Locus 151

Sequence ID	pao.2779
Location	5,262,711 – 5,262,911
Length	200
Max. P	0.910345

overview

Window 5

Location	5,262,711 – 5,262,831
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.83
Mean single sequence MFE	-48.74
Consensus MFE	-24.70
Energy contribution	-23.58
Covariance contribution	-1.12
Combinations/Pair	1.43
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	0.74
SVM RNA-class probability	0.838646
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2779 5262711 120 - 6264404
GUCGAUGCUCGAUAUCUUCGUCAUCGCCAUCCUCGUGGCGCUGGUGAAUUUCGGCAACCUGGCGAGCAUCGAGGCCAACCUCGGCGCCGCCGCCUUCGCCAGCGUGGUGGUGCUCACCAU
...((((..(((.....))).))))(((((....)))))(((((((((....(((.....((((.((..(((((....)))))..))))))))))))))))))((((((.....)))))) ( -56.80)
>psp.1327 2553104 120 - 5928787
GUCGAUGCUCGAUGUGCUGGUUGUGGCCCUUGUGGCGUCUCUGGUUCAGUUUCGCGAGCUCAGCACCAUCGAGCCGCGGAUCGGUAUUCUGUUUUUUGGCUUGGUAGUGGUGAUGACGAU
((((..(((((....(((((..(.(((((....)).))).)....)))))....)))))(((.(((.(((((((((..((.(((....))).))..))))))))).))).)))))))... ( -47.10)
>pst.1891 2827124 120 + 6397126
GUCAAUGCUCGAUGUGCUGGUUGUGGCCCUCGUGGCGUCUCUGGUGCAGUUUCGUGAGCUCAGCACCAUCGAGCCACGCAUUGGUAUUCUGUUUUUUGGCUUGGUAGUGGUGAUGACGAU
((((..(((((.((..(..(....(((((....)).))).)..)..))......)))))(((.(((.(((((((((.....(((....))).....))))))))).))).)))))))... ( -43.40)
>psp.1327 2553104 120 - 5928787
GUCGAUGCUCGAUGUGCUGGUUGUGGCCCUUGUGGCGUCUCUGGUUCAGUUUCGCGAGCUCAGCACCAUCGAGCCGCGGAUCGGUAUUCUGUUUUUUGGCUUGGUAGUGGUGAUGACGAU
((((..(((((....(((((..(.(((((....)).))).)....)))))....)))))(((.(((.(((((((((..((.(((....))).))..))))))))).))).)))))))... ( -47.10)
>ppk.1509 3238364 120 + 6181863
GUCCAUGCUCGAUGUGAUGGUAGUGGCGCUGGUGGCUGCGCUGGUGCAACUGCGCGGGCUGGGCACCAUCGAGCCGCGUGUGGGCAUUCUGUUCUUUGGCAUGGUGGUAGUGCUGACCAU
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>consensus
GUCGAUGCUCGAUGUGCUGGUUGUGGCCCUCGUGGCGUCUCUGGUGCAGUUUCGCGAGCUCAGCACCAUCGAGCCGCGCAUCGGUAUUCUGUUUUUUGGCUUGGUAGUGGUGAUGACGAU
((((..((((((((((((((.(((.((....)).)))...............(....).)))))).)))))))).....((((.((((..(((....)))..)))).))))..))))... (-24.70 = -23.58 +  -1.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	5,262,791 – 5,262,911
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	72.99
Mean single sequence MFE	-51.16
Consensus MFE	-26.72
Energy contribution	-28.64
Covariance contribution	1.92
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	1.07
SVM RNA-class probability	0.910345
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2779 5262791 120 - 6264404
UAUUCGGUACAGCGGCACCAGCCGAUGUCGGCCCGCCAGCGUAUCCUGAUGUAUCGCUUCAUCGAAUGGAUCGGGCGCUGGUCGAUGCUCGAUAUCUUCGUCAUCGCCAUCCUCGUGGCG
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>psp.1327 2553184 115 - 5928787
GUGUCAGCGCCGCAGCACCUG-----GGCGAUGCGCGAGCGCGCACGUCUUUACCGUUUCAUCGAGCUGAUCGGCUACUGGUCGAUGCUCGAUGUGCUGGUUGUGGCCCUUGUGGCGUCU
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>pst.1891 2827204 115 + 6397126
UUGCCAGCGCCGCAGCACCUG-----GGCGAUGCGUGAACGUGCACGUCUUUAUCGCUUCAUCGAGCUGAUCGGCUACUGGUCAAUGCUCGAUGUGCUGGUUGUGGCCCUCGUGGCGUCU
..(((((.((((((((....(-----(((((((((((......)))))....)))))))(((((((((((((((...)))))))..)))))))).....)))))))).)...)))).... ( -49.90)
>psp.1327 2553184 115 - 5928787
GUGUCAGCGCCGCAGCACCUG-----GGCGAUGCGCGAGCGCGCACGUCUUUACCGUUUCAUCGAGCUGAUCGGCUACUGGUCGAUGCUCGAUGUGCUGGUUGUGGCCCUUGUGGCGUCU
......(((((((((..((.(-----((((.(((((....))))))))))..((((...((((((((..((((((.....))))))))))))))...))))...))...))))))))).. ( -52.80)
>ppk.1509 3238444 115 + 6181863
UGCCCAGCGUGGUUCUUCCUG-----GGCCUGCCGGCAGCGUUCGCAGUUGUACCGCUUCGUCGAGCUGAUCGGCUACUGGUCCAUGCUCGAUGUGAUGGUAGUGGCGCUGGUGGCUGCG
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>consensus
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......((((((((.(.((.......)).).)))(((((.((.((((.....((((...((((((((.((((((...))))))...))))))))...)))))))))).)))))))))).. (-26.72 = -28.64 +   1.92)

alignment

secondary structure

dotplot

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