Locus 104

Sequence ID	pao.1076
Location	1,937,755 – 1,937,887
Length	132
Max. P	0.978928

overview

Window 4

Location	1,937,755 – 1,937,853
Length	98
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	69.99
Mean single sequence MFE	-45.72
Consensus MFE	-18.39
Energy contribution	-17.97
Covariance contribution	-0.41
Combinations/Pair	1.44
Mean z-score	-2.29
Structure conservation index	0.40
SVM decision value	1.69
SVM RNA-class probability	0.972537
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1076 1937755 98 + 6264404
UUCCAGACAGAAGCUGUUUUCAAAGUUUUACGCCGGCGGGCUGGGGUG-------GGGCUGGCGA--GACGCUU--------GAGGGAGGCGCC--GUCGCCAGCGUACCUGCCGGA-
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>ppk.1364 2672426 111 + 6181863
AUCCUUACAGAAGCUGCUUUCAAAGUUUUACGCCUGCAGAACGGG-GACUGAUGAGGGCUGGCGC--GGGCAUG-CGAGGG--AUGCAUGGCCCGGGCCAACGCCGUUC-UACCGGAU
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>pst.2228 2157993 110 - 6397126
UUCCUAACAGAAGCUGUUUUCAAAGUUUUACGCCUGCAGAACGGGGGG--AGGGACGGUCGACAC--GGCCAUU-CUUGAUGAGGGAAUGGCCC--GUCGACGCCGCAA-UGCGGGGU
(((((..(.((((((........))))))...((((.....)))))..--)))))..((((((..--(((((((-(((.....)))))))))).--)))))).((((..-.))))... ( -44.00)
>pfo.1992 2567069 113 - 6438405
UUCCUUACAGAAGCUGCUUUCAAAGUUUUACGCCUGCAGAACGGGGAGCUGAUGAGGGUUGGCGUUGGGCUUUUCCCCGCUGGAAAAACCCUAC--GCCAACACCGCUC-UGAAGG--
..((((.((((.((.(((..(...(((((........))))).)..)))......((((((((((.(((.((((((.....)))))).))).))--)))))).))))))-))))))-- ( -48.80)
>pss.1020 1961627 110 + 6093698
UUCCUAACAGAAGCUGUUUUCAAAGUUUUACGCCUGCAGGGCGGGGGG--AGUGGCGGUCGACAC--GGCCAUU-CGUGAUGAGGGAAUGGCCU--GUCGACGCCGCAC-UGCGGGAU
.((((....((((((........)))))).((((.....)))).(.((--.((((((.((((((.--(((((((-(.(.....).)))))))))--))))))))))).)-).))))). ( -52.70)
>psp.2080 1835236 110 - 5928787
UUCCUAACAGAAGCUGUUUUCAAAGUUUUACGCCUGCAGAACGGGGGA--AGUGACGGUCGACAC--GGCCAUU-CUUGAUGAGGGAAUGGCCU--GUCGACGCCGCAA-UGCGGGGU
.........((((((........))))))...((((((...((((...--.....).(((((((.--(((((((-(((.....)))))))))))--)))))).)))...-)))))).. ( -45.00)
>consensus
UUCCUAACAGAAGCUGUUUUCAAAGUUUUACGCCUGCAGAACGGGGGG__AGUGACGGUCGACAC__GGCCAUU_CGUGAUGAAGGAAUGGCCC__GUCGACGCCGCAC_UGCGGGAU
.........((((((........))))))...((((((...(((.............((((((....((.((((............)))).))...)))))).)))....)))))).. (-18.39 = -17.97 +  -0.41)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	1,937,755 – 1,937,853
Length	98
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	69.99
Mean single sequence MFE	-41.25
Consensus MFE	-11.09
Energy contribution	-11.79
Covariance contribution	0.70
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-2.79
Structure conservation index	0.27
SVM decision value	1.83
SVM RNA-class probability	0.978928
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1076 1937755 98 - 6264404
-UCCGGCAGGUACGCUGGCGAC--GGCGCCUCCCUC--------AAGCGUC--UCGCCAGCCC-------CACCCCAGCCCGCCGGCGUAAAACUUUGAAAACAGCUUCUGUCUGGAA
-(((((((((..(((((((((.--(((((.......--------..)))))--))))))))..-------.......(((....))).................)..)))).))))). ( -38.10)
>ppk.1364 2672426 111 - 6181863
AUCCGGUA-GAACGGCGUUGGCCCGGGCCAUGCAU--CCCUCG-CAUGCCC--GCGCCAGCCCUCAUCAGUC-CCCGUUCUGCAGGCGUAAAACUUUGAAAGCAGCUUCUGUAAGGAU
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>pst.2228 2157993 110 + 6397126
ACCCCGCA-UUGCGGCGUCGAC--GGGCCAUUCCCUCAUCAAG-AAUGGCC--GUGUCGACCGUCCCU--CCCCCCGUUCUGCAGGCGUAAAACUUUGAAAACAGCUUCUGUUAGGAA
((((.(((-..((((.((((((--(((((((((.........)-)))))))--.))))))).......--....))))..))).)).))...........(((((...)))))..... ( -35.70)
>pfo.1992 2567069 113 + 6438405
--CCUUCA-GAGCGGUGUUGGC--GUAGGGUUUUUCCAGCGGGGAAAAGCCCAACGCCAACCCUCAUCAGCUCCCCGUUCUGCAGGCGUAAAACUUUGAAAGCAGCUUCUGUAAGGAA
--((((((-((((((.((((((--((.((((((((((.....)))))))))).))))))))))......(((..(.(((.(((....))).)))...)..))).)).)))).)))).. ( -49.30)
>pss.1020 1961627 110 - 6093698
AUCCCGCA-GUGCGGCGUCGAC--AGGCCAUUCCCUCAUCACG-AAUGGCC--GUGUCGACCGCCACU--CCCCCCGCCCUGCAGGCGUAAAACUUUGAAAACAGCUUCUGUUAGGAA
.(((.(((-(.(((((((((((--(((((((((.........)-)))))))--.)))))).))))...--.....((((.....))))................))..))))..))). ( -44.90)
>psp.2080 1835236 110 + 5928787
ACCCCGCA-UUGCGGCGUCGAC--AGGCCAUUCCCUCAUCAAG-AAUGGCC--GUGUCGACCGUCACU--UCCCCCGUUCUGCAGGCGUAAAACUUUGAAAACAGCUUCUGUUAGGAA
.((.(((.-(((((((((((((--(((((((((.........)-)))))))--.)))))).))))((.--......))...)))))))............(((((...))))).)).. ( -36.90)
>consensus
AUCCCGCA_GUGCGGCGUCGAC__GGGCCAUUCCCUCAUCAAG_AAUGGCC__GCGCCAACCCUCACU__CCCCCCGUUCUGCAGGCGUAAAACUUUGAAAACAGCUUCUGUUAGGAA
..((.(((...((((.((((((...((.((((............)))).))....)))))).............))))..))).))...............((((...))))...... (-11.09 = -11.79 +   0.70)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	1,937,795 – 1,937,887
Length	92
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	66.92
Mean single sequence MFE	-44.63
Consensus MFE	-11.81
Energy contribution	-11.26
Covariance contribution	-0.55
Combinations/Pair	1.60
Mean z-score	-1.99
Structure conservation index	0.26
SVM decision value	0.05
SVM RNA-class probability	0.559636
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1076 1937795 92 + 6264404
CUGGGGUG-------GGGCUGGCGA--GACGCUU--------GAGGGAGGCGCC--GUCGCCAGCGUACCUGCCGGA--AAC-----UGUGCUCGUGACGCUUUGAAAACAGCUUCUA
....((..-------((((((((((--(.(((((--------.....))))).)--.))))))))...))..))(((--(.(-----(((..(((........)))..)))).)))). ( -39.00)
>ppk.1364 2672466 106 + 6181863
ACGGG-GACUGAUGAGGGCUGGCGC--GGGCAUG-CGAGGG--AUGCAUGGCCCGGGCCAACGCCGUUC-UACCGGAUCAAC-----UGUGCUCGUGACGCUUUGAAAACAGCUUCCA
(((((-.((.(.(((.(((((((.(--(((((((-((....--.))))).))))).))))..)))..((-.....))))).)-----.)).)))))((.(((.(....).))).)).. ( -41.20)
>pf5.1596 2914685 110 + 7074893
ACGGGGAGCUGAUGAGGGUUGGCGUUGGGUUUUUCCCCGCUGGAAAAACCCCUC--GCCAACACCGCUC-UGAAGG---AAC--GACUGUGCUCGUGACGCUUUGAAAACAGCUUCAA
....(((((((....(((((((((..((((((((((.....))))))))))..)--)))))).))....-....(.---.((--((......))))..)..........))))))).. ( -47.90)
>pst.2228 2158033 110 - 6397126
ACGGGGGG--AGGGACGGUCGACAC--GGCCAUU-CUUGAUGAGGGAAUGGCCC--GUCGACGCCGCAA-UGCGGGGUUAACCUGACUGUGCUCGUGACGCUUUGAAAACAGCUUCCA
.....(((--(((((((((((((..--(((((((-(((.....)))))))))).--)))(((.((((..-.)))).))).....)))))).))).....(((.(....).))))))). ( -45.50)
>pfo.1992 2567109 110 - 6438405
ACGGGGAGCUGAUGAGGGUUGGCGUUGGGCUUUUCCCCGCUGGAAAAACCCUAC--GCCAACACCGCUC-UGAAGG---AAC--GACUGUGCUCGUGACGCUUUGAAAACAGCUUCUA
...((((((((....((((((((((.(((.((((((.....)))))).))).))--)))))).))....-....(.---.((--((......))))..)..........)))))))). ( -46.00)
>pss.1020 1961667 110 + 6093698
GCGGGGGG--AGUGGCGGUCGACAC--GGCCAUU-CGUGAUGAGGGAAUGGCCU--GUCGACGCCGCAC-UGCGGGAUUAACUUGACUGUGCUCGUGACGCUUUGAAAACAGCUUCCA
.....(((--(((((((.((((((.--(((((((-(.(.....).)))))))))--)))))))))((((-..((((.....))))...))))...................)))))). ( -48.20)
>consensus
ACGGGGGG__GAUGAGGGUUGGCGC__GGCCAUU_CCCGAUGGAGGAAUGCCCC__GCCAACACCGCAC_UGCAGGA__AAC__GACUGUGCUCGUGACGCUUUGAAAACAGCUUCCA
(((((............((((((......(((((........))))).........)))))).((((....)).))...............)))))((.(((........))).)).. (-11.81 = -11.26 +  -0.55)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	1,937,795 – 1,937,887
Length	92
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	66.92
Mean single sequence MFE	-41.12
Consensus MFE	-7.77
Energy contribution	-7.49
Covariance contribution	-0.28
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-2.38
Structure conservation index	0.19
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.654356
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao.1076 1937795 92 - 6264404
UAGAAGCUGUUUUCAAAGCGUCACGAGCACA-----GUU--UCCGGCAGGUACGCUGGCGAC--GGCGCCUCCCUC--------AAGCGUC--UCGCCAGCCC-------CACCCCAG
..((((((((.(((..........))).)))-----)))--)).((..(((..((((((((.--(((((.......--------..)))))--))))))))..-------.))))).. ( -36.90)
>ppk.1364 2672466 106 - 6181863
UGGAAGCUGUUUUCAAAGCGUCACGAGCACA-----GUUGAUCCGGUA-GAACGGCGUUGGCCCGGGCCAUGCAU--CCCUCG-CAUGCCC--GCGCCAGCCCUCAUCAGUC-CCCGU
.(((.(((((((((...(.(((((.......-----).)))).).).)-)))))))((((((.(((((.((((..--.....)-)))))))--).)))))).........))-).... ( -39.20)
>pf5.1596 2914685 110 - 7074893
UUGAAGCUGUUUUCAAAGCGUCACGAGCACAGUC--GUU---CCUUCA-GAGCGGUGUUGGC--GAGGGGUUUUUCCAGCGGGGAAAAACCCAACGCCAACCCUCAUCAGCUCCCCGU
.(((.(((........))).))).((((......--(((---(.....-))))((.((((((--(..((((((((((.....))))))))))..)))))))))......))))..... ( -46.60)
>pst.2228 2158033 110 + 6397126
UGGAAGCUGUUUUCAAAGCGUCACGAGCACAGUCAGGUUAACCCCGCA-UUGCGGCGUCGAC--GGGCCAUUCCCUCAUCAAG-AAUGGCC--GUGUCGACCGUCCCU--CCCCCCGU
..((.(((........))).))(((.(((..((..((....))..)).-.)))(((((((((--(((((((((.........)-)))))))--.)))))).))))...--.....))) ( -36.90)
>pfo.1992 2567109 110 + 6438405
UAGAAGCUGUUUUCAAAGCGUCACGAGCACAGUC--GUU---CCUUCA-GAGCGGUGUUGGC--GUAGGGUUUUUCCAGCGGGGAAAAGCCCAACGCCAACCCUCAUCAGCUCCCCGU
..((.(((........))).))..((((......--(((---(.....-))))((.((((((--((.((((((((((.....)))))))))).))))))))))......))))..... ( -47.30)
>pss.1020 1961667 110 - 6093698
UGGAAGCUGUUUUCAAAGCGUCACGAGCACAGUCAAGUUAAUCCCGCA-GUGCGGCGUCGAC--AGGCCAUUCCCUCAUCACG-AAUGGCC--GUGUCGACCGCCACU--CCCCCCGC
.(((.(((........))).......((((.((............)).-))))(((((((((--(((((((((.........)-)))))))--.)))))).))))..)--))...... ( -39.80)
>consensus
UGGAAGCUGUUUUCAAAGCGUCACGAGCACAGUC__GUU__UCCCGCA_GAGCGGCGUCGAC__GGGCCAUUCCUCCAGCACG_AAUGGCC__GCGCCAACCCUCAUC__CCCCCCGU
..((.(((........))).))..................................((((((.................................))))))................. ( -7.77 =  -7.49 +  -0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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