Locus 30

Sequence ID	pao_1
Location	1,947,724 – 1,947,810
Length	86
Max. P	0.999984

overview

Window 3

Location	1,947,724 – 1,947,810
Length	86
Sequences	6
Columns	86
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.40
Mean single sequence MFE	-33.53
Consensus MFE	-32.26
Energy contribution	-31.48
Covariance contribution	-0.78
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-2.63
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	4.38
SVM RNA-class probability	0.999884
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 1947724 86 + 1
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACAGGAUUGUGGCUCCUGGUGUCGUGGGUUCGAUUCCCAUCGUCCACCCCAUAUUU
....((((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))))........ ( -31.20)
>pel_1 1 85 + 1
-UAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCCGGAUUGUGAUUCCGGUUGUCGUGGGUUCGAUUCCCAUCGUCCACCCCAUAUUU
-...((((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))))........ ( -34.10)
>pfo_1 1 86 + 1
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGGGAUUGUGACUCCCGUUGUCGUGGGUUCGAUCCCCAUCGUCCACCCCAUAUUU
....((((((((..((((........))))..(((((((.(((((.((....)).))))))))))))...))))))))........ ( -36.40)
>pfs_1 1 85 + 1
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGGGAUUGUGACUCCCGUUGUCGAGGGUUCGAUCCCCUUCGUCCACCCCAUAUU-
....((((((((..((((........))))..(((((((.(((((.((....)).))))))))))))...)))))))).......- ( -36.60)
>ppk_1 1 86 + 1
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCUGGAUUGUGAUUCCAGUUGUCGUGGGUUCGAUUCCCAUCGUCCACCCCAUAUUU
....((((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))))........ ( -32.60)
>pst_1 1 85 + 1
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACAGGAUUGUGACUCCUGCGGUCGUGGGUUCGAACCCCAUCGUCCACCCCAUAUU-
((((((.((((((.((((........))))))((((.......))))))((.((((((.......)))).)).)).)))))))).- ( -30.30)
>consensus
AUAUGGUGGGCGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACAGGAUUGUGACUCCCGUUGUCGUGGGUUCGAUCCCCAUCGUCCACCCCAUAUUU
....((((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))))........ (-32.26 = -31.48 +  -0.78)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	1,947,724 – 1,947,810
Length	86
Sequences	6
Columns	86
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.40
Mean single sequence MFE	-29.97
Consensus MFE	-29.61
Energy contribution	-28.78
Covariance contribution	-0.83
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-3.01
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	5.35
SVM RNA-class probability	0.999984
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 1947724 86 - 1
AAAUAUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACACCAGGAGCCACAAUCCUGUGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
..((((((((((..((.((((.......)))))).)))).((.((.(((....)))((((........))))...)))).)))))) ( -28.70)
>pel_1 1 85 - 1
AAAUAUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACAACCGGAAUCACAAUCCGGCGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUA-
........(((((.((.((((.......))))......(((((.......))))).((((........))))..)).)))))...- ( -27.90)
>pfo_1 1 86 - 1
AAAUAUGGGGUGGACGAUGGGGAUCGAACCCACGACAACGGGAGUCACAAUCCCGUGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
..((((((((((..((.((((.......))))))...((((((.......))))))((((........))))..))))..)))))) ( -32.30)
>pfs_1 1 85 - 1
-AAUAUGGGGUGGACGAAGGGGAUCGAACCCUCGACAACGGGAGUCACAAUCCCGUGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
-.((((((((((..(((.(((.......))))))...((((((.......))))))((((........))))..))))..)))))) ( -32.50)
>ppk_1 1 86 - 1
AAAUAUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACAACUGGAAUCACAAUCCAGCGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
..((((((((((..((.((((.......))))))....(((((.......))))).((((........))))..))))..)))))) ( -27.20)
>pst_1 1 85 - 1
-AAUAUGGGGUGGACGAUGGGGUUCGAACCCACGACCGCAGGAGUCACAAUCCUGUGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
-.((((((((.((.((.((((.......)))))).))((((((.......))))))((((........)))).....)).)))))) ( -31.20)
>consensus
AAAUAUGGGGUGGACGAUGGGAAUCGAACCCACGACAACAGGAGUCACAAUCCCGUGCUCUACCAACUGAGCUACGCCCACCAUAU
..((((((((((..((.((((.......))))))....(((((.......))))).((((........))))..))))..)))))) (-29.61 = -28.78 +  -0.83)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Thu Jan 18 11:47:32 2007