Locus 93

Sequence ID pao_1
Location 5,332,038 – 5,332,175
Length 137
Max. P 0.999800
window355 window356 window357 window358

overview

Window 5

Location 5,332,038 – 5,332,157
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.52
Mean single sequence MFE -43.83
Consensus MFE -38.55
Energy contribution -38.88
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 1.89
SVM RNA-class probability 0.981441
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 5332038 119 + 1
CAUGGACUGUCCAGCUAACAAAAAGCCCCUAAAAAGGGGCCCUG-AAAAACUGGUUGCGGGGGCUGGAUUUGAACCAACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAGACUGCUCC
..(((...((((((((........((((((....))))))((((-...((....)).)))))))))))).....))).......((((((.....)))))).((((.........)))). ( -44.50)
>pau_1 1 119 + 1
CAUGGACUGUCCAGCUAACAAAAAGCCCCUAAAAAGGGGCCCUG-AAAAACUGGUUGCGGGGGCUGGAUUUGAACCAACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAGACUGCUCC
..(((...((((((((........((((((....))))))((((-...((....)).)))))))))))).....))).......((((((.....)))))).((((.........)))). ( -44.50)
>pel_1 1 107 + 1
-------------GCUAGCAAAAAGCCCCUGAAAAGGGGCUCUGCUGAAGCUGGUUGCGGGGGCUGGAUUUGAACCAACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAAGCUGCUCC
-------------(((((((...(((((((....))))))).))))).(((((((.((..(((((((.......))...((((....))))...))))).....)).))).))))))... ( -47.30)
>pf5_1 1 113 + 1
-------UGUCCAGCUAACAAAAAGCCCCUGAAAAGGGGCUCCGCUAAAACUGGUUGCGGGGGCCGGAUUUGAACCGACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAGACUGCUCC
-------.(((............(((((((....)))))))((((...........))))(((((((.......)))..((((....))))....)))))))((((.........)))). ( -44.50)
>pfo_1 1 111 + 1
-------UGUCCAGCUAACAAAAAGCCCCUUAAAAGGGGCUCC--UUAAACUGGUUGCGGGGGCCGGAUUUGAACCGACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAGACUGCUCC
-------.....(((........(((((((....)))))))..--.....(((((.((..(((((((.......)))..((((....))))....)))).....)).)))))...))).. ( -40.30)
>pfs_1 1 113 + 1
-------UGUCCAGCUAACAAAAAGCCCCUUAAAAGGGGCUCCGCUAAAACUGGUUGCGGGGGCCGGAUUUGAACCGACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAGACUGCUCC
-------.(((............(((((((....)))))))((((...........))))(((((((.......)))..((((....))))....)))))))((((.........)))). ( -41.90)
>consensus
_______UGUCCAGCUAACAAAAAGCCCCUAAAAAGGGGCUCCG_UAAAACUGGUUGCGGGGGCCGGAUUUGAACCAACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAGACUGCUCC
............(((.........((((((....))))))..........(((((.((((..(.(((.......))).)..)).((((((.....))))))...)).)))))...))).. (-38.55 = -38.88 +   0.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 5,332,038 – 5,332,157
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.52
Mean single sequence MFE -46.23
Consensus MFE -43.81
Energy contribution -43.20
Covariance contribution -0.61
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.53
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 3.34
SVM RNA-class probability 0.999043
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 5332038 119 - 1
GGAGCAGUCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUUGGUUCAAAUCCAGCCCCCGCAACCAGUUUUU-CAGGGCCCCUUUUUAGGGGCUUUUUGUUAGCUGGACAGUCCAUG
(((.(.(((((((.((...(((((.......))))).((..(((((.......)))))..)))).)))((((...-.(((((((((....))))))))).....)))))))).))))... ( -45.60)
>pau_1 1 119 - 1
GGAGCAGUCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUUGGUUCAAAUCCAGCCCCCGCAACCAGUUUUU-CAGGGCCCCUUUUUAGGGGCUUUUUGUUAGCUGGACAGUCCAUG
(((.(.(((((((.((...(((((.......))))).((..(((((.......)))))..)))).)))((((...-.(((((((((....))))))))).....)))))))).))))... ( -45.60)
>pel_1 1 107 - 1
GGAGCAGCUUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUUGGUUCAAAUCCAGCCCCCGCAACCAGCUUCAGCAGAGCCCCUUUUCAGGGGCUUUUUGCUAGC-------------
(((((....((((.((...(((((.......))))).((..(((((.......)))))..)))).)))))))))((((((((((((....))))))))..))))...------------- ( -46.40)
>pf5_1 1 113 - 1
GGAGCAGUCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCAGUUUUAGCGGAGCCCCUUUUCAGGGGCUUUUUGUUAGCUGGACA-------
....(((((((((.((...(((((.......))))).((..(((((.......)))))..)))).)))))...(((((((((((((....))))))))..)))))))))....------- ( -46.20)
>pfo_1 1 111 - 1
GGAGCAGUCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCAGUUUAA--GGAGCCCCUUUUAAGGGGCUUUUUGUUAGCUGGACA-------
....(((((((((.((...(((((.......))))).((..(((((.......)))))..)))).)))))..(((--(((((((((....))))))))))))...))))....------- ( -47.20)
>pfs_1 1 113 - 1
GGAGCAGUCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCAGUUUUAGCGGAGCCCCUUUUAAGGGGCUUUUUGUUAGCUGGACA-------
....(((((((((.((...(((((.......))))).((..(((((.......)))))..)))).)))))...(((((((((((((....))))))))..)))))))))....------- ( -46.40)
>consensus
GGAGCAGUCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCAGCCCCCGCAACCAGUUUUA_CAGAGCCCCUUUUAAGGGGCUUUUUGUUAGCUGGACA_______
.((((.........)))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))..))....((((((.....(((((((((....))))))))).....)))))).......... (-43.81 = -43.20 +  -0.61)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 5,332,056 – 5,332,175
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.05
Mean single sequence MFE -47.27
Consensus MFE -45.03
Energy contribution -45.42
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 4.11
SVM RNA-class probability 0.999800
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 5332056 119 + 1
CAAAAAGCCCCUAAAAAGGGGCCCUG-AAAAACUGGUUGCGGGGGCUGGAUUUGAACCAACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAGACUGCUCCACCCCGCGUCAAAGCUGG
......((((((....))))))....-.....(..((((((((((.(((.......))).).....((((((.....)))))).((((.........))))..))))))).....))..) ( -42.30)
>pau_1 19 119 + 1
CAAAAAGCCCCUAAAAAGGGGCCCUG-AAAAACUGGUUGCGGGGGCUGGAUUUGAACCAACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAGACUGCUCCACCCCGCGUCAAAGCUGG
......((((((....))))))....-.....(..((((((((((.(((.......))).).....((((((.....)))))).((((.........))))..))))))).....))..) ( -42.30)
>pel_1 6 120 + 1
CAAAAAGCCCCUGAAAAGGGGCUCUGCUGAAGCUGGUUGCGGGGGCUGGAUUUGAACCAACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAAGCUGCUCCACCCCGCGACAAAGCUGG
.....(((((((....))))))).......((((.(((((((((..((((..............(.((((((.....)))))).)((((....))))..)))))))))))))..)))).. ( -53.30)
>pf5_1 12 120 + 1
CAAAAAGCCCCUGAAAAGGGGCUCCGCUAAAACUGGUUGCGGGGGCCGGAUUUGAACCGACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAGACUGCUCCACCCCGCGACAAAGCUGG
.....(((((((....)))))))(((((.......(((((((((..(((.......))).......((((((.....)))))).((((.........))))..)))))))))..))).)) ( -51.10)
>pfo_1 12 118 + 1
CAAAAAGCCCCUUAAAAGGGGCUCC--UUAAACUGGUUGCGGGGGCCGGAUUUGAACCGACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAGACUGCUCCACCCCGCGACAAAGCUGG
.....(((((((....)))))))..--........(((((((((..(((.......))).......((((((.....)))))).((((.........))))..)))))))))........ ( -47.20)
>psp_1 19 120 + 1
CAAAAAGCCCCUUAAAAGGGGCUCCGCUAAAACUGGUUGCGGGGGCUGGAUUUGAACCAACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAAACUGCUCCGCCCCGCGACAAAGCUGG
.....(((((((....)))))))(((((.......(((((((((..(((.......))).((....((((((.....)))))).((((.........)))))))))))))))..))).)) ( -47.40)
>consensus
CAAAAAGCCCCUAAAAAGGGGCUCCG_UAAAACUGGUUGCGGGGGCUGGAUUUGAACCAACGACCUUCGGGUUAUGAGCCCGACGAGCUACCAGACUGCUCCACCCCGCGACAAAGCUGG
......((((((....)))))).............((((((((((.(((.......))).).....((((((.....)))))).((((.........))))..)))))))))........ (-45.03 = -45.42 +   0.39)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 5,332,056 – 5,332,175
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.05
Mean single sequence MFE -48.38
Consensus MFE -46.29
Energy contribution -45.57
Covariance contribution -0.72
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 2.78
SVM RNA-class probability 0.996968
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 5332056 119 - 1
CCAGCUUUGACGCGGGGUGGAGCAGUCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUUGGUUCAAAUCCAGCCCCCGCAACCAGUUUUU-CAGGGCCCCUUUUUAGGGGCUUUUUG
...........((((((((((.....(..(..(((..(((((.......))))).)))..)..)......))))..))))))...........-.(((((((((....)))))))))... ( -45.60)
>pau_1 19 119 - 1
CCAGCUUUGACGCGGGGUGGAGCAGUCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUUGGUUCAAAUCCAGCCCCCGCAACCAGUUUUU-CAGGGCCCCUUUUUAGGGGCUUUUUG
...........((((((((((.....(..(..(((..(((((.......))))).)))..)..)......))))..))))))...........-.(((((((((....)))))))))... ( -45.60)
>pel_1 6 120 - 1
CCAGCUUUGUCGCGGGGUGGAGCAGCUUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUUGGUUCAAAUCCAGCCCCCGCAACCAGCUUCAGCAGAGCCCCUUUUCAGGGGCUUUUUG
...((((..((....))..))))((((.(((.((...(((((.......))))).((..(((((.......)))))..)))).))))))).(((.(((((((((....)))))))))))) ( -49.50)
>pf5_1 12 120 - 1
CCAGCUUUGUCGCGGGGUGGAGCAGUCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCAGUUUUAGCGGAGCCCCUUUUCAGGGGCUUUUUG
((.((((..((....))..))))...(((((.((...(((((.......))))).((..(((((.......)))))..)))).))))).......))(((((((....)))))))..... ( -49.40)
>pfo_1 12 118 - 1
CCAGCUUUGUCGCGGGGUGGAGCAGUCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCAGUUUAA--GGAGCCCCUUUUAAGGGGCUUUUUG
...((((..((....))..))))...(((((.((...(((((.......))))).((..(((((.......)))))..)))).)))))..(((--(((((((((....)))))))))))) ( -51.80)
>psp_1 19 120 - 1
CCAGCUUUGUCGCGGGGCGGAGCAGUUUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUUGGUUCAAAUCCAGCCCCCGCAACCAGUUUUAGCGGAGCCCCUUUUAAGGGGCUUUUUG
((.((((((((....))))))))...(((((.((...(((((.......))))).((..(((((.......)))))..)))).))))).......))(((((((....)))))))..... ( -48.40)
>consensus
CCAGCUUUGUCGCGGGGUGGAGCAGUCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUUGGUUCAAAUCCAGCCCCCGCAACCAGUUUUA_CAGAGCCCCUUUUAAGGGGCUUUUUG
..((((..((.((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).)).)))).....(((((((((....)))))))))... (-46.29 = -45.57 +  -0.72)

alignment

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