Locus 37

Sequence ID Eco_1
Location 4,169,654 – 4,169,774
Length 120
Max. P 0.600740
window53

overview

Window 3

Location 4,169,654 – 4,169,774
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.92
Mean single sequence MFE -44.64
Consensus MFE -39.84
Energy contribution -40.48
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.22
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.600740
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Eco_1 4169654 120 - 1
GCCGCUCGGUAUACGGCAGAGGCUGUGUUACUCGCGAUUACCACGGGUCGGACCUCUUGCACAGGGCCACCCCGUGUGGUUGCACAGGUCAUCGCAGCCCCUGACCUACGCGCCAAUUAU
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>Hin_1 1 112 - 1
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>Sfl_1 1 120 - 1
GCCGCUCGGUAUACGGCAGAGGCUGUGUUACUCGCGAUUACCACGGGUCGGACCUCUUGCACAGGGCCACCCCGUGUGGAUGCACAGGUCAUCGCAGCCCCUGACCUACGCACCAAUUAU
..(((..((((((((((....)))))).)))).))).....((((((..((.(((........)))))..))))))(((.(((..((((((..........))))))..))))))..... ( -43.50)
>Sty_1 1 120 - 1
GCCGCUCGGUAUACGGCAGAGGCUGUGUUACUCGCGAUUACCACGGGUCGGACCUCUUGCACAGGGCCACCCCGUGUGGUUGCACAGGUCAUCGCAGCCCCUGACCUACGCACCAAUUAU
(((....)))....(((((.(((((((..(((.((((((((.(((((..((.(((........)))))..)))))))))))))...)))...))))))).))).)).............. ( -47.20)
>Ype_1 1 120 - 1
GCCGCUUGGUAUACGGCAGAGGCUGUGUUACUCGCGAUUACCACGGGUCGGACCUCUUGCACAGGGCCACCCCGUGUGGUUGCACAGGUCAUCGCAGUCCCGGACCUACGCGUCAAUUAU
(.(((..(((...(((....(((((((..(((.((((((((.(((((..((.(((........)))))..)))))))))))))...)))...)))))))))).)))...))).)...... ( -45.70)
>consensus
GCCGCUCGGUAUACGGCAGAGGCUGUGUUACUCGCGAUUACCACGGGUCGGACCUCUUGCACAGGGCCACCCCGUGUGGUUGCACAGGUCAUCGCAGCCCCUGACCUACGCGCCAAUUAU
........(..((.(((((.(((((((..(((.((((((((.(((((..((.(((.......))).))..)))))))))))))...)))...))))))).))).))))..)......... (-39.84 = -40.48 +   0.64)

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