Locus 199

Sequence ID	pao.1626
Location	3,103,545 – 3,103,642
Length	97
Max. P	0.949401

overview

Window 7

Location	3,103,545 – 3,103,642
Length	97
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.55
Mean single sequence MFE	-49.80
Consensus MFE	-37.72
Energy contribution	-38.45
Covariance contribution	0.73
Combinations/Pair	1.41
Mean z-score	-5.63
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	1.39
SVM RNA-class probability	0.949401
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1626 3103545 97 + 6264404
GUAUGGACUCCAGAUAC-AAAAUAGGGGAAGAGCGG--UAAGGCUCUUCCCCUAUC-GGUGACGUU--ACGUC----------CGGACCGAAGUCCGGUGAUUGUCGUAGGGC
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>pfo.1117 4234722 104 - 6438405
--ACAGACUCCAGAUAC-AAAAUAGGGGAAGAGCUU--GAAGGCUCUUCCCCUAUU-UAUGACGUUUAACACCUGGCUCCAC-AGAGGUGAGGCCGGGUGACUGUCGGGGG--
--.....((((.(((((-(((((((((((((((((.--...)))))))))))))))-).))........((((((((..(((-....)))..))))))))..)))))))).-- ( -56.10)
>pel.1119 3838010 106 - 5888780
--ACAGACUCCAGAUACGAAAAUAGGGGAAGAGCUUUUGAAGGCUCUUCCCCUAUCCGAUGACGUUUUACACCCGACGGCGC---AGGCGCCGCCGGAUGAUUGUCGUGGG--
--...................(((((((((((((((....)))))))))))))))((.((((((.....((.(((.(((((.---...))))).))).))..)))))).))-- ( -49.10)
>ppk.1440 3369053 104 - 6181863
--ACAGACUCCAGAUACGAAAAUAGGGGAAGAGCUUU-GAAGGCUCUUCCCCUAUC-GAUGACGUUCAAUGCCCGGCAGCGC---UAGCACCGCCGGGUGAUUGUCGCGGG--
--.......((.....(((...(((((((((((((..-...)))))))))))))))-)..((((.((...(((((((.((..---..))...))))))))).))))..)).-- ( -48.20)
>pst.1445 3766544 99 - 6397126
--ACAGACUCCAGAUAC-AAAAUAGGGGAAGAGCU---GAAGGCUCUUCCCCUAUU-UAUGACGUUUAACACC-GACCCCGG-A-AACCGGGGCCAG-UGAUUGUCGGGG---
--.....((((......-.(((((((((((((((.---....))))))))))))))-)..((((.....(((.-(.((((((-.-..)))))).).)-))..))))))))--- ( -48.40)
>pf5.1272 4740762 105 - 7074893
--ACAGACUCCAGAUAC-AAAAUAGGGGAAGAGCUU--GAAGGCUCUUCCCCUAUU-UAUGACGUUUAACAUCUAGGCUCACGAAAGGUGAGCCCGGAUGACUGUCGGGGG--
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>consensus
__ACAGACUCCAGAUAC_AAAAUAGGGGAAGAGCUU__GAAGGCUCUUCCCCUAUC_GAUGACGUUUAACACC_GGCCCCGC_A_AAGCGAGGCCGGGUGAUUGUCGGGGG__
.....(((.............((((((((((((((......))))))))))))))..............((((((.((((((.....)))))).))))))...)))....... (-37.72 = -38.45 +   0.73)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	3,103,545 – 3,103,642
Length	97
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.55
Mean single sequence MFE	-48.93
Consensus MFE	-40.74
Energy contribution	-40.63
Covariance contribution	-0.11
Combinations/Pair	1.48
Mean z-score	-6.11
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	1.18
SVM RNA-class probability	0.927335
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1626 3103545 97 - 6264404
GCCCUACGACAAUCACCGGACUUCGGUCCG----------GACGU--AACGUCACC-GAUAGGGGAAGAGCCUUA--CCGCUCUUCCCCUAUUUU-GUAUCUGGAGUCCAUAC
((((....((((...((((((....)))))----------)....--.........-((((((((((((((....--..))))))))))))))))-))....)).))...... ( -43.40)
>pfo.1117 4234722 104 + 6438405
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--...(((((...((((.(((..(((....-)))..))).))))......)))..(-((((((((((((((....--..))))))))))))))).-......)).......-- ( -45.00)
>pel.1119 3838010 106 + 5888780
--CCCACGACAAUCAUCCGGCGGCGCCU---GCGCCGUCGGGUGUAAAACGUCAUCGGAUAGGGGAAGAGCCUUCAAAAGCUCUUCCCCUAUUUUCGUAUCUGGAGUCUGU--
--.(((.(((...((((((((((((...---.))))))))))))......)))...(((((((((((((((........))))))))))))))).......))).......-- ( -53.50)
>ppk.1440 3369053 104 + 6181863
--CCCGCGACAAUCACCCGGCGGUGCUA---GCGCUGCCGGGCAUUGAACGUCAUC-GAUAGGGGAAGAGCCUUC-AAAGCUCUUCCCCUAUUUUCGUAUCUGGAGUCUGU--
--.((..(((..(((((((((((((...---.))))))))))...)))..)))...-((((((((((((((....-...)))))))))))))).........)).......-- ( -50.70)
>pst.1445 3766544 99 + 6397126
---CCCCGACAAUCA-CUGGCCCCGGUU-U-CCGGGGUC-GGUGUUAAACGUCAUA-AAUAGGGGAAGAGCCUUC---AGCUCUUCCCCUAUUUU-GUAUCUGGAGUCUGU--
---..(((((...((-((((((((((..-.-))))))))-))))......)))..(-((((((((((((((....---.))))))))))))))).-......)).......-- ( -51.60)
>pf5.1272 4740762 105 + 7074893
--CCCCCGACAGUCAUCCGGGCUCACCUUUCGUGAGCCUAGAUGUUAAACGUCAUA-AAUAGGGGAAGAGCCUUC--AAGCUCUUCCCCUAUUUU-GUAUCUGGAGUCUGU--
--......((((.(.(((((((((((.....)))))))).((((.....))))..(-((((((((((((((....--..))))))))))))))).-......)))).))))-- ( -49.40)
>consensus
__CCCCCGACAAUCACCCGGCCUCGCCU_U_GCGCGGCC_GGUGUUAAACGUCAUA_AAUAGGGGAAGAGCCUUC__AAGCUCUUCCCCUAUUUU_GUAUCUGGAGUCUGU__
...((..(((...((((.((((((((.....)))))))).))))......)))....((((((((((((((........)))))))))))))).........))......... (-40.74 = -40.63 +  -0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

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