Locus 116

Sequence ID	pao.1872
Location	3,524,006 – 3,524,125
Length	119
Max. P	0.982397

overview

Window 6

Location	3,524,006 – 3,524,115
Length	109
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.77
Mean single sequence MFE	-40.68
Consensus MFE	-36.66
Energy contribution	-33.95
Covariance contribution	-2.71
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-1.61
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	1.17
SVM RNA-class probability	0.925775
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1872 3524006 109 + 6264404
C-GCUGUUCCGCGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCUGGUUCGAGUCCAGGUCGCGGAGCCAAAU---UCA------AAGCCCUCGGCACAUGCCG-GG
.-((((((((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......)))))))))))))).....---...------.))).((((((....))))-)) ( -41.40)
>pel.3003 5540594 116 + 5888780
C-CCUGUGCCGGUAUAGCUCAGAUGGUAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCCCGGGUUCGAUUCCUGGUGCCGGCACCAUACGUAGUA-CUCAAGAGGC-UCACCGAAAGGUG-GG
.-((((((((((((..((((........))))....((((((.......))))))(((((.......))))))))))))))..(((...)))-......)))(-(((((....))))-)) ( -43.40)
>ppk.159 5846811 117 - 6181863
C-CCAUUGCCGGUAUAGCUCAGAUGGUAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCCCGGGUUCGAUUCCUGGUGCCGGCACCAUACGCAGUAUCAAAAAAGGC-UCACCGAAAGGUG-GG
.-((..((((((((..((((........))))....((((((.......))))))(((((.......)))))))))))))..((((...)))).......))(-(((((....))))-)) ( -40.50)
>pf5.198 6700389 114 - 7074893
CUGACACGCCGGUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCCCGGGUUCGACUCCUGGUGCCGGCACCAUACAAAACA------AAGCCCUCGCAGCGAUGCGAGG
.......((((((((((.(((((((......))))))).)))).)))....((..(((((.......)))))..))))).............------....(((((((....))))))) ( -41.90)
>pfo.169 6085294 112 - 6438405
C--ACACGCCGGUAUAGCUCAGAUGGUAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCCCGGGUUCGAUUCCUGGUGCCGGCACCAUACAAAACA------AAGCCCUUGCAGAAAUGCAGGG
.--....(((((((..((((........))))....((((((.......))))))(((((.......)))))))))))).............------....(((((((....))))))) ( -40.50)
>pst.3197 6097135 111 + 6397126
C-AUUACGCCGGUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCCCGGGUUCGACUCCUGGUGCCGGCACCAUAUAAAUCA------AGGGC-UUGCAGCGAUGCA-GG
.-.....((((((((((.(((((((......))))))).)))).)))....((..(((((.......)))))..))))).............------....(-(((((....))))-)) ( -36.40)
>consensus
C_CCUACGCCGGUAUAGCUCAGAUGGUAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCCCGGGUUCGAUUCCUGGUGCCGGCACCAUACAAAACA______AAGCC_UCGCAGAAAGGCG_GG
.......(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))..........................((((....))))... (-36.66 = -33.95 +  -2.71)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	3,524,006 – 3,524,115
Length	109
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.77
Mean single sequence MFE	-36.65
Consensus MFE	-30.14
Energy contribution	-27.65
Covariance contribution	-2.49
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-0.84
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.10
SVM RNA-class probability	0.584790
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1872 3524006 109 - 6264404
CC-CGGCAUGUGCCGAGGGCUU------UGA---AUUUGGCUCCGCGACCUGGACUCGAACCAGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCGCGGAACAGC-G
((-((((....)))).))(((.------...---....)))((((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..))))))).....-. ( -39.40)
>pel.3003 5540594 116 - 5888780
CC-CACCUUUCGGUGA-GCCUCUUGAG-UACUACGUAUGGUGCCGGCACCAGGAAUCGAACCCGGGACCUACUGAUUACAAGUCAGUUGCUCUACCAUCUGAGCUAUACCGGCACAGG-G
..-((((....)))).-.(((.....(-(((...)))).(((((((....(((..(((....)))..)))((((((.....)))))).((((........))))....))))))))))-. ( -36.30)
>ppk.159 5846811 117 + 6181863
CC-CACCUUUCGGUGA-GCCUUUUUUGAUACUGCGUAUGGUGCCGGCACCAGGAAUCGAACCCGGGACCUACUGAUUACAAGUCAGUUGCUCUACCAUCUGAGCUAUACCGGCAAUGG-G
((-((...((((((..-.(((......((((...))))((((....))))))).)))))).((((.....((((((.....)))))).((((........))))....))))...)))-) ( -35.70)
>pf5.198 6700389 114 + 7074893
CCUCGCAUCGCUGCGAGGGCUU------UGUUUUGUAUGGUGCCGGCACCAGGAGUCGAACCCGGGACCUACUGAUUACAAGUCAGUUGCUCUACCAACUGAGCUAUACCGGCGUGUCAG
.((((((....))))))(((((------(........(((((....)))))))))))((((((((.....((((((.....)))))).((((........))))....)))).)).)).. ( -39.00)
>pfo.169 6085294 112 + 6438405
CCCUGCAUUUCUGCAAGGGCUU------UGUUUUGUAUGGUGCCGGCACCAGGAAUCGAACCCGGGACCUACUGAUUACAAGUCAGUUGCUCUACCAUCUGAGCUAUACCGGCGUGU--G
(((((((....)))).(((.((------((.(((...(((((....))))).))).))))))))))..........((((.(((.((.((((........))))...)).))).)))--) ( -34.50)
>pst.3197 6097135 111 - 6397126
CC-UGCAUCGCUGCAA-GCCCU------UGAUUUAUAUGGUGCCGGCACCAGGAGUCGAACCCGGGACCUACUGAUUACAAGUCAGUUGCUCUACCAACUGAGCUAUACCGGCGUAAU-G
..-((((....)))).-....(------((((((...(((((....))))).)))))))((((((.....((((((.....)))))).((((........))))....)))).))...-. ( -35.00)
>consensus
CC_CGCAUUGCGGCGA_GCCUU______UGAUUUGUAUGGUGCCGGCACCAGGAAUCGAACCCGGGACCUACUGAUUACAAGUCAGUUGCUCUACCAACUGAGCUAUACCGGCAUAGC_G
...((((....))))........................(((((((..((.((.......)).)).....((((((.....)))))).((((........))))....)))))))..... (-30.14 = -27.65 +  -2.49)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	3,524,015 – 3,524,125
Length	110
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.33
Mean single sequence MFE	-48.85
Consensus MFE	-34.88
Energy contribution	-32.97
Covariance contribution	-1.91
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-4.18
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	1.91
SVM RNA-class probability	0.982397
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1872 3524015 110 + 6264404
GCGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCUGGUUCGAGUCCAGGUCGCGGAGCCAAAU---UCA------AAGCCCUCGGCACAUGCCG-GGGGCUUUUUCG
((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......)))))))))(((......)---))(------(((((((((((....))))-)))))))).... ( -44.60)
>pel.3003 5540603 114 + 5888780
GGUAUAGCUCAGAUGGUAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCCCGGGUUCGAUUCCUGGUGCCGGCACCAUACGUAGUA-CUCAAGAGGC-UCACCGAAAGGUG-GGCCUUUUU---
(((((.((....(((((...((.(((((.......))))).((..(((((.......)))))..)).)))))))..)).)))-)).(((((((-(((((....))))-)))))))).--- ( -48.90)
>ppk.159 5846820 115 - 6181863
GGUAUAGCUCAGAUGGUAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCCCGGGUUCGAUUCCUGGUGCCGGCACCAUACGCAGUAUCAAAAAAGGC-UCACCGAAAGGUG-GGCCUUUUU---
(((((.((....(((((...((.(((((.......))))).((..(((((.......)))))..)).)))))))..)).))))).((((((((-(((((....))))-)))))))))--- ( -51.80)
>pf5.198 6700399 111 - 7074893
GGUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCCCGGGUUCGACUCCUGGUGCCGGCACCAUACAAAACA------AAGCCCUCGCAGCGAUGCGAGGGCUUUGU---
(((((((.(((((((......))))))).)))).....((.((..(((((.......)))))..)).))))).......(((------(((((((((((....))))))))))))))--- ( -52.70)
>pfo.169 6085302 111 - 6438405
GGUAUAGCUCAGAUGGUAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCCCGGGUUCGAUUCCUGGUGCCGGCACCAUACAAAACA------AAGCCCUUGCAGAAAUGCAGGGGCUUUGU---
(((...((((........)))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))..))...))).......(((------(((((((((((....))))))))))))))--- ( -50.50)
>pst.3197 6097144 109 + 6397126
GGUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCCCGGGUUCGACUCCUGGUGCCGGCACCAUAUAAAUCA------AGGGC-UUGCAGCGAUGCA-GGCCCUCGU---
(((((((.(((((((......))))))).)))).....((.((..(((((.......)))))..)).)))))..........------(((((-(((((....))))-))))))...--- ( -44.60)
>consensus
GGUAUAGCUCAGAUGGUAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCCCGGGUUCGAUUCCUGGUGCCGGCACCAUACAAAACA______AAGCC_UCGCAGAAAGGCG_GGCCUUUGU___
(((...((((........)))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))..))...)))................(((((..((((....))))..)))))...... (-34.88 = -32.97 +  -1.91)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	3,524,015 – 3,524,125
Length	110
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.33
Mean single sequence MFE	-39.93
Consensus MFE	-29.76
Energy contribution	-27.79
Covariance contribution	-1.97
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-2.74
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	1.81
SVM RNA-class probability	0.978379
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1872 3524015 110 - 6264404
CGAAAAAGCCCC-CGGCAUGUGCCGAGGGCUU------UGA---AUUUGGCUCCGCGACCUGGACUCGAACCAGGGACCCAAUGAUUAACAGUCAUUUGCUCUACCGACUGAGCUAUCGC
(((.(((((((.-((((....)))).))))))------)..---...((((((.(((.(((((.......)))))((.(.((((((.....)))))).).))...)).).))))))))). ( -42.40)
>pel.3003 5540603 114 - 5888780
---AAAAAGGCC-CACCUUUCGGUGA-GCCUCUUGAG-UACUACGUAUGGUGCCGGCACCAGGAAUCGAACCCGGGACCUACUGAUUACAAGUCAGUUGCUCUACCAUCUGAGCUAUACC
---....((((.-((((....)))).-))))......-......((((((((....))))(((..(((....)))..)))((((((.....)))))).((((........)))).)))). ( -33.90)
>ppk.159 5846820 115 + 6181863
---AAAAAGGCC-CACCUUUCGGUGA-GCCUUUUUUGAUACUGCGUAUGGUGCCGGCACCAGGAAUCGAACCCGGGACCUACUGAUUACAAGUCAGUUGCUCUACCAUCUGAGCUAUACC
---((((((((.-((((....)))).-)))))))).........((((((((....))))(((..(((....)))..)))((((((.....)))))).((((........)))).)))). ( -37.20)
>pf5.198 6700399 111 + 7074893
---ACAAAGCCCUCGCAUCGCUGCGAGGGCUU------UGUUUUGUAUGGUGCCGGCACCAGGAGUCGAACCCGGGACCUACUGAUUACAAGUCAGUUGCUCUACCAACUGAGCUAUACC
---((((((((((((((....)))))))))))------)))...(((((((.((((.....(....)....)))).))).((((((.....)))))).((((........)))).)))). ( -46.70)
>pfo.169 6085302 111 + 6438405
---ACAAAGCCCCUGCAUUUCUGCAAGGGCUU------UGUUUUGUAUGGUGCCGGCACCAGGAAUCGAACCCGGGACCUACUGAUUACAAGUCAGUUGCUCUACCAUCUGAGCUAUACC
---(((((((((.((((....)))).))))))------)))...((((((((....))))(((..(((....)))..)))((((((.....)))))).((((........)))).)))). ( -40.80)
>pst.3197 6097144 109 - 6397126
---ACGAGGGCC-UGCAUCGCUGCAA-GCCCU------UGAUUUAUAUGGUGCCGGCACCAGGAGUCGAACCCGGGACCUACUGAUUACAAGUCAGUUGCUCUACCAACUGAGCUAUACC
---.(((((((.-((((....)))).-)))))------))........(((.((((.....(....)....)))).))).((((((.....)))))).((((........))))...... ( -38.60)
>consensus
___AAAAAGCCC_CGCAUUGCGGCGA_GCCUU______UGAUUUGUAUGGUGCCGGCACCAGGAAUCGAACCCGGGACCUACUGAUUACAAGUCAGUUGCUCUACCAACUGAGCUAUACC
......(((((..((((....))))..)))))................(((.((((...............)))).))).((((((.....)))))).((((........))))...... (-29.76 = -27.79 +  -1.97)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Thu Jan 18 21:13:14 2007