Locus 45

Sequence ID	Eco_1
Location	4,390,606 – 4,390,686
Length	80
Max. P	0.999982

overview

Window 2

Location	4,390,606 – 4,390,686
Length	80
Sequences	6
Columns	80
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.16
Mean single sequence MFE	-33.37
Consensus MFE	-33.22
Energy contribution	-32.83
Covariance contribution	-0.39
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.60
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	5.30
SVM RNA-class probability	0.999982
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Eco_1 4390606 80 + 1
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGGUU
(((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).))).... ( -33.90)
>Hin_1 1 80 + 1
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAACGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGGUU
(((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).))).... ( -36.50)
>Lpn_1 1 80 + 1
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAAUUGGCGAGCGUUAAUACGCGCCGGUACUGUGAUGCUGACCACCGUACAGGAUU
(((((((....)))))))((((((..((((((..((((....))))))))))..)))))).(((((....)).))).... ( -27.80)
>Sfl_1 1 78 + 1
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGG--
(((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).)))..-- ( -33.90)
>Sty_1 1 78 + 1
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGG--
(((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).)))..-- ( -33.90)
>Ype_1 1 80 + 1
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAGCUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGGUU
(((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).))).... ( -34.20)
>consensus
AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGGUU
(((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).))).... (-33.22 = -32.83 +  -0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	4,390,606 – 4,390,686
Length	80
Sequences	6
Columns	80
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.16
Mean single sequence MFE	-28.70
Consensus MFE	-27.37
Energy contribution	-27.73
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.14
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	3.63
SVM RNA-class probability	0.999465
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Eco_1 4390606 80 - 1
AACCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
..........((((((((..((((((..((.((((.((......)).)))).))..))))))..)))).....))))... ( -29.80)
>Hin_1 1 80 - 1
AACCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCGUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
..........((((((((..((((((..((.((((.(((....))).)))).))..))))))..)))).....))))... ( -32.40)
>Lpn_1 1 80 - 1
AAUCCUGUACGGUGGUCAGCAUCACAGUACCGGCGCGUAUUAACGCUCGCCAAUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
...((.((((.(((((....))))).)))).)).((((....)))).(((((.(((.....))))))))........... ( -23.10)
>Sfl_1 1 78 - 1
--CCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
--........((((((((..((((((..((.((((.((......)).)))).))..))))))..)))).....))))... ( -29.80)
>Sty_1 1 78 - 1
--CCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
--........((((((((..((((((..((.((((.((......)).)))).))..))))))..)))).....))))... ( -29.80)
>Ype_1 1 80 - 1
AACCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGCUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
..........((((....((((((((((...((((.((......)).)))).))))))........))))...))))... ( -27.30)
>consensus
AACCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU
..........((((((((..((((((..((.((((.((......)).)))).))..))))))..)))).....))))... (-27.37 = -27.73 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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