Locus 144

Sequence ID pao.2497
Location 4,669,720 – 4,669,840
Length 120
Max. P 0.668862
window636

overview

Window 6

Location 4,669,720 – 4,669,840
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 69.89
Mean single sequence MFE -43.80
Consensus MFE -21.60
Energy contribution -27.60
Covariance contribution 6.00
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.49
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.668862
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.2497 4669720 120 - 6264404
GAUUGUUUGGAUUCUACAAACAGUCAUGGCCAGGGUUGCGCGUUUAUCCACGGCGCGCACGACCUUACCGUUCUUCCAUCGACGAUGACGGGGCCGGGAGCCCCAGGAUGGAGGUAUCGC
(((((((((.......)))))))))...((((((((((((((((.......))))))))..))))).(((((((..((((...))))..(((((.....)))))))))))).)))..... ( -50.20)
>pfo.1372 2726637 110 - 6438405
GAUUGUUUGGUAUUUGCAAACAGUGAUCGCCAAGGUUGCGCGUUUAUCGCGCCGAGGCAAGUCCCUACAGUUGCUCCAUCACCGGUUU--------UCAACCCAUUGAAGGAGAAACC--
((((((..((.((((((.(((..((.....))..)))(((((.....)))))....))))))))..)))))).((((.(((..(((..--------...)))...))).)))).....-- ( -33.80)
>psp.1460 2820868 118 - 5928787
GAUUGUUUGGGUUCUCCAAACAGUGCUGAGUACGGUUGCUCGUUUAUCGGUUCGGCGCAAGUCCCUACAGUGGCCUCACCACUGAUUUCAGGUCACUCGACCCUUUGAUGGAGGCACC--
...(((((((.....)))))))((((((((((....))))).((((((((...(((....)))....((((((.....))))))......((((....))))..))))))))))))).-- ( -41.00)
>pau.460 5684674 118 + 6537648
GAUUGUUUGGAUUCUACAAACAGUCAUGGCCAGGGUUGCGCGUUUAUCCACGGCGCGCACGACCUUACCGUUCUUCCAUCGACGAUGACGGGGCCGGGAGCCCCAGGAUGGAGGUAUC--
(((((((((.......)))))))))...((((((((((((((((.......))))))))..))))).(((((((..((((...))))..(((((.....)))))))))))).)))...-- ( -50.20)
>consensus
GAUUGUUUGGAUUCUACAAACAGUCAUGGCCAGGGUUGCGCGUUUAUCCACGCCGCGCAAGACCCUACAGUUCCUCCAUCAACGAUGACGGGGCCGGCAACCCCAGGAUGGAGGUACC__
(((((((((.......)))))))))......(((((((.((((((.......)))))).)))))))...(((((((((((...(....)(((((.....)))))..)))))))))))... (-21.60 = -27.60 +   6.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Thu Jan 18 21:14:44 2007