Locus 2

Sequence ID	pao_1
Location	630,406 – 630,515
Length	109
Max. P	0.999973

overview

Window 3

Location	630,406 – 630,515
Length	109
Sequences	6
Columns	110
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.55
Mean single sequence MFE	-45.18
Consensus MFE	-42.77
Energy contribution	-41.83
Covariance contribution	-0.94
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-3.07
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	4.18
SVM RNA-class probability	0.999828
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 630406 109 + 1
AAAGCCGCGCAGUGCGCGGCUUU-GAAGGUGGUGGGCCCACACGGACUCGAACCGUGGACCAAAGGAUUAUGAGUCCUCUGCUCUAACCGACUGAGCUAUAGGCCCCCAG
((((((((((...))))))))))-.....(((.(((((.....(((((((((((..........)).)).)))))))...((((.........))))....)))))))). ( -47.60)
>pau_1 1 109 + 1
AAAGCCGCGCAAUGCGCGGCUUU-GAAGGUGGUGGGCCCACACGGACUCGAACCGUGGACCAAAGGAUUAUGAGUCCUCUGCUCUAACCGACUGAGCUAUAGGCCCCCAG
((((((((((...))))))))))-.....(((.(((((.....(((((((((((..........)).)).)))))))...((((.........))))....)))))))). ( -47.60)
>pel_1 1 109 + 1
AAAGCCGCGCAAUGCGCGGCUUC-GAAGAUGGUGGGCCCACACGGACUCGAACCGUGGACCAAAGGAUUAUGAGUCCUCUGCUCUAACCGACUGAGCUAUAGGCCCUCAG
.(((((((((...))))))))).-.....(((.(((((.....(((((((((((..........)).)).)))))))...((((.........))))....)))))))). ( -43.50)
>pf5_1 1 106 + 1
AAAGCCGCGCAUUGCGCGGCUUUCUUGUUUGGUGGGCCCACACGGACUUGAACCGUGGACCAAAGGAUUAUGAGUCCUCUGCUCUAACCAACUGAGCUAUAGGCCC----
((((((((((...))))))))))..........(((((..(((((.......)))))......(((((.....)))))..((((.........))))....)))))---- ( -41.20)
>pfs_1 1 105 + 1
AAAGCCGCGCAAUGCGCGGCUUU-CAAGAUGGUGGGCCCAGUAGGACUCGAACCUACGACCAAGGGAUUAUGAGUCCCCUGCUCUAACCAACUGAGCUAUAGGCCC----
((((((((((...))))))))))-.........(((((..(((((.......)))))......(((((.....)))))..((((.........))))....)))))---- ( -42.50)
>pss_1 1 110 + 1
AAAGCCGCGCAAUGCGCGGCUUUCAAAGGUGGUGGGCCCACACGGACUCGAACCGUGGACCAAAGGAUUAUGAGUCCUCUGCUCUAACCAACUGAGCUAUGGGCCCUCAG
((((((((((...))))))))))......(((.(((((((...(((((((((((..........)).)).)))))))...((((.........))))..)))))))))). ( -48.70)
>consensus
AAAGCCGCGCAAUGCGCGGCUUU_GAAGGUGGUGGGCCCACACGGACUCGAACCGUGGACCAAAGGAUUAUGAGUCCUCUGCUCUAACCAACUGAGCUAUAGGCCC_CAG
((((((((((...))))))))))..........(((((..(((((.......)))))......(((((.....)))))..((((.........))))....))))).... (-42.77 = -41.83 +  -0.94)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	630,406 – 630,515
Length	109
Sequences	6
Columns	110
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.55
Mean single sequence MFE	-51.05
Consensus MFE	-50.27
Energy contribution	-48.88
Covariance contribution	-1.38
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-4.14
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	5.10
SVM RNA-class probability	0.999973
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>pao_1 630406 109 - 1
CUGGGGGCCUAUAGCUCAGUCGGUUAGAGCAGAGGACUCAUAAUCCUUUGGUCCACGGUUCGAGUCCGUGUGGGCCCACCACCUUC-AAAGCCGCGCACUGCGCGGCUUU
.(((((((((((((((((..((....((.(((((((.......))))))).))..))..).))))...))))))))).))).....-((((((((((...)))))))))) ( -53.20)
>pau_1 1 109 - 1
CUGGGGGCCUAUAGCUCAGUCGGUUAGAGCAGAGGACUCAUAAUCCUUUGGUCCACGGUUCGAGUCCGUGUGGGCCCACCACCUUC-AAAGCCGCGCAUUGCGCGGCUUU
.(((((((((((((((((..((....((.(((((((.......))))))).))..))..).))))...))))))))).))).....-((((((((((...)))))))))) ( -53.20)
>pel_1 1 109 - 1
CUGAGGGCCUAUAGCUCAGUCGGUUAGAGCAGAGGACUCAUAAUCCUUUGGUCCACGGUUCGAGUCCGUGUGGGCCCACCAUCUUC-GAAGCCGCGCAUUGCGCGGCUUU
....((((((((((((((..((....((.(((((((.......))))))).))..))..).))))...))))))))).........-((((((((((...)))))))))) ( -50.50)
>pf5_1 1 106 - 1
----GGGCCUAUAGCUCAGUUGGUUAGAGCAGAGGACUCAUAAUCCUUUGGUCCACGGUUCAAGUCCGUGUGGGCCCACCAAACAAGAAAGCCGCGCAAUGCGCGGCUUU
----((((((((((((.....)))))((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))..........((((((((((...)))))))))) ( -48.20)
>pfs_1 1 105 - 1
----GGGCCUAUAGCUCAGUUGGUUAGAGCAGGGGACUCAUAAUCCCUUGGUCGUAGGUUCGAGUCCUACUGGGCCCACCAUCUUG-AAAGCCGCGCAUUGCGCGGCUUU
----((((((((((((.....)))))((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).........-((((((((((...)))))))))) ( -50.50)
>pss_1 1 110 - 1
CUGAGGGCCCAUAGCUCAGUUGGUUAGAGCAGAGGACUCAUAAUCCUUUGGUCCACGGUUCGAGUCCGUGUGGGCCCACCACCUUUGAAAGCCGCGCAUUGCGCGGCUUU
....((((((((((((.....)))))((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))..........((((((((((...)))))))))) ( -50.70)
>consensus
CUG_GGGCCUAUAGCUCAGUCGGUUAGAGCAGAGGACUCAUAAUCCUUUGGUCCACGGUUCGAGUCCGUGUGGGCCCACCACCUUC_AAAGCCGCGCAUUGCGCGGCUUU
....((((((((((((.....)))))((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))..........((((((((((...)))))))))) (-50.27 = -48.88 +  -1.38)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Thu Jan 18 11:45:31 2007