Locus 841

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	2,357,270 – 2,357,409
Length	139
Max. P	0.850519

overview

Window 7

Location	2,357,270 – 2,357,390
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.67
Mean single sequence MFE	-46.27
Consensus MFE	-30.35
Energy contribution	-29.67
Covariance contribution	-0.69
Combinations/Pair	1.47
Mean z-score	-1.47
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	-0.03
SVM RNA-class probability	0.518646
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2357270 120 - 22224390
CUGCAGCGGAAUGGAGUACCAAUGUCGCGACGGCACGCGCUGUAUCAGUGUGAGUCAGCAAUGCGACGGUCACUCCGAUUGCAGUGACGGCGACGACGAGGAGCAUUGCGACGGAAGUGA
..(..((((..(((....)))...))))..)(((.(((((((...))))))).))).(((((((..(.((((((........))))))(....).....)..))))))).((....)).. ( -43.40)
>DroPse_CAF1 2059 120 - 1
CUGCAGUGGCAUGGAGUACCAGUGCCGCGACGGCACGCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAACAGUGCGACGGCCAGCCCGAUUGCAGCGACGGCGACGACGAAGAGCACUGCGACGGAAGUAA
.(((.(((((((((....))).))))))....)))((((.(((.((..((((.(((..(..((((((((.....))).)))))..)..)))...))))..))))).))))((....)).. ( -47.90)
>DroGri_CAF1 2766 120 - 1
CUGCAGCGACAUGGAAUAUCAAUGUCGCGACGGCAGUCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAGCAAUGUGAUGGCCAAGUCGAUUGCAACGAUGGCGACGAUGAGGACCACUGCGAUGGAAGUGA
((((.(((((((.(.....).)))))))....))))(((((.((((.((........))...((..(((((..((((.((((.......))))))))..)).)))..))))))..))))) ( -44.20)
>DroWil_CAF1 3567 120 - 1
CUGCAGUGCCAUGGAAUAUCAAUGUCGCGAUGGCACUCGCUGCAUCAGCUCAAGCCAACAAUGCGAUGGCCAUCCUGAUUGCAGUGAUGGCGAUGAUGAGGAGCACUGCGAUGGAAGUGA
.(((((((((......((((...((((((.((((....((((...))))....))))....)))))).(((((((((....))).)))))))))).....).)))))))).......... ( -44.30)
>DroAna_CAF1 2017 120 - 1
AUGCAGUGCUAUGGAGUAUCAGUGCAGCGACGGUACGCGCUGUAUUAGUGUUAGCCAGACCUGUGACGGUCGCAUAGACUGCACCGGAGGCGACGACGAGGAGCACUGCGACGGAAGUGA
.(((((((((.(((..(((.(((((((((.((...))))))))))).)))....)))..((((((.(((((.....))))))))((..(....)..))))))))))))))((....)).. ( -49.90)
>DroPer_CAF1 2049 120 - 1
CUGCAGUGGCAUGGAGUACCAGUGCCGCGACGGCACGCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAACAGUGCGACGGCCAGCCCGAUUGCAGCGACGGCGACGACGAAGAGCACUGCGACGGAAGUAA
.(((.(((((((((....))).))))))....)))((((.(((.((..((((.(((..(..((((((((.....))).)))))..)..)))...))))..))))).))))((....)).. ( -47.90)
>consensus
CUGCAGUGGCAUGGAGUACCAAUGCCGCGACGGCACGCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAACAAUGCGACGGCCACCCCGAUUGCAGCGACGGCGACGACGAGGAGCACUGCGACGGAAGUGA
.(((.(((((((((....)).)))))))....)))((((.(((.((..((((.(((.....((((((((.....))).))))).....)))...))))..))))).))))((....)).. (-30.35 = -29.67 +  -0.69)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	2,357,310 – 2,357,409
Length	99
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.14
Mean single sequence MFE	-44.56
Consensus MFE	-26.58
Energy contribution	-26.72
Covariance contribution	0.14
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.49
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	-0.06
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2357310 99 + 22224390
AAUCGGAGUGACCGUCGCAUUGCUGACUCACACUGAUACAGCGCGUGCCGUCGCGACAUUGGUACUCCAUUCCGCUGCAGGCGGCGGCUG---------UUAGUAGA-----U
.(((((((((.(((((((...((((..((.....))..))))(((...))).)))))...))))))))...((((((....))))))...---------......))-----) ( -34.70)
>DroVir_CAF1 2679 112 + 1
AAUCGGCGUGGCCAUCGCAUUGCUGGCUGACGCUGAUGCAGCGGGUGCCAUCGCGACAUUGAUACUCCAUGCCGCUGCAGGCGGCGGCUAUUGUGGGCGUUAGUA-ACGUUGG
.(((((((((((((.(.....).))))).)))))))).(((((.((((....)).))(((((..(((((.(((((((....)))))))...)).)))..))))).-.))))). ( -46.50)
>DroPse_CAF1 2099 106 + 1
AAUCGGGCUGGCCGUCGCACUGUUGGCUGACGCUGAUGCAGCGCGUGCCGUCGCGGCACUGGUACUCCAUGCCACUGCAGGCGGCGGCUAUGG------UUAGUUGUUGGU-U
((((((((((((((((((.((((.(((....)))...)))).))).((((((((.(((.(((((.....))))).)))..)))))))).))))------)))))..)))))-) ( -49.30)
>DroGri_CAF1 2806 110 + 1
AAUCGACUUGGCCAUCACAUUGCUGGCUGACGCUGAUGCAGCGACUGCCGUCGCGACAUUGAUAUUCCAUGUCGCUGCAGCUUGCGGCUGU--UGCAAGUUAGUU-ACGGUAG
.......(..((((.(.....).))))..)(((((...))))).(((((((.(((((((.(.....).)))))((.(((((.....)))))--.))......)).-))))))) ( -41.30)
>DroMoj_CAF1 3119 111 + 1
AAUCGGCGUGGCCAUCGCAUUGCUGGCUGACGCUGAUGCAGCGGGUGCCAUCGCGACAUUGAUACUCCAUGCCGCUGCAGGCGGCGGCUG--GUUAGCGUUAGUAAACGGUGA
.(((((((((((((.(.....).))))).)))))))).((.((..(((...(((............(((.(((((((....)))))))))--)...)))...)))..)).)). ( -46.26)
>DroPer_CAF1 2089 106 + 1
AAUCGGGCUGGCCGUCGCACUGUUGGCUGACGCUGAUGCAGCGCGUGCCGUCGCGGCACUGGUACUCCAUGCCACUGCAGGCGGCGGCUAUGG------UUAGUUGUUGGU-U
((((((((((((((((((.((((.(((....)))...)))).))).((((((((.(((.(((((.....))))).)))..)))))))).))))------)))))..)))))-) ( -49.30)
>consensus
AAUCGGCGUGGCCAUCGCAUUGCUGGCUGACGCUGAUGCAGCGCGUGCCGUCGCGACAUUGAUACUCCAUGCCGCUGCAGGCGGCGGCUAU_G______UUAGUAGACGGU_U
........(((((.((((.((((((((...(((((...)))))...))))..(((.((.((......)))).))).)))))))).)))))....................... (-26.58 = -26.72 +   0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	2,357,310 – 2,357,409
Length	99
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.14
Mean single sequence MFE	-38.02
Consensus MFE	-31.43
Energy contribution	-30.27
Covariance contribution	-1.16
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-1.48
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.79
SVM RNA-class probability	0.850519
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2357310 99 - 22224390
A-----UCUACUAA---------CAGCCGCCGCCUGCAGCGGAAUGGAGUACCAAUGUCGCGACGGCACGCGCUGUAUCAGUGUGAGUCAGCAAUGCGACGGUCACUCCGAUU
.-----........---------...((((.(....).))))..(((((((((...((((((..(((.(((((((...))))))).))).....))))))))).))))))... ( -35.90)
>DroVir_CAF1 2679 112 - 1
CCAACGU-UACUAACGCCCACAAUAGCCGCCGCCUGCAGCGGCAUGGAGUAUCAAUGUCGCGAUGGCACCCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAGCAAUGCGAUGGCCACGCCGAUU
....(((-.....))).........((((.(((.(((.(((((((.(.....).)))))))..((((...(((((...)))))...)))))))..))).)))).......... ( -35.80)
>DroPse_CAF1 2099 106 - 1
A-ACCAACAACUAA------CCAUAGCCGCCGCCUGCAGUGGCAUGGAGUACCAGUGCCGCGACGGCACGCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAACAGUGCGACGGCCAGCCCGAUU
.-............------.....((((.((((((..(((((((((....))).))))))...(((..((((((...))))))..)))..))).))).)))).......... ( -41.20)
>DroGri_CAF1 2806 110 - 1
CUACCGU-AACUAACUUGCA--ACAGCCGCAAGCUGCAGCGACAUGGAAUAUCAAUGUCGCGACGGCAGUCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAGCAAUGUGAUGGCCAAGUCGAUU
.......-.....(((((..--...((((((...(((.(((((((.(.....).)))))))...(((.(.(((((...))))).).))).)))...)).)))))))))..... ( -36.10)
>DroMoj_CAF1 3119 111 - 1
UCACCGUUUACUAACGCUAAC--CAGCCGCCGCCUGCAGCGGCAUGGAGUAUCAAUGUCGCGAUGGCACCCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAGCAAUGCGAUGGCCACGCCGAUU
....((((....))))....(--(((((((.(....).))))).)))...(((...((((((.((((...(((((...)))))...))))....))))))(((...)))))). ( -37.90)
>DroPer_CAF1 2089 106 - 1
A-ACCAACAACUAA------CCAUAGCCGCCGCCUGCAGUGGCAUGGAGUACCAGUGCCGCGACGGCACGCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAACAGUGCGACGGCCAGCCCGAUU
.-............------.....((((.((((((..(((((((((....))).))))))...(((..((((((...))))))..)))..))).))).)))).......... ( -41.20)
>consensus
A_ACCGUCAACUAA______C_ACAGCCGCCGCCUGCAGCGGCAUGGAGUACCAAUGUCGCGACGGCACGCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAGCAAUGCGACGGCCACGCCGAUU
.........................((((.(((.(((.(((((((((....)).)))))))...(((...(((((...)))))...))).)))..))).)))).......... (-31.43 = -30.27 +  -1.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:55:05 2006