Locus 146

Sequence ID	pao.1947
Location	3,649,375 – 3,649,479
Length	104
Max. P	0.999420

overview

Window 8

Location	3,649,375 – 3,649,479
Length	104
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	71.63
Mean single sequence MFE	-39.72
Consensus MFE	-17.77
Energy contribution	-18.88
Covariance contribution	1.11
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-3.66
Structure conservation index	0.45
SVM decision value	3.59
SVM RNA-class probability	0.999420
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1947 3649375 104 + 6264404
GGUUAUCCACGCAUACUGUGGAUAACCUUGUGAACAGCCCCCCCUUCCGUCGGCGAGAAGCCCGUCGCUACAGGCUUUCCGACAGAUCGGACACUUUUUAGACA---------
(((((((((((.....)))))))))))(((....)))....((..((.(((((...((((((.((....)).))))))))))).))..))..............--------- ( -36.00)
>psp.951 4091512 106 - 5928787
GGUUAUCCACAAUAAUUGUGGAUAACCUUGUGAACAGUGGCUUUUUUCAUGCCUGAACUCCCCGUUAUCGGGGGACCACAGUCAAAUCGGGCGUUUUUUACUCA-------CA
(((((((((((.....))))))))))).(((((...((((......))))((((((...(((((....)))))(((....)))...)))))).........)))-------)) ( -43.00)
>pel.773 4393018 113 - 5888780
GGUUAUCCACAAAAAUUGUGGAUAACCUUGUGAACAGGGCCGCCUUCACGGCACAAGGUGCCCGUCAGGCAAGGGCCGGGCACGAAUCGGGCGUUUUUUACACAGUCGUUUCA
(((((((((((.....))))))))))).((((((.((.((((((.....))).....((((((....(((....)))))))))......))).)).))))))........... ( -47.60)
>pf5.2681 5108260 106 + 7074893
UGUUAUCCACACAAAUUGUGGAUAACCUUGUGAACAGAGCUAUUUUUCACGGCUGAAAGCCCCGUUUCAUAAGGGCUGAGCUCAGAUCGGGCGUUUUUUACUCA-------CA
.((((((((((.....))))))))))..(((((....((((.........))))((((((((((..((....((((...)))).)).)))).))))))...)))-------)) ( -32.30)
>pfo.943 4572867 106 - 6438405
UGUUAUCCACACAAAUUGUGGAUAACCUUGUGAACAGAGCUGCAUUUCAGCGCUGAGAGCCCCGUUUCAUAAGGGCUGCGCUCAGAUCGGGCGUUUUUUACUCA-------CA
.((((((((((.....))))))))))..(((((.(((.((((.....)))).)))..(((((..........)))))((((((.....)))))).......)))-------)) ( -40.10)
>pst.2301 4402023 106 + 6397126
GGUUAUCCACAAUAAUUGUGGAUAACCUUGUGAACAGCCGCUUUUUUCCCGCCUCAAGCCCCCGUUUUCGGGGGGCCGCAGUCAAAUCGGGCGUUUUUUACUCA-------CA
(((((((((((.....))))))))))).(((((...(((.(..(((..(.((.....((((((.......)))))).)).)..)))..))))((.....)))))-------)) ( -39.30)
>consensus
GGUUAUCCACAAAAAUUGUGGAUAACCUUGUGAACAGAGCCGCUUUUCACGCCUGAAAGCCCCGUUUCAGAAGGGCCGCGCUCAAAUCGGGCGUUUUUUACUCA_______CA
(((((((((((.....)))))))))))..(((((..........(((((....)))))..((((.......................)))).....)))))............ (-17.77 = -18.88 +   1.11)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	3,649,375 – 3,649,479
Length	104
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	71.63
Mean single sequence MFE	-40.77
Consensus MFE	-17.83
Energy contribution	-17.97
Covariance contribution	0.14
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-3.64
Structure conservation index	0.44
SVM decision value	3.58
SVM RNA-class probability	0.999413
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1947 3649375 104 - 6264404
---------UGUCUAAAAAGUGUCCGAUCUGUCGGAAAGCCUGUAGCGACGGGCUUCUCGCCGACGGAAGGGGGGGCUGUUCACAAGGUUAUCCACAGUAUGCGUGGAUAACC
---------(((..(...(((.(((..((((((((.((((((((....))))))))....))))))))...))).))).)..))).((((((((((.......)))))))))) ( -45.90)
>psp.951 4091512 106 + 5928787
UG-------UGAGUAAAAAACGCCCGAUUUGACUGUGGUCCCCCGAUAACGGGGAGUUCAGGCAUGAAAAAAGCCACUGUUCACAAGGUUAUCCACAAUUAUUGUGGAUAACC
((-------(((((.....))..........((.(((((.(((((....)))))..((((....))))....))))).))))))).(((((((((((.....))))))))))) ( -37.60)
>pel.773 4393018 113 + 5888780
UGAAACGACUGUGUAAAAAACGCCCGAUUCGUGCCCGGCCCUUGCCUGACGGGCACCUUGUGCCGUGAAGGCGGCCCUGUUCACAAGGUUAUCCACAAUUUUUGUGGAUAACC
.(((.((...((((.....)))).)).)))(((..(((((...((((.((((.(((...)))))))..))))))))..)..)))..(((((((((((.....))))))))))) ( -43.30)
>pf5.2681 5108260 106 - 7074893
UG-------UGAGUAAAAAACGCCCGAUCUGAGCUCAGCCCUUAUGAAACGGGGCUUUCAGCCGUGAAAAAUAGCUCUGUUCACAAGGUUAUCCACAAUUUGUGUGGAUAACA
((-------(((((.....)).........(((((..(((((........)))))(((((....)))))...)))))...)))))..((((((((((.....)))))))))). ( -33.70)
>pfo.943 4572867 106 + 6438405
UG-------UGAGUAAAAAACGCCCGAUCUGAGCGCAGCCCUUAUGAAACGGGGCUCUCAGCGCUGAAAUGCAGCUCUGUUCACAAGGUUAUCCACAAUUUGUGUGGAUAACA
((-------((((...............(((((...((((((........))))))))))).((((.....))))....))))))..((((((((((.....)))))))))). ( -38.40)
>pst.2301 4402023 106 - 6397126
UG-------UGAGUAAAAAACGCCCGAUUUGACUGCGGCCCCCCGAAAACGGGGGCUUGAGGCGGGAAAAAAGCGGCUGUUCACAAGGUUAUCCACAAUUAUUGUGGAUAACC
((-------(((((.....))((((..(((..(((((((((((.......)))))))....))))..)))..).)))...))))).(((((((((((.....))))))))))) ( -45.70)
>consensus
UG_______UGAGUAAAAAACGCCCGAUCUGACCGCAGCCCUUAGGAAACGGGGAUCUCAGCCAUGAAAAAAGGCGCUGUUCACAAGGUUAUCCACAAUUUGUGUGGAUAACC
......................................((((........))))................................(((((((((((.....))))))))))) (-17.83 = -17.97 +   0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

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