Locus 107

Sequence ID	pao.1083
Location	1,947,442 – 1,947,662
Length	220
Max. P	0.993560

overview

Window 3

Location	1,947,442 – 1,947,555
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.91
Mean single sequence MFE	-47.90
Consensus MFE	-42.61
Energy contribution	-41.17
Covariance contribution	-1.44
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.08
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	1.16
SVM RNA-class probability	0.924314
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1083 1947442 113 + 6264404
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACAGGAUUGUGGCUCCUGGUGUCGUGGGUUCGAUUCCCAUCGUCCACCCCAUAUUCCG-A-A--GCGCC-AGGC-CCG-GGGCCUGGCGU
....((((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))))..........-.-.--(((((-((((-(..-.)))))))))) ( -51.10)
>pau.1942 2850415 113 - 6537648
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACAGGAUUGUGGCUCCUGGUGUCGUGGGUUCGAUUCCCAUCGUCCACCCCAUAUUCCG-A-A--GCGCC-AGGC-CCG-GGGCCUGGCGU
....((((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))))..........-.-.--(((((-((((-(..-.)))))))))) ( -51.10)
>pfo.2168 2249823 116 - 6438405
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGGGAUUGUGACUCCCGUUGUCGUGGGUUCGAUCCCCAUCGUCCACCCCAUAUUUCG-A-AAGGCGCC-AGAUGUAA-CAGUCUGGCGC
....((((((((..((((........))))..(((((((.(((((.((....)).))))))))))))...))))))))........(.-.-..)(((((-((((....-..))))))))) ( -53.30)
>pf5.2421 2466463 116 - 7074893
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACAGGAUUGUGACUCCUGUUGUCGUGGGUUCGAUCCCCAUCGUCCACCCCAUAUUCGA-AGAAGGCGCC-AGAU-UAA-UAGUCUGGCGC
....((((((((..((((........))))...((((((.(((((.((....)).)))))))))))....))))))))..........-.....(((((-((((-...-..))))))))) ( -46.90)
>ppk.1315 2585873 115 + 6181863
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCUGGAUUGUGAUUCCAGUUGUCGUGGGUUCGAUUCCCAUCGUCCACCCCAUAUUUUUCA-AGGGCGCCUCGAU-AGC---AUCUGGCGC
....((((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))))............-...(((((..(((-...---))).))))) ( -40.70)
>pel.1044 1952749 118 + 5888780
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCCGGAUUGUGAUUCCGGUUGUCGUGGGUUCGAUUCCCAUCGUCCACCCCAGAUUCUGCA-GGGGCGCCUUGAU-UGAAUGAUCCGGCGC
....((((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))))............-...(((((..(((-(....)))).))))) ( -44.30)
>consensus
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACAGGAUUGUGACUCCUGUUGUCGUGGGUUCGAUUCCCAUCGUCCACCCCAUAUUCCG_A_A_GGCGCC_AGAU_UAA_GGGUCUGGCGC
....((((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))))................(((((.((((.......))))))))) (-42.61 = -41.17 +  -1.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	1,947,442 – 1,947,555
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.91
Mean single sequence MFE	-43.83
Consensus MFE	-37.63
Energy contribution	-37.47
Covariance contribution	-0.17
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.80
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	1.56
SVM RNA-class probability	0.963646
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1083 1947442 113 - 6264404
ACGCCAGGCCC-CGG-GCCU-GGCGC--U-U-CGGAAUAUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACACCAGGAGCCACAAUCCUGUGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
.(((((((((.-..)-))))-))))(--.-.-..).((((((((((..((.((((.......)))))).)))).((.((.(((....)))((((........))))...)))).)))))) ( -47.70)
>pau.1942 2850415 113 + 6537648
ACGCCAGGCCC-CGG-GCCU-GGCGC--U-U-CGGAAUAUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACACCAGGAGCCACAAUCCUGUGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
.(((((((((.-..)-))))-))))(--.-.-..).((((((((((..((.((((.......)))))).)))).((.((.(((....)))((((........))))...)))).)))))) ( -47.70)
>pfo.2168 2249823 116 + 6438405
GCGCCAGACUG-UUACAUCU-GGCGCCUU-U-CGAAAUAUGGGGUGGACGAUGGGGAUCGAACCCACGACAACGGGAGUCACAAUCCCGUGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
((((((((...-.....)))-)))))...-.-....((((((((((..((.((((.......))))))...((((((.......))))))((((........))))..))))..)))))) ( -46.70)
>pf5.2421 2466463 116 + 7074893
GCGCCAGACUA-UUA-AUCU-GGCGCCUUCU-UCGAAUAUGGGGUGGACGAUGGGGAUCGAACCCACGACAACAGGAGUCACAAUCCUGUGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
((((((((...-...-.)))-))))).....-....((((((((((..((.((((.......))))))...((((((.......))))))((((........))))..))))..)))))) ( -44.90)
>ppk.1315 2585873 115 - 6181863
GCGCCAGAU---GCU-AUCGAGGCGCCCU-UGAAAAAUAUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACAACUGGAAUCACAAUCCAGCGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
(((((.(((---...-)))..)))))...-......((((((((((..((.((((.......))))))....(((((.......))))).((((........))))..))))..)))))) ( -36.80)
>pel.1044 1952749 118 - 5888780
GCGCCGGAUCAUUCA-AUCAAGGCGCCCC-UGCAGAAUCUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACAACCGGAAUCACAAUCCGGCGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
(((((((((.((((.-.....((((((((-..........))))))..((.((((.......))))))....)).))))....)))))))((((........))))...))......... ( -39.20)
>consensus
GCGCCAGACCA_UCA_AUCU_GGCGCC_U_U_CGGAAUAUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACAACAGGAGUCACAAUCCUGUGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
(((((((((.......)))).)))))..........((((((((((..((.((((.......))))))....(((((.......))))).((((........))))..))))..)))))) (-37.63 = -37.47 +  -0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	1,947,482 – 1,947,593
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.07
Mean single sequence MFE	-44.00
Consensus MFE	-30.36
Energy contribution	-29.62
Covariance contribution	-0.74
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-2.67
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	2.24
SVM RNA-class probability	0.990973
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1083 1947482 111 + 6264404
GGCUCCUGGUGUCGUGGGUUCGAUUCCCAUCGUCCACCCCAUAUUCCG-A-A--GCGCC-AGGC-CCG-GGGCCUGGCGUUUUCA-UUUC-CAAGCAGUGUCCCGCGGACGUGGUGGAAU
((.....((((.((((((.......)))).))..)))).......))(-(-(--(((((-((((-(..-.)))))))))))))..-.(((-((..((.(((((...))))))).))))). ( -45.80)
>pfo.2168 2249863 115 - 6438405
GACUCCCGUUGUCGUGGGUUCGAUCCCCAUCGUCCACCCCAUAUUUCG-A-AAGGCGCC-AGAUGUAA-CAGUCUGGCGCCUUUG-CUUUAAAAAGCUUCAUCUGCGGAUGUGGUGGAAU
(((.......)))(((((.......)))))..((((((.((...((((-(-((((((((-((((....-..)))))))))))))(-(((....))))........)))))).)))))).. ( -46.60)
>pf5.2421 2466503 114 - 7074893
GACUCCUGUUGUCGUGGGUUCGAUCCCCAUCGUCCACCCCAUAUUCGA-AGAAGGCGCC-AGAU-UAA-UAGUCUGGCGCCUUUG-CUUU-AAAAGCUUGUUACGCGGACGUGGUGGAAU
(((((.((....)).)))))...((((((.(((((.............-.(((((((((-((((-...-..)))))))))))))(-((..-...))).........)))))))).))).. ( -45.20)
>ppk.1315 2585913 109 + 6181863
GAUUCCAGUUGUCGUGGGUUCGAUUCCCAUCGUCCACCCCAUAUUUUUCA-AGGGCGCCUCGAU-AGC---AUCUGGCGCCUUUG-UUUU-AAGCGUU----ACGCGGACGUGGUGAAAU
((..(((.......)))..))..((((((.(((((.............((-((((((((..(((-...---))).))))))))))-....-..(((..----.))))))))))).))).. ( -38.40)
>pel.1044 1952789 113 + 5888780
GAUUCCGGUUGUCGUGGGUUCGAUUCCCAUCGUCCACCCCAGAUUCUGCA-GGGGCGCCUUGAU-UGAAUGAUCCGGCGCCUUUGUUUUU-GAGUUUC----AUGCGGACGUGGUGAAAU
((..(((.......)))..))..((((((.(((((.(...((((((.(((-((((((((..(((-(....)))).)))))))))))....-)))))).----..).)))))))).))).. ( -43.30)
>pss.1031 1981523 113 + 6093698
GACUCCUGCGGUCGUGGGUUCGAACCCCAUCGUCCACCCCAUAUUAAG-A-AGGGCGCC-AGAU-UCA-UAGUCUGGCGCCUUUG-CUUU-AACAGUUUGAAAUGCGGAUGUGGUGGAAU
.........((.((((((.......)))).)).)).(((((((((...-(-((((((((-((((-...-..)))))))))))))(-((((-((....)))))..)).))))))).))... ( -44.70)
>consensus
GACUCCUGUUGUCGUGGGUUCGAUCCCCAUCGUCCACCCCAUAUUCCG_A_AGGGCGCC_AGAU_UAA_UAGUCUGGCGCCUUUG_CUUU_AAAAGUUUG__ACGCGGACGUGGUGGAAU
((..((.........))..))..((((((.(((((................((((((((.((((.......))))))))))))............((.......)))))))))).))).. (-30.36 = -29.62 +  -0.74)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	1,947,482 – 1,947,593
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.07
Mean single sequence MFE	-41.25
Consensus MFE	-26.93
Energy contribution	-27.43
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.75
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	2.33
SVM RNA-class probability	0.992426
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1083 1947482 111 - 6264404
AUUCCACCACGUCCGCGGGACACUGCUUG-GAAA-UGAAAACGCCAGGCCC-CGG-GCCU-GGCGC--U-U-CGGAAUAUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACACCAGGAGCC
.((((.(((..(((((((....))))...-....-.(((..(((((((((.-..)-))))-)))).--)-)-))))...)))((((..((.((((.......)))))).)))).)))).. ( -49.30)
>pfo.2168 2249863 115 + 6438405
AUUCCACCACAUCCGCAGAUGAAGCUUUUUAAAG-CAAAGGCGCCAGACUG-UUACAUCU-GGCGCCUU-U-CGAAAUAUGGGGUGGACGAUGGGGAUCGAACCCACGACAACGGGAGUC
(((((.((((.((((........((((....)))-)((((((((((((...-.....)))-))))))))-)-.......)))))))).((.((((.......))))))......))))). ( -45.10)
>pf5.2421 2466503 114 + 7074893
AUUCCACCACGUCCGCGUAACAAGCUUUU-AAAG-CAAAGGCGCCAGACUA-UUA-AUCU-GGCGCCUUCU-UCGAAUAUGGGGUGGACGAUGGGGAUCGAACCCACGACAACAGGAGUC
(((((....(((((((.......(((...-..))-).(((((((((((...-...-.)))-))))))))..-...........))))))).((((.......))))........))))). ( -44.60)
>ppk.1315 2585913 109 - 6181863
AUUUCACCACGUCCGCGU----AACGCUU-AAAA-CAAAGGCGCCAGAU---GCU-AUCGAGGCGCCCU-UGAAAAAUAUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACAACUGGAAUC
((((((((((.((((((.----..)))..-....-(((.((((((.(((---...-)))..)))))).)-))........))))))).((.((((.......)))))).....)))))). ( -34.90)
>pel.1044 1952789 113 - 5888780
AUUUCACCACGUCCGCAU----GAAACUC-AAAAACAAAGGCGCCGGAUCAUUCA-AUCAAGGCGCCCC-UGCAGAAUCUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACAACCGGAAUC
(((((.((((((((((..----.......-.........((((((.(((......-)))..))))))((-(.........)))))))))).)))...(((......))).....))))). ( -34.20)
>pss.1031 1981523 113 - 6093698
AUUCCACCACAUCCGCAUUUCAAACUGUU-AAAG-CAAAGGCGCCAGACUA-UGA-AUCU-GGCGCCCU-U-CUUAAUAUGGGGUGGACGAUGGGGUUCGAACCCACGACCGCAGGAGUC
(((((.((.(((..(((........))).-.(((-.((.(((((((((...-...-.)))-)))))).)-)-)))...)))))((((.((.((((.......)))))).)))).))))). ( -39.40)
>consensus
AUUCCACCACGUCCGCAU__CAAACUUUU_AAAA_CAAAGGCGCCAGACUA_UCA_AUCU_GGCGCCCU_U_CAGAAUAUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACAACAGGAGUC
(((((....(((((((.......................(((((((((.........))).)))))).....(........).))))))).((((.......))))........))))). (-26.93 = -27.43 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	1,947,522 – 1,947,633
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.81
Mean single sequence MFE	-44.75
Consensus MFE	-31.14
Energy contribution	-29.87
Covariance contribution	-1.27
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.61
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	2.24
SVM RNA-class probability	0.990984
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1083 1947522 111 + 6264404
AUAUUCCG-A-A--GCGCC-AGGC-CCG-GGGCCUGGCGUUUUCA-UUUC-CAAGCAGUGUCCCGCGGACGUGGUGGAAUUGGUAGACACACUGGAUUUAGGUUCCAGCGCCGCAAGGCG
.......(-(-(--(((((-((((-(..-.)))))))))))))((-.(((-((..((.(((((...))))))).))))).)).........(((((.......)))))((((....)))) ( -50.40)
>pau.1942 2850495 111 - 6537648
AUAUUCCG-A-A--GCGCC-AGGC-CCG-GGGCCUGGCGUUUUCA-UUUC-CAAGCAGUGUCCCGCGGACGUGGUGGAAUUGGUAGACACACUGGAUUUAGGUUCCAGCGCCGCAAGGCG
.......(-(-(--(((((-((((-(..-.)))))))))))))((-.(((-((..((.(((((...))))))).))))).)).........(((((.......)))))((((....)))) ( -50.40)
>pfo.2168 2249903 115 - 6438405
AUAUUUCG-A-AAGGCGCC-AGAUGUAA-CAGUCUGGCGCCUUUG-CUUUAAAAAGCUUCAUCUGCGGAUGUGGUGGAAUUGGUAGACACACUGGAUUUAGGUUCCAGCGCCGCGAGGCG
........-(-((((((((-((((....-..)))))))))))))(-(((....))))....(((((.(((........))).)))))....(((((.......)))))((((....)))) ( -47.90)
>pf5.2421 2466543 114 - 7074893
AUAUUCGA-AGAAGGCGCC-AGAU-UAA-UAGUCUGGCGCCUUUG-CUUU-AAAAGCUUGUUACGCGGACGUGGUGGAAUUGGUAGACACACUGGAUUUAGGUUCCAGCGCCGCAAGGUG
........-.(((((((((-((((-...-..)))))))))))))(-((..-...))).......((((.(((..(((((((...(..(.....)..)...))))))))))))))...... ( -43.10)
>ppk.1315 2585953 109 + 6181863
AUAUUUUUCA-AGGGCGCCUCGAU-AGC---AUCUGGCGCCUUUG-UUUU-AAGCGUU----ACGCGGACGUGGUGAAAUUGGUAGACACACUGGAUUUAGGUUCCAGCGGCGCAAGCUG
........((-((((((((..(((-...---))).))))))))))-((((-(.(((((----.....)))))..)))))............(((((.......)))))((((....)))) ( -36.40)
>pel.1044 1952829 113 + 5888780
AGAUUCUGCA-GGGGCGCCUUGAU-UGAAUGAUCCGGCGCCUUUGUUUUU-GAGUUUC----AUGCGGACGUGGUGAAAUUGGUAGACACACUGGAUUUAGGUUCCAGCGGCGCAAGCUG
....((((((-((((((((..(((-(....)))).)))))))))......-.((((((----((((....)).)))))))).)))))....(((((.......)))))((((....)))) ( -40.30)
>consensus
AUAUUCCG_A_A_GGCGCC_AGAU_UAA_GGGUCUGGCGCCUUUG_UUUU_AAAAGAUUGU_ACGCGGACGUGGUGGAAUUGGUAGACACACUGGAUUUAGGUUCCAGCGCCGCAAGGCG
...........((((((((.((((.......))))))))))))....................(((....)))(((...........))).(((((.......)))))((((....)))) (-31.14 = -29.87 +  -1.27)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	1,947,522 – 1,947,633
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.81
Mean single sequence MFE	-37.93
Consensus MFE	-23.56
Energy contribution	-24.56
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.77
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	2.41
SVM RNA-class probability	0.993560
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1083 1947522 111 - 6264404
CGCCUUGCGGCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUCCACCACGUCCGCGGGACACUGCUUG-GAAA-UGAAAACGCCAGGCCC-CGG-GCCU-GGCGC--U-U-CGGAAUAU
(((...)))((((((((.......))))))))........(((((..((..(((((((....))))..)-))..-))....(((((((((.-..)-))))-)))).--.-.-.))))).. ( -45.60)
>pau.1942 2850495 111 + 6537648
CGCCUUGCGGCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUCCACCACGUCCGCGGGACACUGCUUG-GAAA-UGAAAACGCCAGGCCC-CGG-GCCU-GGCGC--U-U-CGGAAUAU
(((...)))((((((((.......))))))))........(((((..((..(((((((....))))..)-))..-))....(((((((((.-..)-))))-)))).--.-.-.))))).. ( -45.60)
>pfo.2168 2249903 115 + 6438405
CGCCUCGCGGCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUCCACCACAUCCGCAGAUGAAGCUUUUUAAAG-CAAAGGCGCCAGACUG-UUACAUCU-GGCGCCUU-U-CGAAAUAU
(((...)))((((((((.......)))))))).................((((....))))..((((....)))-)((((((((((((...-.....)))-))))))))-)-........ ( -39.00)
>pf5.2421 2466543 114 + 7074893
CACCUUGCGGCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUCCACCACGUCCGCGUAACAAGCUUUU-AAAG-CAAAGGCGCCAGACUA-UUA-AUCU-GGCGCCUUCU-UCGAAUAU
......(((((((((((.......))))))(((..............)))).)))).......(((...-..))-).(((((((((((...-...-.)))-))))))))..-........ ( -36.84)
>ppk.1315 2585953 109 - 6181863
CAGCUUGCGCCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUUCACCACGUCCGCGU----AACGCUU-AAAA-CAAAGGCGCCAGAU---GCU-AUCGAGGCGCCCU-UGAAAAAUAU
.(((((((((.((((((.......))))))(((..............)))....))))----)).))).-....-(((.((((((.(((---...-)))..)))))).)-))........ ( -33.44)
>pel.1044 1952829 113 - 5888780
CAGCUUGCGCCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUUCACCACGUCCGCAU----GAAACUC-AAAAACAAAGGCGCCGGAUCAUUCA-AUCAAGGCGCCCC-UGCAGAAUCU
....(((((((((((((.......))))))).))........................----.......-.........((((((.(((......-)))..))))))..-.))))..... ( -27.10)
>consensus
CACCUUGCGGCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUCCACCACGUCCGCGG_ACAAACCUUU_AAAA_CAAAGGCGCCAGACCA_UCA_AUCU_GGCGCC_U_U_CGGAAUAU
......((((.((((((.......))))))(((..............)))..)))).......................((((((((((.......)))).))))))............. (-23.56 = -24.56 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	1,947,544 – 1,947,662
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.56
Mean single sequence MFE	-37.77
Consensus MFE	-31.35
Energy contribution	-30.05
Covariance contribution	-1.30
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.55
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.19
SVM RNA-class probability	0.627427
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1083 1947544 118 - 6264404
UGGUGCGGACGGAGAGACUCGAACUCUCACGCCUUGCGGCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUCCACCACGUCCGCGGGACACUGCUUG-GAAA-UGAAAACGCCAGGCCC
...(((((((((((((.......))))).(((...)))((((((((.......)))))))).................)))))))).......(((((-(...-(....)..)))))).. ( -41.60)
>pau.1942 2850517 118 + 6537648
UGGUGCGGACGGAGAGACUCGAACUCUCACGCCUUGCGGCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUCCACCACGUCCGCGGGACACUGCUUG-GAAA-UGAAAACGCCAGGCCC
...(((((((((((((.......))))).(((...)))((((((((.......)))))))).................)))))))).......(((((-(...-(....)..)))))).. ( -41.60)
>pfo.2168 2249928 119 + 6438405
UGGUGCGGAUGAAGAGACUCGAACUCUUACGCCUCGCGGCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUCCACCACAUCCGCAGAUGAAGCUUUUUAAAG-CAAAGGCGCCAGACUG
((((((((((((((((.......))))).(((...)))((((((((.......)))))))).................))))))).......((((((.....-.))))))))))..... ( -38.10)
>pf5.2421 2466568 118 + 7074893
UGGUGCGGACGAAGAGACUCGAACUCUUACACCUUGCGGCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUCCACCACGUCCGCGUAACAAGCUUUU-AAAG-CAAAGGCGCCAGACUA
((((((((((((((((.......)))))..........((((((((.......)))))))).................))))))).......((((((-....-.))))))))))..... ( -38.00)
>ppk.1315 2585979 112 - 6181863
UGGUGCGGACGAAGAGACUCGAACUCUUACAGCUUGCGCCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUUCACCACGUCCGCGU----AACGCUU-AAAA-CAAAGGCGCCAGAU--
((((((((((((((((.......))))).......((((.((((((.......))))))))))...............)))))))..----...((((-....-...))))))))...-- ( -35.50)
>pel.1044 1952856 115 - 5888780
UGGUGCGGACGAAGAGACUCGAACUCUUACAGCUUGCGCCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUUCACCACGUCCGCAU----GAAACUC-AAAAACAAAGGCGCCGGAUCA
.(((((((((((((((.......))))).......((((.((((((.......))))))))))...............)))))...(----(.....)-).........)))))...... ( -31.80)
>consensus
UGGUGCGGACGAAGAGACUCGAACUCUUACACCUUGCGGCGCUGGAACCUAAAUCCAGUGUGUCUACCAAUUCCACCACGUCCGCGG_ACAAACCUUU_AAAA_CAAAGGCGCCAGACCA
((((((((((((((((.......))))).......(((.(((((((.......))))))))))...............)))))))...................(....).))))..... (-31.35 = -30.05 +  -1.30)

alignment

secondary structure

dotplot

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