Sequence ID | Eco_1 |
---|---|
Location | 4,390,606 – 4,390,686 |
Length | 80 |
Max. P | 0.999982 |
Location | 4,390,606 – 4,390,686 |
---|---|
Length | 80 |
Sequences | 6 |
Columns | 80 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 96.16 |
Mean single sequence MFE | -33.37 |
Consensus MFE | -33.22 |
Energy contribution | -32.83 |
Covariance contribution | -0.39 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.60 |
Structure conservation index | 1.00 |
SVM decision value | 5.30 |
SVM RNA-class probability | 0.999982 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>Eco_1 4390606 80 + 1 AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGGUU (((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).))).... ( -33.90) >Hin_1 1 80 + 1 AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAACGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGGUU (((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).))).... ( -36.50) >Lpn_1 1 80 + 1 AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAAUUGGCGAGCGUUAAUACGCGCCGGUACUGUGAUGCUGACCACCGUACAGGAUU (((((((....)))))))((((((..((((((..((((....))))))))))..)))))).(((((....)).))).... ( -27.80) >Sfl_1 1 78 + 1 AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGG-- (((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).)))..-- ( -33.90) >Sty_1 1 78 + 1 AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGG-- (((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).)))..-- ( -33.90) >Ype_1 1 80 + 1 AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAGCUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGGUU (((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).))).... ( -34.20) >consensus AGUGGUGUUUGCGCCAUUGUCACACAACUGGCGAGCGUUAAUGCGCGCCGGUACUGUGACGCUGACCACCGUACAGGGUU (((((((....)))))))((((((..(((((((.(((....))).)))))))..)))))).(((((....)).))).... (-33.22 = -32.83 + -0.39)
Location | 4,390,606 – 4,390,686 |
---|---|
Length | 80 |
Sequences | 6 |
Columns | 80 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.16 |
Mean single sequence MFE | -28.70 |
Consensus MFE | -27.37 |
Energy contribution | -27.73 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -2.14 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 3.63 |
SVM RNA-class probability | 0.999465 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>Eco_1 4390606 80 - 1 AACCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU ..........((((((((..((((((..((.((((.((......)).)))).))..))))))..)))).....))))... ( -29.80) >Hin_1 1 80 - 1 AACCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCGUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU ..........((((((((..((((((..((.((((.(((....))).)))).))..))))))..)))).....))))... ( -32.40) >Lpn_1 1 80 - 1 AAUCCUGUACGGUGGUCAGCAUCACAGUACCGGCGCGUAUUAACGCUCGCCAAUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU ...((.((((.(((((....))))).)))).)).((((....)))).(((((.(((.....))))))))........... ( -23.10) >Sfl_1 1 78 - 1 --CCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU --........((((((((..((((((..((.((((.((......)).)))).))..))))))..)))).....))))... ( -29.80) >Sty_1 1 78 - 1 --CCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU --........((((((((..((((((..((.((((.((......)).)))).))..))))))..)))).....))))... ( -29.80) >Ype_1 1 80 - 1 AACCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGCUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU ..........((((....((((((((((...((((.((......)).)))).))))))........))))...))))... ( -27.30) >consensus AACCCUGUACGGUGGUCAGCGUCACAGUACCGGCGCGCAUUAACGCUCGCCAGUUGUGUGACAAUGGCGCAAACACCACU ..........((((((((..((((((..((.((((.((......)).)))).))..))))))..)))).....))))... (-27.37 = -27.73 + 0.36)
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