Locus 36

Sequence ID	pao.3269
Location	6,172,084 – 6,172,202
Length	118
Max. P	0.988025

overview

Window 5

Location	6,172,084 – 6,172,193
Length	109
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	72.23
Mean single sequence MFE	-49.03
Consensus MFE	-43.60
Energy contribution	-40.60
Covariance contribution	-3.00
Combinations/Pair	1.55
Mean z-score	-1.57
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	1.91
SVM RNA-class probability	0.982410
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.3269 6172084 109 - 6264404
G-CCCGCAGCGGG-----GCAUGGCCAGGGGACCGGGAUGCGCUGGGUGAGGUCGAUCCGGCGGGUUCCAGGGGUACAGGGAGUACCUCC-UUCG-GGGUCGGGCCAGGC---GAAAACG
.-((((...))))-----((.(((((....(((((((((.((((((((.......)))))))).))))).(((((((.....)))))))(-....-))))).))))).))---....... ( -54.40)
>pf5.58 6979890 112 + 7074893
A-CCCGAGGAGGGCGAGUGCAUGACCAAGGGGCCGGGAUGUUCUGAUCCACGGGUGAUCGGAGUGACCUAGGGGUACAGGGAGUGCCUCC-G-CAAGGGCCGGGUCAGGA-AAGAG----
.-(((.....)))........(((((....(((((((.(..((((((((....).)))))))..).))).(((((((.....)))))))(-.-...))))).)))))...-.....---- ( -42.00)
>pss.169 276442 109 - 6093698
G-CCUGAGGAAGGUACGCGCAUGACCAGGGGGCCGGGACGCGUUGAUCAA--GUGGAUCGGCGUGACCUAGGGGUACAGGGAGUACCUCC-GCCAAGGGCCGGGUCAGGC---AAG----
(-(((.....))))....((.(((((....(((((((.((((((((((..--...)))))))))).))).(((((((.....))))).))-......)))).))))).))---...---- ( -50.20)
>pel.55 5800994 112 + 5888780
GCCCCGAGGACGGGCUGCGCAUGACCAGGGGGCCGGGCCGUUCUGACUGUUGCAGGGUCGGAGUGGCCUAGGGGUACAAGGAGUACCUCC-GCGAUGGGCCGGGUCAGGA---GAG----
((((((....))))..))...(((((....((((((((((((((((((.......)))))))))))))).(((((((.....))))).))-......)))).)))))...---...---- ( -52.20)
>ppk.81 6037643 112 + 6181863
GCCCCGAGGAGGGGUAGCACAUGACCAAGGGGUCGGGCUGCUCUGAUUGUUACAGGACCGGAGUGGCCUAGGGGUACAGGGAGUGCCUCCAGUAAUGGGCCGGGUCAGGA----AA----
(((((.....)))))......(((((....((((((((..(((((...(((....))))))))..)))).(((((((.....)))))))((....)))))).)))))...----..---- ( -48.80)
>pfo.23 47877 115 - 6438405
GGCCCGAGGAAGGCCGGUGCAUGACCAGGGGGCCGGGACGUUCUGACUGUUGCAGGGUCGGAGUGACCUACGGGUACAGGGAGUGCCUGC-GAUGAGGGCCGGGUCAGGGUAAAAG----
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>consensus
G_CCCGAGGAGGGCCAGCGCAUGACCAGGGGGCCGGGACGCUCUGAUUGAUGCAGGAUCGGAGUGACCUAGGGGUACAGGGAGUACCUCC_GCCAAGGGCCGGGUCAGGA___GAG____
.((((.....)))).......(((((....(((((((.((((((((((.......)))))))))).))).(((((((.....)))))))........)))).)))))............. (-43.60 = -40.60 +  -3.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	6,172,091 – 6,172,202
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	72.88
Mean single sequence MFE	-42.92
Consensus MFE	-25.21
Energy contribution	-24.73
Covariance contribution	-0.48
Combinations/Pair	1.45
Mean z-score	-1.31
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.543364
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.3269 6172091 111 + 6264404
-GCCUGGCCCGACCC-CGAA-GGAGGUACUCCCUGUACCCCUGGAACCCGCCGGAUCGACCUCACCCAGCGCAUCCCGGUCCCCUGGCCAUGC-----CCCGCUGCGGG-CGGGGCGGUG
-((((((((.((((.-...(-((.(((((.....))))))))(((...(((.((...........)).)))..))).))))....))))).((-----(((((.....)-))))))))). ( -51.20)
>pf5.58 6979895 112 - 7074893
-UCCUGACCCGGCCCUUG-C-GGAGGCACUCCCUGUACCCCUAGGUCACUCCGAUCACCCGUGGAUCAGAACAUCCCGGCCCCUUGGUCAUGCACUCGCCCUCCUCGGG-UGGUGC----
-...(((((.((((....-(-((((......((((......))))...))))).......(.((((......)))))))))....))))).((((.(((((.....)))-))))))---- ( -39.90)
>pss.169 276445 111 + 6093698
-GCCUGACCCGGCCCUUGGC-GGAGGUACUCCCUGUACCCCUAGGUCACGCCGAUCCAC--UUGAUCAACGCGUCCCGGCCCCCUGGUCAUGCGCGUACCUUCCUCAGG-CCGCAC----
-((((((....(((...)))-((((((((.....)))))...((((.((((.((((...--..))))...((((.((((....))))..))))))))))))))))))))-).....---- ( -41.70)
>pel.55 5800997 114 - 5888780
-UCCUGACCCGGCCCAUCGC-GGAGGUACUCCUUGUACCCCUAGGCCACUCCGACCCUGCAACAGUCAGAACGGCCCGGCCCCCUGGUCAUGCGCAGCCCGUCCUCGGGGCCGCGC----
-...(((((.((((......-((.(((((.....)))))))..((((..((.(((.........))).))..)))).))))....))))).((((.((((.......)))).))))---- ( -47.60)
>ppk.81 6037645 115 - 6181863
-UCCUGACCCGGCCCAUUACUGGAGGCACUCCCUGUACCCCUAGGCCACUCCGGUCCUGUAACAAUCAGAGCAGCCCGACCCCUUGGUCAUGUGCUACCCCUCCUCGGGGCGGCGC----
-...(((((.((((...(((.((((...))))..)))......)))).....((((((((..........))))...))))....))))).((((..((((.....))))..))))---- ( -39.20)
>pfo.23 47882 115 + 6438405
ACCCUGACCCGGCCCUCAUC-GCAGGCACUCCCUGUACCCGUAGGUCACUCCGACCCUGCAACAGUCAGAACGUCCCGGCCCCCUGGUCAUGCACCGGCCUUCCUCGGGCCGACGC----
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>consensus
_UCCUGACCCGGCCCUUGAC_GGAGGCACUCCCUGUACCCCUAGGUCACUCCGAUCCUGCAACAAUCAGAACAUCCCGGCCCCCUGGUCAUGCGCUGCCCCUCCUCGGG_CGGCGC____
....(((((.((((.......((.((.((.....)).)).)).((....((.(((.........))).))....)).))))....))))).(((((.((((.....)))).))))).... (-25.21 = -24.73 +  -0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	6,172,091 – 6,172,202
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	72.88
Mean single sequence MFE	-56.82
Consensus MFE	-48.93
Energy contribution	-45.93
Covariance contribution	-3.00
Combinations/Pair	1.59
Mean z-score	-2.26
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	2.10
SVM RNA-class probability	0.988025
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.3269 6172091 111 - 6264404
CACCGCCCCG-CCCGCAGCGGG-----GCAUGGCCAGGGGACCGGGAUGCGCUGGGUGAGGUCGAUCCGGCGGGUUCCAGGGGUACAGGGAGUACCUCC-UUCG-GGGUCGGGCCAGGC-
..((((((((-(.....)))))-----)).(((((....(((((((((.((((((((.......)))))))).))))).(((((((.....)))))))(-....-))))).))))))).- ( -64.20)
>pf5.58 6979895 112 + 7074893
----GCACCA-CCCGAGGAGGGCGAGUGCAUGACCAAGGGGCCGGGAUGUUCUGAUCCACGGGUGAUCGGAGUGACCUAGGGGUACAGGGAGUGCCUCC-G-CAAGGGCCGGGUCAGGA-
----(((((.-(((.....))).).)))).(((((....(((((((.(..((((((((....).)))))))..).))).(((((((.....)))))))(-.-...))))).)))))...- ( -50.40)
>pss.169 276445 111 - 6093698
----GUGCGG-CCUGAGGAAGGUACGCGCAUGACCAGGGGGCCGGGACGCGUUGAUCAA--GUGGAUCGGCGUGACCUAGGGGUACAGGGAGUACCUCC-GCCAAGGGCCGGGUCAGGC-
----((((((-(((.....)))).))))).(((((....(((((((.((((((((((..--...)))))))))).))).(((((((.....))))).))-......)))).)))))...- ( -55.40)
>pel.55 5800997 114 + 5888780
----GCGCGGCCCCGAGGACGGGCUGCGCAUGACCAGGGGGCCGGGCCGUUCUGACUGUUGCAGGGUCGGAGUGGCCUAGGGGUACAAGGAGUACCUCC-GCGAUGGGCCGGGUCAGGA-
----(((((((((.......))))))))).(((((....((((((((((((((((((.......)))))))))))))).(((((((.....))))).))-......)))).)))))...- ( -64.80)
>ppk.81 6037645 115 + 6181863
----GCGCCGCCCCGAGGAGGGGUAGCACAUGACCAAGGGGUCGGGCUGCUCUGAUUGUUACAGGACCGGAGUGGCCUAGGGGUACAGGGAGUGCCUCCAGUAAUGGGCCGGGUCAGGA-
----(.((..((((.....))))..)).).(((((....((((((((..(((((...(((....))))))))..)))).(((((((.....)))))))((....)))))).)))))...- ( -53.50)
>pfo.23 47882 115 - 6438405
----GCGUCGGCCCGAGGAAGGCCGGUGCAUGACCAGGGGGCCGGGACGUUCUGACUGUUGCAGGGUCGGAGUGACCUACGGGUACAGGGAGUGCCUGC-GAUGAGGGCCGGGUCAGGGU
----((..(((((.......)))))..)).(((((....(((((((.((((((((((.......)))))))))).))).(((((((.....))))))).-......)))).))))).... ( -52.60)
>consensus
____GCGCCG_CCCGAGGAGGGCCAGCGCAUGACCAGGGGGCCGGGACGCUCUGAUUGAUGCAGGAUCGGAGUGACCUAGGGGUACAGGGAGUACCUCC_GCCAAGGGCCGGGUCAGGA_
....((((..((((.....))))..)))).(((((....(((((((.((((((((((.......)))))))))).))).(((((((.....)))))))........)))).))))).... (-48.93 = -45.93 +  -3.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Thu Jan 18 21:06:37 2007