Locus 11

Sequence ID	Eco_1
Location	2,727,956 – 2,728,195
Length	239
Max. P	0.522618

overview

Window 4

Location	2,727,956 – 2,728,075
Length	119
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.47
Mean single sequence MFE	-42.52
Consensus MFE	-38.50
Energy contribution	-39.18
Covariance contribution	0.68
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.09
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	-0.06
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>Eco_1 2727956 119 - 1
CUCGCACGCGAUUAUAUGGGGGAGGAGA-CGCCUGCUAGCAGGCCGGUAGACGCAAUAGAACGCGUGUAUCCUUCCUCAGACGCGCGCUAUGUAUUAAACUACGACCGACGGGCAGGUUG
...((.((((......((((((((((.(-((((((....)))))......((((........)))))).))))))))))..)))).))..............(((((........))))) ( -45.40)
>Hin_1 321 119 - 1
CUCGCACGCGAUUAUAUGGGGGAGGAGA-UGUUUGUUAGCAGGCCGGCAGACGCAAUAGAACGCGUGUAUCCUUCCUCAGACGCGCGCUAUGUAUUAAACUACGACCGACGGAGAGGUUG
...((.((((......((((((((((..-.((((((..(....)..))))))((........)).....))))))))))..)))).))..............(((((........))))) ( -39.90)
>Sfl_1 321 119 - 1
CUCGCACGCGAUUAUAUGGGGGAGGAGA-CGCCUGCUAGCAGGCCGGUAGACGCAAUAGAACGCGUGUAUCCUUCCUCAGACGCGCGCUAUGUAUUAAACUACGACCGACGGGCAGGUUG
...((.((((......((((((((((.(-((((((....)))))......((((........)))))).))))))))))..)))).))..............(((((........))))) ( -45.40)
>Sty_1 321 119 - 1
CUCGCACGCGAUUAUAUGGGGGAGGAGA-CGUAUGUUAGCAGGCCGGUAGACGCAAUAGAACGCGUGUAUCCUUCCUCAGACGCGCGCUAUGUAUUAAACUACGACCGACGGACAGGUUG
...((.((((......((((((((((.(-((..((((.....((.(.....))).....))))..))).))))))))))..)))).))..............(((((........))))) ( -38.60)
>Ype_1 321 120 - 1
CUCGCACGCGAUUAUAUGGGGGAGGAGGCUAAACGGCAGCAGGCCGGUAGACGCAAUAUAACGUGUGUGUCCUUCCUCAGACGCGCGCUAUGUAUUAAACUACGACCGACGGGGAGGUUG
...((.((((......((((((((((.((....((((.....))))....((((........)))))).))))))))))..)))).))..............(((((........))))) ( -43.30)
>consensus
CUCGCACGCGAUUAUAUGGGGGAGGAGA_CGCAUGCUAGCAGGCCGGUAGACGCAAUAGAACGCGUGUAUCCUUCCUCAGACGCGCGCUAUGUAUUAAACUACGACCGACGGGCAGGUUG
...((.((((......((((((((((....(((((....)))))...((.((((........)))).))))))))))))..)))).))..............(((((........))))) (-38.50 = -39.18 +   0.68)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	2,728,075 – 2,728,195
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.42
Mean single sequence MFE	-41.58
Consensus MFE	-32.08
Energy contribution	-33.04
Covariance contribution	0.96
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.48
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	-0.02
SVM RNA-class probability	0.522618
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Eco_1 2728075 120 - 1
CAGGCGUGAAGAUAUAGACCUUCGAAUGGGUAGAUUCGUGUUAGUCCAGUGGGUGUAAGUGCACACGCCAGACUUCGUCUGGUGGCAGGAUCGCUGGAUGCUUGUGGCACUAAAUUCCUG
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>Hin_1 440 120 - 1
CUAGCGUGAAGAUAGUCACCUAAGCAUGGGUAGACUUGUGUUAGUCCAGUGGAAUUAAGUGCACACGCCAGACUUCGUCUGGUGGCAGGAUCGCUGGAUGCUUGUGGCACUAAAUUCCUG
((((((..(.....((((((((....))))).))))..))))))......((((((.(((((...((((((((...))))))))((((((((....))).))))).))))).)))))).. ( -45.80)
>Sfl_1 440 120 - 1
CAGGCGUGAAGAUAUAGACCUUCGAAUGGGUAGAUUCGUGUUAGUCCAGUGGGUGUAAGUGCACACGCCAGACUUCGUCUGGUGGCAGGAUCGCUGGAUGCUUGUGGCACUAAAUUCCUG
((((.((...((.((..((((......))))..))))(((((((((((((((((((....)))).((((((((...))))))))......))))))))).....))))))...)).)))) ( -41.50)
>Sty_1 440 120 - 1
CUAGCGUGAAGAUAUAGACCGUCAUAUGGGUAGGUCUCUGUUAGUCCAGUGGGUGUAAGUGCACACGCCAGACUUCGUCUGGUGGCAGGAUCGCUGGAUGCUUGUGGCACUAAAUUCCUG
((((((.((.(((....(((........)))..)))))))))))..(((.((((...(((((...((((((((...))))))))((((((((....))).))))).)))))..))))))) ( -40.40)
>Ype_1 441 120 - 1
CAAGCGUGAAGAUAUACACCAUCUAAUGGGUAGCGGUUUGUUAGUCCAGUGGAUGUAAGUGCACACGCCAGACUUCGUCUGGUGGCAGGAUCGCUGGAUGCUUGUGGCACUAAAUUCCUG
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>consensus
CAAGCGUGAAGAUAUAGACCUUCGAAUGGGUAGAUUUGUGUUAGUCCAGUGGGUGUAAGUGCACACGCCAGACUUCGUCUGGUGGCAGGAUCGCUGGAUGCUUGUGGCACUAAAUUCCUG
(((((............(((........)))............(((((((((((((....)))).((((((((...))))))))......))))))))))))))................ (-32.08 = -33.04 +   0.96)

alignment

secondary structure

dotplot

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