Locus 55

Sequence ID pao_1
Location 4,781,793 – 4,781,948
Length 155
Max. P 0.999696
window146 window147 window148

overview

Window 6

Location 4,781,793 – 4,781,913
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.08
Mean single sequence MFE -46.35
Consensus MFE -38.05
Energy contribution -38.47
Covariance contribution 0.42
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.82
SVM decision value -0.03
SVM RNA-class probability 0.517912
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 4781793 120 + 1
ACUCCUGGAUGUUACCGUUUCGUCCAGCCGGGGCCGGACGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGGUAACCGAAUCGGGAGCACCAUCUGCGUAGGCUUGUGGUUUAAGGCUUGCGCCACCUACG
......((((.....((...(((((.((....)).))))).))....((((((((((((((...)))))))))..)))))))))((((((((((........))))))))))........ ( -48.00)
>pau_1 1 120 + 1
ACUCCUGGAUGUUACCGUUUCGUCCAGCCGGGGCCGGACGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGGUAACCGAAUCGGGAGCACCAUCUGCGUAGGCUUGUGGUUUAAGGCUUGCGCCACCUACG
......((((.....((...(((((.((....)).))))).))....((((((((((((((...)))))))))..)))))))))((((((((((........))))))))))........ ( -48.00)
>pel_1 1 119 + 1
ACUCCUGGUUUCUACCGUUUCAUCUGGCCGGAGCCGGAUGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGCGAAC-GAAUCGGGAGCACCAUCUGCGUAGGCUUGAGGUUUAAGGCUUGCGCCGCCUACG
......(((......((...((((((((....)))))))).))...((((((((((((((....)-)))))))..))))))...((((((((((........)))))))))).))).... ( -47.20)
>pf5_1 1 119 + 1
ACUCCUGCUUGUUACCGUUUCAUCCAACCGGAGCUGGAUGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGGUAAG-GAACCGGGAGCACCAUCUGCGUAGGCUUGAGGUUUAAGACUUGCGUCGCCUACG
.((((((.((.((((((..(((..((.(((((((........)))))))))..)))..)))))).-))..)))))).........(((((((.(((((((...))))).))..))))))) ( -43.20)
>pfs_1 1 119 + 1
ACUCCUGCUUGUUACCGUUUCAUCUGGCCGGAGCCGGAUGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGGUAAG-GAACCGGGAGCACCAUCUGCGUAGGCUUGUGGUUUAAGACUUACGUCGCCUACG
.((((((.((.((((((..(((....((((((((........))))))))...)))..)))))).-))..)))))).........(((((((.(((((((...))).))))..))))))) ( -41.40)
>ppk_1 1 119 + 1
ACUCCUGGUUUUUACCGUUUCAUCUGGCCGAGGCCGGAUGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGGUAAC-GAAUCGGGAGCACCAUCUGCGUGGGCUGAUGUUUUAAGGCUUGCGCCGCCUACG
......(((....)))....((((((((....))))))))..((..((((((((((((((....)-)))))))..))))))...))(((((((((....))).(((....))))))))). ( -50.30)
>consensus
ACUCCUGGUUGUUACCGUUUCAUCCAGCCGGAGCCGGAUGUCGUUUUGGUGUCUGAUUCGGUAAC_GAAUCGGGAGCACCAUCUGCGUAGGCUUGUGGUUUAAGGCUUGCGCCGCCUACG
.(((((((((.((((((..(((....((((((((........))))))))...)))..))))))...)))))))))........((((((((((........))))))))))........ (-38.05 = -38.47 +   0.42)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 4,781,793 – 4,781,913
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.08
Mean single sequence MFE -43.03
Consensus MFE -36.32
Energy contribution -34.63
Covariance contribution -1.69
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.76
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.58
SVM RNA-class probability 0.965326
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 4781793 120 - 1
CGUAGGUGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUCGGUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACGUCCGGCCCCGGCUGGACGAAACGGUAACAUCCAGGAGU
((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((((...))))))).)))))))......((((((((....))))))))....((......))...... ( -48.70)
>pau_1 1 120 - 1
CGUAGGUGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUCGGUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACGUCCGGCCCCGGCUGGACGAAACGGUAACAUCCAGGAGU
((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((((...))))))).)))))))......((((((((....))))))))....((......))...... ( -48.70)
>pel_1 1 119 - 1
CGUAGGCGGCGCAAGCCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC-GUUCGCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCGGCUCCGGCCAGAUGAAACGGUAGAAACCAGGAGU
((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((-(....)))))).)))))))......((((.(((....))).))))....(((....)))...... ( -43.70)
>pf5_1 1 119 - 1
CGUAGGCGACGCAAGUCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGGUUC-CUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCAGCUCCGGUUGGAUGAAACGGUAACAAGCAGGAGU
((((((((((....)))...........)))))))........(((((..(((.-.((((((.....(....).......((((((((....))))))))...))))))..))).))))) ( -40.60)
>pfs_1 1 119 - 1
CGUAGGCGACGUAAGUCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGGUUC-CUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCGGCUCCGGCCAGAUGAAACGGUAACAAGCAGGAGU
((((((((((....)))...........)))))))........(((((..(((.-.((((((.....(....).......((((.(((....))).))))...))))))..))).))))) ( -37.40)
>ppk_1 1 119 - 1
CGUAGGCGGCGCAAGCCUUAAAACAUCAGCCCACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC-GUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCGGCCUCGGCCAGAUGAAACGGUAAAAACCAGGAGU
(((.((((((....)))...........))).)))....(((((.((..(((((-(....)))))).)))))))......((((.(((....))).))))....(((....)))...... ( -39.10)
>consensus
CGUAGGCGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC_GUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCCGGCCCCGGCCAGAUGAAACGGUAACAACCAGGAGU
((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((.......))))).)))))))......((((.(((....))).)))).................... (-36.32 = -34.63 +  -1.69)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 4,781,828 – 4,781,948
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.65
Mean single sequence MFE -46.78
Consensus MFE -43.60
Energy contribution -42.97
Covariance contribution -0.64
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.66
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 3.90
SVM RNA-class probability 0.999696
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 4781828 120 - 1
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGUGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUCGGUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACGUCC
.(((((((((((((...)))))))))..))))(((((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((((...))))))).))))))).......))). ( -51.10)
>pau_1 36 120 - 1
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGUGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUCGGUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACGUCC
.(((((((((((((...)))))))))..))))(((((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((((...))))))).))))))).......))). ( -51.10)
>pel_1 36 119 - 1
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGGCGCAAGCCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC-GUUCGCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCC
.(((((((((((((...)))))))))..))))...((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((-(....)))))).)))))))........... ( -49.40)
>pfo_1 1 115 - 1
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGGCGCAAGUCUUAAACCUCAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGGUUC-CUUACCGAAUCAGACACCAAAACGAC----
.(((((((((((((...)))))))))..))))...((((((((((....)))...........)))))))....(((((((..((((..-...))))....)).))))).......---- ( -42.90)
>pfs_1 36 119 - 1
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGACGUAAGUCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGGUUC-CUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCC
.(((((((((((((...)))))))))..))))...((((((((((....)))...........)))))))....(((((((..((((..-...))))....)).)))))........... ( -42.50)
>ppk_1 36 119 - 1
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGGCGCAAGCCUUAAAACAUCAGCCCACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC-GUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCC
.(((((((((((((...)))))))))..))))...(((.((((((....)))...........))).)))....(((((.((..(((((-(....)))))).)))))))........... ( -43.70)
>consensus
AUUGGGGUCCCUGCCUGGCGGGGGCUAUCCAAGACCGUAGGCGGCGCAAGCCUUAAACCACAAGCCUACGCAGAUGGUGCUCCCGAUUC_GUUACCGAAUCAGACACCAAAACGACAUCC
.(((((((((((((...)))))))))..))))...((((((((((....)))...........)))))))....(((((.((..(((((.......))))).)))))))........... (-43.60 = -42.97 +  -0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Thu Jan 18 11:48:42 2007