Locus 161

Sequence ID pao.1368
Location 2,549,458 – 2,549,563
Length 105
Max. P 0.996514
window711 window712 window713 window714

overview

Window 1

Location 2,549,458 – 2,549,561
Length 103
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 68.08
Mean single sequence MFE -52.17
Consensus MFE -20.33
Energy contribution -20.80
Covariance contribution 0.47
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.39
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.707216
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1368 2549458 103 + 6264404
CGCUGACUCCCACGCA-AGCCCG--------GACACGCCAGGCACGAGAUACCGCGCAAG----GCGGCAUGGAUUCG----GUGCGGCGCGCCGAUUGGUCGGCAGGUACGCGAGAGCC
.(((((((.(((.((.-.(((.(--------(.....)).))).........(((.....----))))).)))..(((----((((...)))))))..))))))).(((.(....).))) ( -41.60)
>pau.1660 3451278 101 - 6537648
--CUGACUCCCACGCA-AGCCCG--------GACACGCCGGGCACGAAAUACCGCGCAAG----GCGGCAUGGAUUCG----GUGCGGCGCGCCGAUUGGUCGGCAGGUACGCGAGAGUC
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>ppk.100 5960641 114 - 6181863
-----ACUCCCACGCAAUGCGCGACCUCAAUGGCGCGCAACGAUCAGAAACGCACG-GGGAUUUCCCGUGUGGGUUCAAGUCGUGCGGCGCAUCGAUUGGUCGACGGGUACGCAGUGAAA
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>pf5.82 6914276 110 - 7074893
-----ACUCCCGCGCA-GGCGCGCCCA-GGGCGCGCGCGUCGAUCAGAAACUCACG-GAGAU--CCCGUGUGGGUUCAUUUCGUGCGGCGCGCCGAUUGGUCGGCAGGUACGCAGGGAGU
-----((((((((((.-.(((((((..-.)))))))(((.(((...(((.(.((((-(....--.))))).)..)))...)))))).))))(((((....))))).........)))))) ( -57.80)
>pfo.75 6272225 113 - 6438405
-----UCUCCCACGCACGGCACGCUCAAGGGCGCGCGCGUCGAUCAGAAACUCACGCUGGAU--UGCGUGUUGGUUCGUGUCGUGCGGCGCGCCGAUUGGUCGGCAGGUACGCAGGAGGC
-----(((((..((.((.((.((..(((.((((((((((.((((..(((...(((((.....--.)))))....)))..))))))).)))))))..)))..))))..)).))..))))). ( -51.50)
>pel.77 5733404 113 - 5888780
-----ACUCCCACGCAGUGCGCGACUUCAG-GGCGCGCAACGAUCGGAAACGCACG-GGGUUUGCCCGUGUGGGUUCGAGUCGUGCGGCGCGCCGAUUGGUCGGCGGGUACGCAGUGGGA
-----..((((((((.((((((((((....-(((((((.(((((((((..((((((-((.....))))))))..))))).))))...)))))))....)))).))..)))))).)))))) ( -65.90)
>consensus
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........(((((((...((.((..........)).))................(....).......))))))).........((((((..(((((....)))))..)).))))...... (-20.33 = -20.80 +   0.47)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 2

Location 2,549,458 – 2,549,561
Length 103
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 68.08
Mean single sequence MFE -52.02
Consensus MFE -25.88
Energy contribution -24.44
Covariance contribution -1.44
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -2.55
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 2.60
SVM RNA-class probability 0.995617
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1368 2549458 103 - 6264404
GGCUCUCGCGUACCUGCCGACCAAUCGGCGCGCCGCAC----CGAAUCCAUGCCGC----CUUGCGCGGUAUCUCGUGCCUGGCGUGUC--------CGGGCU-UGCGUGGGAGUCAGCG
((((((((((((...(((((....))((((((((((((----.((....(((((((----.....))))))).))))))..))))))))--------..))).-)))))))))))).... ( -51.90)
>pau.1660 3451278 101 + 6537648
GACUCUCGCGUACCUGCCGACCAAUCGGCGCGCCGCAC----CGAAUCCAUGCCGC----CUUGCGCGGUAUUUCGUGCCCGGCGUGUC--------CGGGCU-UGCGUGGGAGUCAG--
((((((((((((...(((((....))((((((((((((----.(((...(((((((----.....))))))))))))))..))))))))--------..))).-))))))))))))..-- ( -53.90)
>ppk.100 5960641 114 + 6181863
UUUCACUGCGUACCCGUCGACCAAUCGAUGCGCCGCACGACUUGAACCCACACGGGAAAUCCC-CGUGCGUUUCUGAUCGUUGCGCGCCAUUGAGGUCGCGCAUUGCGUGGGAGU-----
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>pf5.82 6914276 110 + 7074893
ACUCCCUGCGUACCUGCCGACCAAUCGGCGCGCCGCACGAAAUGAACCCACACGGG--AUCUC-CGUGAGUUUCUGAUCGACGCGCGCGCCC-UGGGCGCGCC-UGCGCGGGAGU-----
((((((.(((((...(((((....)))))(((.((((.(((((.......(((((.--....)-)))).)))))))..)).)))(((((((.-..))))))).-)))))))))))----- ( -50.90)
>pfo.75 6272225 113 + 6438405
GCCUCCUGCGUACCUGCCGACCAAUCGGCGCGCCGCACGACACGAACCAACACGCA--AUCCAGCGUGAGUUUCUGAUCGACGCGCGCGCCCUUGAGCGUGCCGUGCGUGGGAGA-----
..((((..(((((..((((..(((..(((((((((..(((((.((((...(((((.--.....))))).)))).)).))).)).))))))).)))..)).)).)))))..)))).----- ( -54.90)
>pel.77 5733404 113 + 5888780
UCCCACUGCGUACCCGCCGACCAAUCGGCGCGCCGCACGACUCGAACCCACACGGGCAAACCC-CGUGCGUUUCCGAUCGUUGCGCGCC-CUGAAGUCGCGCACUGCGUGGGAGU-----
((((((.(((....(((.(((.....(((((((...((((.(((.(..(.((((((.....))-)))).)..).))))))).)))))))-.....))))))...)))))))))..----- ( -51.20)
>consensus
GCCCCCUGCGUACCUGCCGACCAAUCGGCGCGCCGCACGAC_CGAACCCACACGGG__AUCCC_CGUGAGUUUCCGAUCGUCGCGCGCC_C___GG_CGCGCA_UGCGUGGGAGU_____
....((((((((...(((((....)))))((((.((..............((((..........))))..............))))))................))))))))........ (-25.88 = -24.44 +  -1.44)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 3

Location 2,549,460 – 2,549,563
Length 103
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 67.80
Mean single sequence MFE -51.85
Consensus MFE -20.33
Energy contribution -20.80
Covariance contribution 0.47
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.71
Structure conservation index 0.39
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.625581
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1368 2549460 103 + 6264404
CUGACUCCCACGCA-AGCCCG--------GACACGCCAGGCACGAGAUACCGCGCAAG----GCGGCAUGGAUUCG----GUGCGGCGCGCCGAUUGGUCGGCAGGUACGCGAGAGCCUU
((((((.(((.((.-.(((.(--------(.....)).))).........(((.....----))))).)))..(((----((((...)))))))..)))))).((((.(....).)))). ( -38.40)
>pau.1660 3451278 103 - 6537648
CUGACUCCCACGCA-AGCCCG--------GACACGCCGGGCACGAAAUACCGCGCAAG----GCGGCAUGGAUUCG----GUGCGGCGCGCCGAUUGGUCGGCAGGUACGCGAGAGUCUU
..(((((...(((.-.(((((--------(.....))))))......((((((((...----(((.(........)----.))).))))(((((....))))).)))).))).))))).. ( -48.30)
>ppk.100 5960641 114 - 6181863
---ACUCCCACGCAAUGCGCGACCUCAAUGGCGCGCAACGAUCAGAAACGCACG-GGGAUUUCCCGUGUGGGUUCAAGUCGUGCGGCGCAUCGAUUGGUCGACGGGUACGCAGUGAAA--
---.....(((((.((.(((((((......(((((((.((((..(((.((((((-((.....))))))))..)))..))))))).)))).......))))).)).))..)).)))...-- ( -49.12)
>pf5.82 6914276 111 - 7074893
---ACUCCCGCGCA-GGCGCGCCCA-GGGCGCGCGCGUCGAUCAGAAACUCACG-GAGAU--CCCGUGUGGGUUCAUUUCGUGCGGCGCGCCGAUUGGUCGGCAGGUACGCAGGGAGU-C
---((((((((((.-.(((((((..-.)))))))(((.(((...(((.(.((((-(....--.))))).)..)))...)))))).))))(((((....))))).........))))))-. ( -57.90)
>pfo.75 6272225 114 - 6438405
---UCUCCCACGCACGGCACGCUCAAGGGCGCGCGCGUCGAUCAGAAACUCACGCUGGAU--UGCGUGUUGGUUCGUGUCGUGCGGCGCGCCGAUUGGUCGGCAGGUACGCAGGAGGC-U
---(((((..((.((.((.((..(((.((((((((((.((((..(((...(((((.....--.)))))....)))..))))))).)))))))..)))..))))..)).))..))))).-. ( -51.50)
>pel.77 5733404 113 - 5888780
---ACUCCCACGCAGUGCGCGACUUCAG-GGCGCGCAACGAUCGGAAACGCACG-GGGUUUGCCCGUGUGGGUUCGAGUCGUGCGGCGCGCCGAUUGGUCGGCGGGUACGCAGUGGGA--
---..((((((((.((((((((((....-(((((((.(((((((((..((((((-((.....))))))))..))))).))))...)))))))....)))).))..)))))).))))))-- ( -65.90)
>consensus
___ACUCCCACGCA_AGCGCG_CC___G_GGCGCGCAACGAUCAGAAACCCACG_GAGAU__CCCGUGUGGGUUCG_GUCGUGCGGCGCGCCGAUUGGUCGGCAGGUACGCAGGAGGC_U
......(((((((...((.((..........)).))................(....).......))))))).........((((((..(((((....)))))..)).))))........ (-20.33 = -20.80 +   0.47)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 2,549,460 – 2,549,563
Length 103
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 67.80
Mean single sequence MFE -52.15
Consensus MFE -25.88
Energy contribution -24.44
Covariance contribution -1.44
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -2.65
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 2.71
SVM RNA-class probability 0.996514
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1368 2549460 103 - 6264404
AAGGCUCUCGCGUACCUGCCGACCAAUCGGCGCGCCGCAC----CGAAUCCAUGCCGC----CUUGCGCGGUAUCUCGUGCCUGGCGUGUC--------CGGGCU-UGCGUGGGAGUCAG
..((((((((((((...(((((....))((((((((((((----.((....(((((((----.....))))))).))))))..))))))))--------..))).-)))))))))))).. ( -52.10)
>pau.1660 3451278 103 + 6537648
AAGACUCUCGCGUACCUGCCGACCAAUCGGCGCGCCGCAC----CGAAUCCAUGCCGC----CUUGCGCGGUAUUUCGUGCCCGGCGUGUC--------CGGGCU-UGCGUGGGAGUCAG
..((((((((((((...(((((....))((((((((((((----.(((...(((((((----.....))))))))))))))..))))))))--------..))).-)))))))))))).. ( -54.10)
>ppk.100 5960641 114 + 6181863
--UUUCACUGCGUACCCGUCGACCAAUCGAUGCGCCGCACGACUUGAACCCACACGGGAAAUCCC-CGUGCGUUUCUGAUCGUUGCGCGCCAUUGAGGUCGCGCAUUGCGUGGGAGU---
--.(((.(..((((..((.(((((..((((((.((((((((((..((((...((((((.....))-)))).))))..).))).)))).)))))))))))))))...))))..)))).--- ( -49.30)
>pf5.82 6914276 111 + 7074893
G-ACUCCCUGCGUACCUGCCGACCAAUCGGCGCGCCGCACGAAAUGAACCCACACGGG--AUCUC-CGUGAGUUUCUGAUCGACGCGCGCGCCC-UGGGCGCGCC-UGCGCGGGAGU---
.-((((((.(((((...(((((....)))))(((.((((.(((((.......(((((.--....)-)))).)))))))..)).)))(((((((.-..))))))).-)))))))))))--- ( -51.30)
>pfo.75 6272225 114 + 6438405
A-GCCUCCUGCGUACCUGCCGACCAAUCGGCGCGCCGCACGACACGAACCAACACGCA--AUCCAGCGUGAGUUUCUGAUCGACGCGCGCGCCCUUGAGCGUGCCGUGCGUGGGAGA---
.-..((((..(((((..((((..(((..(((((((((..(((((.((((...(((((.--.....))))).)))).)).))).)).))))))).)))..)).)).)))))..)))).--- ( -54.90)
>pel.77 5733404 113 + 5888780
--UCCCACUGCGUACCCGCCGACCAAUCGGCGCGCCGCACGACUCGAACCCACACGGGCAAACCC-CGUGCGUUUCCGAUCGUUGCGCGCC-CUGAAGUCGCGCACUGCGUGGGAGU---
--((((((.(((....(((.(((.....(((((((...((((.(((.(..(.((((((.....))-)))).)..).))))))).)))))))-.....))))))...)))))))))..--- ( -51.20)
>consensus
A_GCCCCCUGCGUACCUGCCGACCAAUCGGCGCGCCGCACGAC_CGAACCCACACGGG__AUCCC_CGUGAGUUUCCGAUCGUCGCGCGCC_C___GG_CGCGCA_UGCGUGGGAGU___
......((((((((...(((((....)))))((((.((..............((((..........))))..............))))))................))))))))...... (-25.88 = -24.44 +  -1.44)

alignment

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secondary structure

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