Locus 58

Sequence ID	pao_1
Location	4,785,556 – 4,785,677
Length	121
Max. P	0.999965

overview

Window 3

Location	4,785,556 – 4,785,676
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.52
Mean single sequence MFE	-47.57
Consensus MFE	-46.95
Energy contribution	-46.73
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-5.96
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	3.96
SVM RNA-class probability	0.999729
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 4785556 120 + 1
AACAAGGGCAGAUAUUUUCAUAUCUGCCCCUGGAUAAAUGGAGCUCAUGAGCGGAUUUGAACCGCUGACCUCACCCUUACCAAGGGUGUGCUCUACCAACUGAGCUACAUGAGCGAAACA
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>pst_1 1 118 + 1
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>pau_1 1 120 + 1
AACAAGGGCAGAUAUUUUCAUAUCUGCCCCUGGAUAAAUGGAGCUCAUGAGCGGAUUUGAACCGCUGACCUCACCCUUACCAAGGGUGUGCUCUACCAACUGAGCUACAUGAGCGAAACA
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>ppk_1 1 119 + 1
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>psp_1 1 118 + 1
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>pss_1 1 118 + 1
AACAAAGGCAGAUAUUUUCAUAUCUGCCUUUAU-CA-AUGGAGCUCUUGAGCGGAUUUGAACCGCUGACCUCACCCUUACCAAGGGUGUGCUCUACCAACUGAGCUACAAGAGCAAAACA
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>consensus
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...((((((((((((....))))))))))))...........((((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..)))))))...... (-46.95 = -46.73 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	4,785,556 – 4,785,676
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.52
Mean single sequence MFE	-51.43
Consensus MFE	-51.78
Energy contribution	-51.00
Covariance contribution	-0.78
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-5.54
Structure conservation index	1.01
SVM decision value	4.51
SVM RNA-class probability	0.999912
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 4785556 120 - 1
UGUUUCGCUCAUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCAAAUCCGCUCAUGAGCUCCAUUUAUCCAGGGGCAGAUAUGAAAAUAUCUGCCCUUGUU
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>pst_1 1 118 - 1
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>pau_1 1 120 - 1
UGUUUCGCUCAUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCAAAUCCGCUCAUGAGCUCCAUUUAUCCAGGGGCAGAUAUGAAAAUAUCUGCCCUUGUU
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>ppk_1 1 119 - 1
UGUUUCGCUCUUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCAAGUCCGCUCAAGAGCUCCAUAUA-AACAAGGCAGAUAUGAAAAUAUCUGCCUUUGUU
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>psp_1 1 118 - 1
UGUUUUGCUCUUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCAAAUCCGCUCAAGAGCUCCAU-UG-CUAAAGGAAGAUAUGAAAAUAUCUGCCUUUGUU
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>pss_1 1 118 - 1
UGUUUUGCUCUUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCAAAUCCGCUCAAGAGCUCCAU-UG-AUAAAGGCAGAUAUGAAAAUAUCUGCCUUUGUU
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>consensus
UGUUUCGCUCUUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCAAAUCCGCUCAAGAGCUCCAU_UA_CUAAAGGCAGAUAUGAAAAUAUCUGCCUUUGUU
......(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))..........(((((((((((((....))))))))))))).. (-51.78 = -51.00 +  -0.78)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	4,785,557 – 4,785,677
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.52
Mean single sequence MFE	-47.48
Consensus MFE	-46.95
Energy contribution	-46.73
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-5.82
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	4.13
SVM RNA-class probability	0.999810
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 4785557 120 + 1
ACAAGGGCAGAUAUUUUCAUAUCUGCCCCUGGAUAAAUGGAGCUCAUGAGCGGAUUUGAACCGCUGACCUCACCCUUACCAAGGGUGUGCUCUACCAACUGAGCUACAUGAGCGAAACAC
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>pst_1 2 118 + 1
ACAAAGGCAGAUAUUUUCAUAUCUGCCUUUAG-CA-AUGGAGCUCUUGAGCGGAUUCGAACCGCUGACCUCACCCUUACCAAGGGUGUGCUCUACCAACUGAGCUACAAGAGCAAAACAC
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>pau_1 2 120 + 1
ACAAGGGCAGAUAUUUUCAUAUCUGCCCCUGGAUAAAUGGAGCUCAUGAGCGGAUUUGAACCGCUGACCUCACCCUUACCAAGGGUGUGCUCUACCAACUGAGCUACAUGAGCGAAACAC
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>ppk_1 2 119 + 1
ACAAAGGCAGAUAUUUUCAUAUCUGCCUUGUU-UAUAUGGAGCUCUUGAGCGGACUUGAACCGCUGACCUCACCCUUACCAAGGGUGUGCUCUACCAACUGAGCUACAAGAGCGAAACAC
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>psp_1 2 118 + 1
ACAAAGGCAGAUAUUUUCAUAUCUUCCUUUAG-CA-AUGGAGCUCUUGAGCGGAUUUGAACCGCUGACCUCACCCUUACCAAGGGUGUGCUCUACCAACUGAGCUACAAGAGCAAAACAC
..(((((.((((((....)))))).)))))..-..-.....((((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..)))))))....... ( -41.50)
>pss_1 2 118 + 1
ACAAAGGCAGAUAUUUUCAUAUCUGCCUUUAU-CA-AUGGAGCUCUUGAGCGGAUUUGAACCGCUGACCUCACCCUUACCAAGGGUGUGCUCUACCAACUGAGCUACAAGAGCAAAACAC
..((((((((((((....))))))))))))..-..-.....((((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..)))))))....... ( -48.10)
>consensus
ACAAAGGCAGAUAUUUUCAUAUCUGCCUUUAG_CA_AUGGAGCUCUUGAGCGGAUUUGAACCGCUGACCUCACCCUUACCAAGGGUGUGCUCUACCAACUGAGCUACAAGAGCAAAACAC
..((((((((((((....))))))))))))...........((((((((((((.......))))).....((((((.....)))))).((((........))))..)))))))....... (-46.95 = -46.73 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	4,785,557 – 4,785,677
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.52
Mean single sequence MFE	-51.10
Consensus MFE	-51.78
Energy contribution	-51.00
Covariance contribution	-0.78
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-5.20
Structure conservation index	1.01
SVM decision value	4.96
SVM RNA-class probability	0.999965
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 4785557 120 - 1
GUGUUUCGCUCAUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCAAAUCCGCUCAUGAGCUCCAUUUAUCCAGGGGCAGAUAUGAAAAUAUCUGCCCUUGU
.......(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))..........(((((((((((((....))))))))))))). ( -55.20)
>pst_1 2 118 - 1
GUGUUUUGCUCUUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCGAAUCCGCUCAAGAGCUCCAU-UG-CUAAAGGCAGAUAUGAAAAUAUCUGCCUUUGU
.......(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))).....-..-.(((((((((((((....))))))))))))). ( -50.80)
>pau_1 2 120 - 1
GUGUUUCGCUCAUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCAAAUCCGCUCAUGAGCUCCAUUUAUCCAGGGGCAGAUAUGAAAAUAUCUGCCCUUGU
.......(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))..........(((((((((((((....))))))))))))). ( -55.20)
>ppk_1 2 119 - 1
GUGUUUCGCUCUUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCAAGUCCGCUCAAGAGCUCCAUAUA-AACAAGGCAGAUAUGAAAAUAUCUGCCUUUGU
.......(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))........-.(((((((((((((....))))))))).)))) ( -49.30)
>psp_1 2 118 - 1
GUGUUUUGCUCUUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCAAAUCCGCUCAAGAGCUCCAU-UG-CUAAAGGAAGAUAUGAAAAUAUCUGCCUUUGU
.......(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))).....-..-.((((((.((((((....)))))).)))))). ( -44.20)
>pss_1 2 118 - 1
GUGUUUUGCUCUUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCAAAUCCGCUCAAGAGCUCCAU-UG-AUAAAGGCAGAUAUGAAAAUAUCUGCCUUUGU
.......(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))).....-..-((((((((((((((....)))))))))))))) ( -51.90)
>consensus
GUGUUUCGCUCUUGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCAGCGGUUCAAAUCCGCUCAAGAGCUCCAU_UA_CUAAAGGCAGAUAUGAAAAUAUCUGCCUUUGU
.......(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))..........(((((((((((((....))))))))))))). (-51.78 = -51.00 +  -0.78)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Thu Jan 18 11:48:52 2007