Locus 45

Sequence ID Eco_1
Location 4,390,606 – 4,390,686
Length 80
Max. P 0.999982
window62 window63

overview

Window 2

Location 4,390,606 – 4,390,686
Length 80
Sequences 6
Columns 80
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.16
Mean single sequence MFE -33.37
Consensus MFE -33.22
Energy contribution -32.83
Covariance contribution -0.39
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.60
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 5.30
SVM RNA-class probability 0.999982
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Eco_1 4390606 80 + 1
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGGUU
(((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).))).... ( -33.90)
>Hin_1 1 80 + 1
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAACGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGGUU
(((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).))).... ( -36.50)
>Lpn_1 1 80 + 1
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAAUUGGCGAGCGUUAAUACGCGCCGGUACUGUGAUGCUGACCACCGUACAGGAUU
(((((((....)))))))((((((..((((((..((((....))))))))))..)))))).(((((....)).))).... ( -27.80)
>Sfl_1 1 78 + 1
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGG--
(((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).)))..-- ( -33.90)
>Sty_1 1 78 + 1
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGG--
(((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).)))..-- ( -33.90)
>Ype_1 1 80 + 1
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAGCUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGGUU
(((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).))).... ( -34.20)
>consensus
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGGUU
(((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).))).... (-33.22 = -32.83 +  -0.39) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 4,390,606 – 4,390,686
Length 80
Sequences 6
Columns 80
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.16
Mean single sequence MFE -28.70
Consensus MFE -27.37
Energy contribution -27.73
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.14
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 3.63
SVM RNA-class probability 0.999465
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Eco_1 4390606 80 - 1
AACCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
..........((((((((..((((((..((.((((.((......)).)))).))..))))))..)))).....))))... ( -29.80)
>Hin_1 1 80 - 1
AACCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCGUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
..........((((((((..((((((..((.((((.(((....))).)))).))..))))))..)))).....))))... ( -32.40)
>Lpn_1 1 80 - 1
AAUCCUGUACGGUGGUCAGCAUCACAGUACCGGCGCGUAUUAACGCUCGCCAAUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
...((.((((.(((((....))))).)))).)).((((....)))).(((((.(((.....))))))))........... ( -23.10)
>Sfl_1 1 78 - 1
--CCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
--........((((((((..((((((..((.((((.((......)).)))).))..))))))..)))).....))))... ( -29.80)
>Sty_1 1 78 - 1
--CCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
--........((((((((..((((((..((.((((.((......)).)))).))..))))))..)))).....))))... ( -29.80)
>Ype_1 1 80 - 1
AACCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGCUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
..........((((....((((((((((...((((.((......)).)))).))))))........))))...))))... ( -27.30)
>consensus
AACCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
..........((((((((..((((((..((.((((.((......)).)))).))..))))))..)))).....))))... (-27.37 = -27.73 +   0.36) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript


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