Locus 123

Sequence ID pao.1546
Location 2,947,533 – 2,947,684
Length 151
Max. P 0.984004
window584 window585 window586

overview

Window 4

Location 2,947,533 – 2,947,649
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.29
Mean single sequence MFE -43.22
Consensus MFE -35.06
Energy contribution -32.82
Covariance contribution -2.24
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -3.59
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 1.77
SVM RNA-class probability 0.976209
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1546 2947533 116 + 6264404
CCCCGAAAAUG-CAAAAGCCCCGC-UCAGCGGGGCUUUUCAGUACGCGGAUAU--GGCGGAGGCGGUGAGAUUCGAACUCACGGAAGAGUCUCCCCUUCGACGGUUUUCAAGACCGUUGC
..(((....((-.(((((((((((-...))))))))))))).....)))....--((.((((((..((((.......))))(....).))))))))..((((((((.....)))))))). ( -50.50)
>pel.1270 3551102 107 - 5888780
CCCCAAAAACGCAAAAAGCCCUGAAUAAUCAGGGCUUUG---------AAUGU--GGCGGAAGCGUAGAGAUUCGAACUCUAGGAUAGUUG--CCCAUCGACGGUUUUCAAGACCGUUGC
..((.....((((.((((((((((....)))))))))).---------..)))--)((....)).(((((.......))))))).......--.....((((((((.....)))))))). ( -39.50)
>ppk.2304 4501271 107 + 6181863
CCUCAGAAACGCAAAAAGCCCUGAAUAAUCAGGGCUUUG---------AAUAU--GGCGGAAGCGUAGAGAUUCGAACUCUAGGAUAGUUG--CCCAUCGACGGUUUUCAAGACCGUUGC
..............((((((((((....)))))))))).---------.....--(((((...(.(((((.......))))).)....)))--))...((((((((.....)))))))). ( -37.60)
>pst.1986 2625355 114 - 6397126
CCCCAGAAACG-ACAAAGCCCUGAAUAAUCAGGGCUUUGCGCUAC-CAAAUAU--GGCGGAGGCAUAGAGAUUCGAACUCUAGGACCUGUU--ACAGUCGGCAGUUUUCAAGACUGCUGC
..((......(-.(((((((((((....))))))))))))((((.-......)--)))))((((.(((((.......))))).).)))...--.....((((((((.....)))))))). ( -41.40)
>pf5.2270 2736423 112 - 7074893
-GACAGACACA-AAAAAGCCCUGAAAAAUCAGGGCUUUUUCGU----UGAGAUUUGGCGGAGGCGUAGAGAUUCGAACUCUAGGACCUGUU--ACAGUCGGCGGUUUUCAAGACCGCUGC
-....(((...-((((((((((((....))))))))))))(((----..(...)..))).((((.(((((.......))))).).)))...--...)))(((((((.....))))))).. ( -43.20)
>pfo.1458 2845455 113 + 6438405
-GUCAGAAACG-ACAAAGCCCUGAAUAAUCAGGGCUUUGUCGUAC-UUAAGAU--GGCGGAGGCGAUGGGAUUCGAACUCAUGGACCUGUU--ACAGUCGACGGUUUUCAAGACCGUUGC
-((((.(((((-((((((((((((....)))))))))))))))..-))....)--)))..((((.(((((.......))))).).)))...--.....((((((((.....)))))))). ( -47.10)
>consensus
CCCCAGAAACG_AAAAAGCCCUGAAUAAUCAGGGCUUUG__GU_____AAUAU__GGCGGAGGCGUAGAGAUUCGAACUCUAGGACCUGUU__ACAGUCGACGGUUUUCAAGACCGUUGC
.............(((((((((((....))))))))))).................((....)).(((((.......)))))................((((((((.....)))))))). (-35.06 = -32.82 +  -2.24)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 5

Location 2,947,533 – 2,947,649
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.29
Mean single sequence MFE -39.73
Consensus MFE -32.15
Energy contribution -29.05
Covariance contribution -3.10
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -2.94
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 1.96
SVM RNA-class probability 0.984004
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1546 2947533 116 - 6264404
GCAACGGUCUUGAAAACCGUCGAAGGGGAGACUCUUCCGUGAGUUCGAAUCUCACCGCCUCCGCC--AUAUCCGCGUACUGAAAAGCCCCGCUGA-GCGGGGCUUUUG-CAUUUUCGGGG
((.(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))).))((((((.--......))....(((((((((((((...-))))))))))).-)).....)))) ( -45.00)
>pel.1270 3551102 107 + 5888780
GCAACGGUCUUGAAAACCGUCGAUGGG--CAACUAUCCUAGAGUUCGAAUCUCUACGCUUCCGCC--ACAUU---------CAAAGCCCUGAUUAUUCAGGGCUUUUUGCGUUUUUGGGG
((.(((((.......))))).(((((.--...))))).(((((.......))))).))..((.((--(.(..---------(((((((((((....))))))))))....)..).))))) ( -35.00)
>ppk.2304 4501271 107 - 6181863
GCAACGGUCUUGAAAACCGUCGAUGGG--CAACUAUCCUAGAGUUCGAAUCUCUACGCUUCCGCC--AUAUU---------CAAAGCCCUGAUUAUUCAGGGCUUUUUGCGUUUCUGAGG
((((.(((...(((.......(((((.--...))))).(((((.......)))))...))).)))--.....---------.((((((((((....)))))))))))))).......... ( -33.70)
>pst.1986 2625355 114 + 6397126
GCAGCAGUCUUGAAAACUGCCGACUGU--AACAGGUCCUAGAGUUCGAAUCUCUAUGCCUCCGCC--AUAUUUG-GUAGCGCAAAGCCCUGAUUAUUCAGGGCUUUGU-CGUUUCUGGGG
((((((((.......))))).((((..--....)))).(((((.......))))))))(((((((--(....))-))(((((((((((((((....))))))))))).-))))...)))) ( -45.10)
>pf5.2270 2736423 112 + 7074893
GCAGCGGUCUUGAAAACCGCCGACUGU--AACAGGUCCUAGAGUUCGAAUCUCUACGCCUCCGCCAAAUCUCA----ACGAAAAAGCCCUGAUUUUUCAGGGCUUUUU-UGUGUCUGUC-
((((((((..(....)..)))).))))--...((((..(((((.......))))).)))).............----(((((((((((((((....))))))))))))-))).......- ( -40.00)
>pfo.1458 2845455 113 - 6438405
GCAACGGUCUUGAAAACCGUCGACUGU--AACAGGUCCAUGAGUUCGAAUCCCAUCGCCUCCGCC--AUCUUAA-GUACGACAAAGCCCUGAUUAUUCAGGGCUUUGU-CGUUUCUGAC-
((...((..(((((...(((.((((..--....)))).)))..)))))..))....)).......--......(-(.(((((((((((((((....))))))))))))-)))..))...- ( -39.60)
>consensus
GCAACGGUCUUGAAAACCGUCGACGGG__AACAGGUCCUAGAGUUCGAAUCUCUACGCCUCCGCC__AUAUU_____AC__CAAAGCCCUGAUUAUUCAGGGCUUUUU_CGUUUCUGGGG
((.(((((.......))))).((((........)))).(((((.......))))).)).......................(((((((((((....)))))))))))............. (-32.15 = -29.05 +  -3.10)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 2,947,571 – 2,947,684
Length 113
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.63
Mean single sequence MFE -39.13
Consensus MFE -33.58
Energy contribution -30.58
Covariance contribution -3.00
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.19
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.68
SVM RNA-class probability 0.821377
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1546 2947571 113 - 6264404
CCC----CGCGAUGCGGAGGUGUGGCCGAGUGGUUUAAGGCAACGGUCUUGAAAACCGUCGAAGGGGAGACUCUUCCGUGAGUUCGAAUCUCACCGCCUCCGCC--AUAUCCGCGUACU
...----(((((((((((((((.....((.(((((((((((....)))))))..))))))((((((....)))))).(((((.......)))))))))))))).--..)).)))).... ( -47.40)
>pau.1463 3903309 113 + 6537648
CCC----CGCGAUGCGGAGGUGUGGCCGAGUGGUUUAAGGCAACGGUCUUGAAAACCGUCGAAGGGGAGACUCUUCCGUGAGUUCGAAUCUCACCGCCUCCGCC--AUAUCCGCGUACU
...----(((((((((((((((.....((.(((((((((((....)))))))..))))))((((((....)))))).(((((.......)))))))))))))).--..)).)))).... ( -47.40)
>pel.1270 3551141 107 + 5888780
GCCGCAAAACCAGCUGGAAGCGUGGCCGAGUGGUUUAAGGCAACGGUCUUGAAAACCGUCGAUGGG--CAACUAUCCUAGAGUUCGAAUCUCUACGCUUCCGCC--ACAUU--------
............((.((((((((((..((.(((((((((((....)))))))..))))))(((((.--...)))))...............)))))))))))).--.....-------- ( -35.90)
>ppk.2304 4501310 107 - 6181863
GCCGCAAAACGAGCUGGAAGCGUGGCCGAGUGGUUUAAGGCAACGGUCUUGAAAACCGUCGAUGGG--CAACUAUCCUAGAGUUCGAAUCUCUACGCUUCCGCC--AUAUU--------
((((.....)).)).((((((((((..((.(((((((((((....)))))))..))))))(((((.--...)))))...............))))))))))...--.....-------- ( -36.60)
>pf5.2270 2736461 113 + 7074893
CCCGCAAUGCGAUCUGGAGGUGUGGCCGAGUGGUUUAAGGCAGCGGUCUUGAAAACCGCCGACUGU--AACAGGUCCUAGAGUUCGAAUCUCUACGCCUCCGCCAAAUCUCA----ACG
..(((...))).....(((((.((((((.((((((((((((....)))))))..))))))).....--...((((..(((((.......))))).))))..)))).))))).----... ( -35.50)
>pfo.1458 2845493 112 - 6438405
CCCGCAACGCAA--CGGAGGUGUGGCCGAGUGGUUUAAGGCAACGGUCUUGAAAACCGUCGACUGU--AACAGGUCCAUGAGUUCGAAUCCCAUCGCCUCCGCC--AUCUUAA-GUACG
............--(((((((((((.(((((..((((((((....)))))))).))(((.((((..--....)))).)))...)))....))).))))))))..--.......-..... ( -32.00)
>consensus
CCCGCAACGCGAUCCGGAGGUGUGGCCGAGUGGUUUAAGGCAACGGUCUUGAAAACCGUCGAAGGG__AACACAUCCUAGAGUUCGAAUCUCAACGCCUCCGCC__AUAUC_____AC_
..............((((((((.(((.(.((..((((((((....)))))))).))))))(((((......))))).(((((.......)))))))))))))................. (-33.58 = -30.58 +  -3.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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