Locus 28

Sequence ID	Eco_1
Location	3,944,733 – 3,944,853
Length	120
Max. P	0.999628

overview

Window 6

Location	3,944,733 – 3,944,853
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.75
Mean single sequence MFE	-51.22
Consensus MFE	-44.30
Energy contribution	-45.06
Covariance contribution	0.76
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.08
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	3.81
SVM RNA-class probability	0.999628
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Eco_1 3944733 120 + 1
UCACCAGCUAGAGGUUGGGGACGGCGGGCCCUUCCAUGGCAGGGUUGGCUGCCAACGACAUCAAGAGCUCGAGCGAGCUCUAGAUGUACUCACGCGCGGACCAGCCGUAGCCAACUUAAA
......((((..((((((((.((((.((((((.(....).)))))).))))))....(((((.(((((((....))))))).))))).............)))))).))))......... ( -53.80)
>Hin_1 9 107 + 1
UGCCUAACUAGAGGCUGGGGACGGGAGGCCAUUCCAUGGCAGGGUUGGCUGCUAACGACAUCAAGAGCUCGAGCGAGUUCUAGAUGAACUCACGCGUAGAUCAGCCG-------------
............((((((..(((((((((((..((......))..)))).........((((.(((((((....))))))).))))..))).).)))...)))))).------------- ( -42.00)
>Sfl_1 17 120 + 1
UCACCAGCUAGAGGUUGGGGACGGAGGGCCCUUCCAUGGCAGGGUUGGCUGCCAACGUCAUCAAGAGCUCGAGCGAGCUCUAGAUGUACUCACGCGCGGACCAGCCAUAGCCAACCUAAA
...........((((((((((.((.....)).)))(((((..((((.((.((....((((((.(((((((....))))))).)))).))....)))).)))).)))))..)))))))... ( -52.80)
>Sty_1 20 120 + 1
UCACCAGCUAGAGGUUGGGGACGGCGGGCCCUUCCAUGGCAGGGUUGGCUGCCAACGACAUCAAGAGCUCGAGCGAGCUCUAGAUGUACUCACGCGCGGACCAGCCGUAGCCAACUUAAA
......((((..((((((((.((((.((((((.(....).)))))).))))))....(((((.(((((((....))))))).))))).............)))))).))))......... ( -53.80)
>Ype_1 20 120 + 1
UUCCCAGCUAGAGGUUGGGGACGGCGGGCCCUUCCAUGGCAGGGUUGGCUGCCAACAACAUCAAGAGCUCGAGCGAGCUCUAGAUGUACUCACGCGCAGACCAGCCGUAGCCAACAUAAA
......((((..((((((((.((((.((((((.(....).)))))).))))))....(((((.(((((((....))))))).))))).............)))))).))))......... ( -53.70)
>consensus
UCACCAGCUAGAGGUUGGGGACGGCGGGCCCUUCCAUGGCAGGGUUGGCUGCCAACGACAUCAAGAGCUCGAGCGAGCUCUAGAUGUACUCACGCGCGGACCAGCCGUAGCCAACUUAAA
......((((..((((((((.((((.((((((.(....).)))))).)))))).....((((.(((((((....))))))).))))..............)))))).))))......... (-44.30 = -45.06 +   0.76)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	3,944,733 – 3,944,853
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.75
Mean single sequence MFE	-50.34
Consensus MFE	-42.10
Energy contribution	-44.06
Covariance contribution	1.96
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.80
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	3.02
SVM RNA-class probability	0.998150
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Eco_1 3944733 120 - 1
UUUAAGUUGGCUACGGCUGGUCCGCGCGUGAGUACAUCUAGAGCUCGCUCGAGCUCUUGAUGUCGUUGGCAGCCAACCCUGCCAUGGAAGGGCCCGCCGUCCCCAACCUCUAGCUGGUGA
.....(((((..(((((.(((((((((....))(((((.(((((((....))))))).))))).))((((((......)))))).....))))).)))))..)))))............. ( -55.10)
>Hin_1 9 107 - 1
-------------CGGCUGAUCUACGCGUGAGUUCAUCUAGAACUCGCUCGAGCUCUUGAUGUCGUUAGCAGCCAACCCUGCCAUGGAAUGGCCUCCCGUCCCCAGCCUCUAGUUAGGCA
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>Sfl_1 17 120 - 1
UUUAGGUUGGCUAUGGCUGGUCCGCGCGUGAGUACAUCUAGAGCUCGCUCGAGCUCUUGAUGACGUUGGCAGCCAACCCUGCCAUGGAAGGGCCCUCCGUCCCCAACCUCUAGCUGGUGA
...(((((((..((((..(((((..((....)).((((.(((((((....))))))).)))).(((.(((((......))))))))...)))))..))))..)))))))........... ( -53.20)
>Sty_1 20 120 - 1
UUUAAGUUGGCUACGGCUGGUCCGCGCGUGAGUACAUCUAGAGCUCGCUCGAGCUCUUGAUGUCGUUGGCAGCCAACCCUGCCAUGGAAGGGCCCGCCGUCCCCAACCUCUAGCUGGUGA
.....(((((..(((((.(((((((((....))(((((.(((((((....))))))).))))).))((((((......)))))).....))))).)))))..)))))............. ( -55.10)
>Ype_1 20 120 - 1
UUUAUGUUGGCUACGGCUGGUCUGCGCGUGAGUACAUCUAGAGCUCGCUCGAGCUCUUGAUGUUGUUGGCAGCCAACCCUGCCAUGGAAGGGCCCGCCGUCCCCAACCUCUAGCUGGGAA
.....(((((..(((((.(((((..((....))(((((.(((((((....))))))).)))))...((((((......)))))).....))))).)))))..)))))(((.....))).. ( -53.50)
>consensus
UUUAAGUUGGCUACGGCUGGUCCGCGCGUGAGUACAUCUAGAGCUCGCUCGAGCUCUUGAUGUCGUUGGCAGCCAACCCUGCCAUGGAAGGGCCCGCCGUCCCCAACCUCUAGCUGGUGA
.....(((((..(((((.(((((((((....)).((((.(((((((....))))))).))))..))((((((......)))))).....))))).)))))..)))))............. (-42.10 = -44.06 +   1.96)

alignment

secondary structure

dotplot

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