAAAUUCCAAUCGGGG
..-----.(((((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......)))))))))))))).....(((....))). ( -33.20)
>pel.2694 4976311 92 - 5888780
GUUC---AGUUCCGCGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCUGGUUCGAGUCCAGGUCGCGGAGCCAAUCUCG-----GGG
....---.(((((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))))........-----... ( -31.90)
>ppk.352 5448393 92 + 6181863
GUUC---AGUUCCGCGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCUGGUUCGAGUCCAGGUCGCGGAGCCAAUCUCG-----GGG
....---.(((((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))))........-----... ( -31.90)
>pfo.2868 5451438 100 - 6438405
AAUAUGUAGUUCCGUGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCAGGUUCGAGUCCUGGUCACGGAGCCAAUUUCAAACCGGGG
........(((((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))))................ ( -30.40)
>pf5.3218 6068421 100 - 7074893
AAUAUGUAGUUCCGUGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCAGGUUCGAGUCCUGGUCACGGAGCCAAUUUCAAAUCGGGG
........(((((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))))................ ( -30.40)
>consensus
GAU____AGUUCCGCGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCUGGUUCGAGUCCAGGUCGCGGAGCCAAUUUCAAAUCGGGG
........(((((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))))................ (-32.32 = -31.43 +  -0.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 5,087,103 – 5,087,199
Length 96
Sequences 6
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.72
Mean single sequence MFE -26.94
Consensus MFE -23.69
Energy contribution -22.80
Covariance contribution -0.89
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.30
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.742472
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2685 5087103 96 + 6264404
CGCGACCUGGACUCGAACCAGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCGCGGAACG-----UCUUUCUUC-CA--------ACCCUGGACGCU-----
((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..)))))...((-----(((......-..--------.....)))))..----- ( -27.32)
>pau.2821 5359570 96 + 6537648
CGCGACCUGGACUCGAACCAGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCGCGGAACG-----UCUUUCUUC-CA--------ACCCUGGACGCU-----
((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..)))))...((-----(((......-..--------.....)))))..----- ( -27.32)
>pel.2694 4976326 107 + 5888780
CGCGACCUGGACUCGAACCAGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCGCGGAACU---GAACUUCGGUA-CAUCUUUACUGCUUCGAAGCCUG----
((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..))))).....---...((((((..-((.......))..))))))....---- ( -29.20)
>ppk.352 5448408 99 - 6181863
CGCGACCUGGACUCGAACCAGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCGCGGAACU---GAACUUCGGUA-CA--------ACUCCGAAGACUG----
((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..))))).....---...((((((..-..--------...))))))....---- ( -31.60)
>pfo.2868 5451458 107 + 6438405
CGUGACCAGGACUCGAACCUGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCACGGAACUACAUAUUUCAAUUUACA--------ACGGUGAAACUUGCAGC
((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..)))))...((.((..(((((.......--------....)))))..)).)). ( -24.40)
>pf5.3218 6068441 103 + 7074893
CGUGACCAGGACUCGAACCUGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCACGGAACUACAUAUUUCAAGUUACA--------ACUUUUUACUUCA----
((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..)))))......................--------.............---- ( -21.80)
>consensus
CGCGACCUGGACUCGAACCAGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCGCGGAACU____AUCUUAAGUA_CA________ACUCUGAACCCUG____
((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..)))))............................................... (-23.69 = -22.80 +  -0.89)

alignment

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