| Sequence ID | pao.1887 |
|---|---|
| Location | 3,559,237 – 3,559,353 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.899756 |
| Location | 3,559,237 – 3,559,353 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 67.72 |
| Mean single sequence MFE | -45.18 |
| Consensus MFE | -28.01 |
| Energy contribution | -26.63 |
| Covariance contribution | -1.38 |
| Combinations/Pair | 1.75 |
| Mean z-score | -1.47 |
| Structure conservation index | 0.62 |
| SVM decision value | 1.01 |
| SVM RNA-class probability | 0.899756 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>pao.1887 3559237 116 - 6264404 GAG-CGCCCCGCGGAGGGGCCUCGAGAGUGCGCGAAUCCUUGACUCAAGUCGUUGAUUUGUAGUGAGUUGGCGC--UGCUC-GGGCAUGCGCCGACCUACUUCGUUUGCCUCAGGAUCGA (((-.(((((.....))))))))..(((.(((((((((..((((....))))..)))))))((((.((((((((--(((..-..))).)))))))).))))......)))))........ ( -54.60) >pfo.2394 4610387 116 - 6438405 AGGCAGUCCCACGGGGUUGUCU--UCACUGCGCAAAUCCAGGGU-CAACUUGUCGAUUUGUCGUAAGUCGGCGCAUGGCACUCGGCCUGCAUCGACGAGCUUCGUGCGUCCCCU-AUGGA (((((..((....))..)))))--....((((((((((((((..-...))))..)))))).))))((..(((((((((..((((...........))))..)))))))))..))-..... ( -42.20) >ppk.997 4210833 117 + 6181863 AGACCGCCCAUCACGGCGGCCU--UCAUUGCGCAGAUCCAUGGCACAACUCAUUGAUUUGUCGUAAGUCGUCGCACCCUUAUGCGCU-GCGGCGGCGAGCUUCGUUCGGCCCUUGAUGGA .......((((((.((.((((.--...(((((((((((.((((......)))).)))))).)))))(((((((((.((....).).)-))))))))((((...)))))))))))))))). ( -47.00) >pel.813 4329737 117 + 5888780 AGGCCGUUCUUUGCAGCGGCCU--UCAUUGCGCAGAUCCAUGGCACAACUCAUUGAUUUGUCGUAUGUCGUCGCUUCCCUUCACGCA-GCGGCGGCGAGCUUCGUUCGUCCUACGAGGGA ((((((((......))))))))--....((((((((((.((((......)))).)))))).))))((((((((((.(.......).)-)))))))))..((((((.......)))))).. ( -43.90) >pst.1037 4483681 116 + 6397126 GGGACACUCACUGGCGUCACCC--ACACUGCGCAGUUUCAUGGCAUAACUCGUUGAUUUGUCGUAAGUCGCUGCCCUGCAA-AUGCUGGCAGCGGCGAGCUUCGUAUACCCCGA-AUGGG (((((.((....)).))).)).--....((((.(((((.((((((...(.....)...))))))..(((((((((..((..-..)).)))))))))))))).))))...(((..-..))) ( -39.00) >pf5.2622 5017890 117 - 7074893 AGGUGGUCCGACGCGGCUGCCU--UCACUGCGCAAAUCCAUGGCAUAACUUGUUGAUUUGUCGUAAGUCGGUGCAUGGCACUAGGCCUGCAGCGGCGAGCUUCGUUCGUCCCAU-AUGGA ..((((..(((((.((((....--....((((((((((...((((.....)))))))))).)))).((((.((((.(((.....))))))).)))).)))).)).)))..))))-..... ( -44.40) >consensus AGGCCGCCCAACGCGGCGGCCU__UCACUGCGCAAAUCCAUGGCACAACUCGUUGAUUUGUCGUAAGUCGGCGCAUCGCACUAGGCAUGCAGCGGCGAGCUUCGUUCGUCCCAU_AUGGA ((((((((......))))))))......((((((((((.((((......)))).)))))).)))).((((((((...((.....))..))))))))........................ (-28.01 = -26.63 + -1.38)
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