Locus 20

Sequence ID pao_1
Location 901,520 – 901,632
Length 112
Max. P 0.607429
window76

overview

Window 6

Location 901,520 – 901,632
Length 112
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.49
Mean single sequence MFE -48.55
Consensus MFE -39.79
Energy contribution -41.02
Covariance contribution 1.22
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.607429
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 901520 112 + 1
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(((((((..((((((........)))))))))))))((((((((((..((((.......((..((..(((((....)))))..))..))))))....))))).))))).... ( -47.31)
>pst_1 1 112 + 1
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>pel_1 1 112 + 1
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(((((((..((((((........)))))))))))))((((.((((((((((((..(((((......))))).))))).........))))).((((...)))).)))))).. ( -49.50)
>pf5_1 1 112 + 1
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(((((((..((((((........)))))))))))))((((((.((((((((....(((((......)))))...(((((......)))))....))))).))).)))))).. ( -49.70)
>pfs_1 1 112 + 1
UGGUGGAGCCGGGGGGAUUUGAACCCCCGUCCGCCAGUACUCCGCUGUCGGUACUACAUGCGUAGCCGUUUCUAUUAAGUUAACCCUCAGCGACCCGAAGGGCAGGGUGCUU
(((((((..((((((........)))))))))))))(((((((((((..(((.((((....))))......((....))...)))..)))))..((....))..)))))).. ( -47.00)
>ppk_1 1 112 + 1
UGGUGGAGCCGGGGGGAUUUGAACCCCCGUCCGCCAGUACUCCGCUGUCGGUACUACAUGCUUAGCCGUGUCUACUGAUUUAAUCCGCAGCCGCCCGACGGGCAGGGUGCUU
(((((((..((((((........)))))))))))))((((.((((((((((((..(((((......))))).))))).........))))).((((...)))).)))))).. ( -49.50)
>consensus
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(((((((..((((((........)))))))))))))((((((.((((((((....(((((......))))).......(((.......)))...))))).))).)))))).. (-39.79 = -41.02 +   1.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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