Locus 27

Sequence ID	pao.2821
Location	5,344,903 – 5,345,048
Length	145
Max. P	0.971313

overview

Window 7

Location	5,344,903 – 5,345,009
Length	106
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.99
Mean single sequence MFE	-36.30
Consensus MFE	-23.08
Energy contribution	-23.80
Covariance contribution	0.72
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.31
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.51
SVM RNA-class probability	0.764654
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2821 5344903 106 + 6264404
GAAGACCUCCCGUAAAUCAAGCCUGACUGGUCG--CGCAGG-UGUAAAAAAGCGGGAUGACACCGUGAAGAGUCAUCCCGCUUU--UUU-UCGAUUC--AUG--CUGCGCUGCUUU----
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>pst.2673 5073233 104 + 6397126
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>psp.2444 4792700 108 + 5928787
--AGACCUCCCGUAAAUAAAACCUGAAAGGGCGAUCGCAGGCUGCAAAAAAGCGGAAUGACGUA--GUUACGUCACCCCGCUUU--CUUAUGGAAUC--AU---CUGCGC-GCUUUGCUU
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>pf5.496 6115941 106 - 7074893
--AGACCUCCCGUAAAUAGAGCCUGAAAGGGCGAUCGCAGGUUGCAAAAAAGCGGAAUGACGUAUAGACACGUCACCCCGCUUC--UUCGUCGAAUU--AU---CUGCGC-GCUUU----
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>ppk.2736 5373169 113 + 6181863
--AGACCUCCCGUAAAUCAAGCAUGAAAGGGCGAUCGCAGGUUGCAAAAAAGCGGAGUGACGUAUGGACACGUCACCCCGCUUUCAUGUGCUGAAUUCAAUUCGCUGCGC-GCUUU----
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>pel.392 5078600 107 - 5888780
--AGACCUCCCGUAAAUCAAGCCUGAAAGGGCGAUCGCAGGUUGCAAAAAAGCGGAAUGACGUAUGGACACGUCACCCCGCUUU--UAUGCUGAAUU-AGU---CUGCGC-GCUUU----
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>consensus
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	5,344,903 – 5,345,009
Length	106
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.99
Mean single sequence MFE	-42.52
Consensus MFE	-33.60
Energy contribution	-32.99
Covariance contribution	-0.61
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-3.69
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.52
SVM RNA-class probability	0.961110
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2821 5344903 106 - 6264404
----AAAGCAGCGCAG--CAU--GAAUCGA-AAA--AAAGCGGGAUGACUCUUCACGGUGUCAUCCCGCUUUUUUACA-CCUGCG--CGACCAGUCAGGCUUGAUUUACGGGAGGUCUUC
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>pst.2673 5073233 104 - 6397126
----AAAGC-GCGCAG---AU--GAUUCCAUAAG--AAAGCGGGGUGACGUAAC--UACGUCAUUCCGCUUUUUUGCAACCUGCGAUCGCCCUUUCAGGCUUUAUUUACGGGAGGUCU--
----...((-((((((---((--(....)))(((--(((((((((((((((...--.)))))))))))))))))).....)))))..)))......(((((((........)))))))-- ( -41.20)
>psp.2444 4792700 108 - 5928787
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>pf5.496 6115941 106 + 7074893
----AAAGC-GCGCAG---AU--AAUUCGACGAA--GAAGCGGGGUGACGUGUCUAUACGUCAUUCCGCUUUUUUGCAACCUGCGAUCGCCCUUUCAGGCUCUAUUUACGGGAGGUCU--
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>ppk.2736 5373169 113 - 6181863
----AAAGC-GCGCAGCGAAUUGAAUUCAGCACAUGAAAGCGGGGUGACGUGUCCAUACGUCACUCCGCUUUUUUGCAACCUGCGAUCGCCCUUUCAUGCUUGAUUUACGGGAGGUCU--
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>pel.392 5078600 107 + 5888780
----AAAGC-GCGCAG---ACU-AAUUCAGCAUA--AAAGCGGGGUGACGUGUCCAUACGUCAUUCCGCUUUUUUGCAACCUGCGAUCGCCCUUUCAGGCUUGAUUUACGGGAGGUCU--
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>consensus
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	5,344,941 – 5,345,048
Length	107
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.08
Mean single sequence MFE	-39.44
Consensus MFE	-25.67
Energy contribution	-25.82
Covariance contribution	0.14
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-3.83
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	1.64
SVM RNA-class probability	0.969569
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2821 5344941 107 + 6264404
G-UGUAAAAAAGCGGGAUGACACCGUGAAGAGUCAUCCCGCUUU--UUU-UCGAUUC--AUG--CUGCGCUGCUUU-----UAGUGGACACACUAAAGCUGUAGUUUACAGAAUCGCGAC
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>psp.2444 4792738 110 + 5928787
GCUGCAAAAAAGCGGAAUGACGUA--GUUACGUCACCCCGCUUU--CUUAUGGAAUC--AU---CUGCGC-GCUUUGCUUUUAGUGGACACACUAAAGCUUUAGCUUACAGAAAAGGCCC
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>pf5.496 6115979 107 - 7074893
GUUGCAAAAAAGCGGAAUGACGUAUAGACACGUCACCCCGCUUC--UUCGUCGAAUU--AU---CUGCGC-GCUUU-----UAGUGGACACACUAAAGCUGUAGCUUACAGAAAAAGGCU
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>ppk.2736 5373207 114 + 6181863
GUUGCAAAAAAGCGGAGUGACGUAUGGACACGUCACCCCGCUUUCAUGUGCUGAAUUCAAUUCGCUGCGC-GCUUU-----UAGUGGACACACUAAAGCUGUAGCUUACAGAAAAGUGUG
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>pel.392 5078638 108 - 5888780
GUUGCAAAAAAGCGGAAUGACGUAUGGACACGUCACCCCGCUUU--UAUGCUGAAUU-AGU---CUGCGC-GCUUU-----UAGUGGACACACUAAAGCUGUAGCUUACAGAAAAAUGCG
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>pfo.428 5539113 108 - 6438405
GUUGUAAAAAAGCGGAGUGACGUAUGGACACGUCACCCCGCUUC--UUCACUGAAUU--AUU--CUGCGC-GCUUU-----UAGUGGACACACUAAAGCUGUAGCUUACAGAAAAAGGGA
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>consensus
GUUGCAAAAAAGCGGAAUGACGUAUGGACACGUCACCCCGCUUU__UUUGCUGAAUU__AU___CUGCGC_GCUUU_____UAGUGGACACACUAAAGCUGUAGCUUACAGAAAAAGGCC
((((((..(((((((..((((((......))))))..)))))))...........................((((......(((((....)))))))))))))))............... (-25.67 = -25.82 +   0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	5,344,941 – 5,345,048
Length	107
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.08
Mean single sequence MFE	-45.24
Consensus MFE	-33.62
Energy contribution	-32.35
Covariance contribution	-1.27
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-5.73
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	1.67
SVM RNA-class probability	0.971313
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2821 5344941 107 - 6264404
GUCGCGAUUCUGUAAACUACAGCUUUAGUGUGUCCACUA-----AAAGCAGCGCAG--CAU--GAAUCGA-AAA--AAAGCGGGAUGACUCUUCACGGUGUCAUCCCGCUUUUUUACA-C
....(((((((((........(((((((((....)))).-----)))))......)--)).--)))))).-(((--(((((((((((((.((....)).))))))))))))))))...-. ( -42.04)
>psp.2444 4792738 110 - 5928787
GGGCCUUUUCUGUAAGCUAAAGCUUUAGUGUGUCCACUAAAAGCAAAGC-GCGCAG---AU--GAUUCCAUAAG--AAAGCGGGGUGACGUAAC--UACGUCAUUCCGCUUUUUUGCAGC
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>pf5.496 6115979 107 + 7074893
AGCCUUUUUCUGUAAGCUACAGCUUUAGUGUGUCCACUA-----AAAGC-GCGCAG---AU--AAUUCGACGAA--GAAGCGGGGUGACGUGUCUAUACGUCAUUCCGCUUUUUUGCAAC
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>ppk.2736 5373207 114 - 6181863
CACACUUUUCUGUAAGCUACAGCUUUAGUGUGUCCACUA-----AAAGC-GCGCAGCGAAUUGAAUUCAGCACAUGAAAGCGGGGUGACGUGUCCAUACGUCACUCCGCUUUUUUGCAAC
..((.(((.((((..(((.....(((((((....)))))-----)))))-..)))).))).))......(((...(((((((((((((((((....))))))))))))))))).)))... ( -45.30)
>pel.392 5078638 108 + 5888780
CGCAUUUUUCUGUAAGCUACAGCUUUAGUGUGUCCACUA-----AAAGC-GCGCAG---ACU-AAUUCAGCAUA--AAAGCGGGGUGACGUGUCCAUACGUCAUUCCGCUUUUUUGCAAC
.(.(((..(((((..(((.....(((((((....)))))-----)))))-..))))---)..-))).).(((.(--((((((((((((((((....))))))))))))))))).)))... ( -45.00)
>pfo.428 5539113 108 + 6438405
UCCCUUUUUCUGUAAGCUACAGCUUUAGUGUGUCCACUA-----AAAGC-GCGCAG--AAU--AAUUCAGUGAA--GAAGCGGGGUGACGUGUCCAUACGUCACUCCGCUUUUUUACAAC
.......((((((..(((.....(((((((....)))))-----)))))-..))))--)).--......(((((--((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))... ( -48.80)
>consensus
CGCCCUUUUCUGUAAGCUACAGCUUUAGUGUGUCCACUA_____AAAGC_GCGCAG___AU__AAUUCAACAAA__AAAGCGGGGUGACGUGUCCAUACGUCAUUCCGCUUUUUUGCAAC
..........(((((((....(((((((((....)))))......))))...))......................((((((((((((((((....)))))))))))))))).))))).. (-33.62 = -32.35 +  -1.27)

alignment

secondary structure

dotplot

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