| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 20,209,877 – 20,209,987 |
| Length | 110 |
| Max. P | 0.647628 |
| Location | 20,209,877 – 20,209,987 |
|---|---|
| Length | 110 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 116 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.98 |
| Mean single sequence MFE | -49.37 |
| Consensus MFE | -31.63 |
| Energy contribution | -32.13 |
| Covariance contribution | 0.51 |
| Combinations/Pair | 1.47 |
| Mean z-score | -1.33 |
| Structure conservation index | 0.64 |
| SVM decision value | 0.24 |
| SVM RNA-class probability | 0.647628 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 20209877 110 - 22224390 ---UAU---GUACCUGCAGUGCCUGUUGUGCGGCCACUUGUAUUGUGCGUAGCACUUGACUGCCGCCGGCCAACCCGAGGAUUCGAGUCUUAAGGCUGCAGAGAAGGCGACUGCCA ---...---......(((((((((.((.(((((((.((((..(((.(((..(((......)))..)..)))))..))))(((....)))....))))))).)).)))).))))).. ( -41.30) >DroVir_CAF1 1559 113 - 1 AGACAC---CUACCUGGAGCGCUUGCUGUGCGGCUAUUUGGAUGGUGCGCAGCACUUGGCUGCCGCCGGCCAGACUGAGUAUGCGCGUCUUGAGAUUGUUGAGCAGACGCCCGCCG ......---......((.(((..((((((((((((.(((((.(((((.(((((.....)))))))))).)))))...))).)))))(((....))).....))))..))))).... ( -43.10) >DroPse_CAF1 1313 113 - 1 GAUCAC---UCACCUGUAGGGCCUGUUGGGCGGCCACUUGGAUGGUGCGUAGUACUUGACUGCCACCCGCCAGGCUCAAGAUGCGGCUCUUGAGGCUGCCCAGCAGCCGGCCGCCA ......---..........((((((((((((((((.(((((..((((.(((((.....)))))))))..))))).((((((......))))))))))))))))))...)))).... ( -55.90) >DroMoj_CAF1 1092 116 - 1 GUUCACUCAGUACCUGGAGUGCCUGCUGGGCGGCCACUUGGAUGGUGCGCAGCACCUGGCUGCCGCCGGCUAGACUGAGGAUGCGGGUCUUGAGGCUGUUGAGCAGUCGCCCGCCG ..((.((((((..(((((((....))).((((((((.......(((((...))))))))))))).))))....)))))))).((((((.....(((((.....))))))))))).. ( -51.21) >DroAna_CAF1 13901 110 - 1 ---UAC---UCACCUGCAGCGCCUGUUGCGCCGCCACCUGGAUGGUGCGGAGCACCUGAGUGCCGCCAGCCAGGGCCAGGAUCCGGGUCUUGAGGCUGCCCAGCAACCGACUGCCA ---...---......((((((..(((((.((.(((.(((((.(((((....((((....))))))))).)))))..((((((....)))))).))).)).)))))..)).)))).. ( -48.90) >DroPer_CAF1 1289 113 - 1 GAUUAC---UCACCUGUAGGGCCUGUUGGGCGGCCACUUGGAUGGUGCGUAGCACUUGACUGCCACCCGCCAGGCUCAAGAUGCGGCUCUUGAGGCUGCCCAGCAGCCGGCCGCCA ..((((---......))))((((((((((((((((.(((((..((((.(((((....).))))))))..))))).((((((......))))))))))))))))))...)))).... ( -55.80) >consensus G_UCAC___UCACCUGCAGCGCCUGUUGGGCGGCCACUUGGAUGGUGCGUAGCACUUGACUGCCGCCGGCCAGGCUCAGGAUGCGGGUCUUGAGGCUGCCCAGCAGCCGACCGCCA ....................(.(((((.(((((((.(((((.(((((.((((.......))))))))).)))))...(((((....)))))..))))))).))))).)........ (-31.63 = -32.13 + 0.51)
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