Locus 8119

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	20,190,600 – 20,190,718
Length	118
Max. P	0.987464

overview

Window 6

Location	20,190,600 – 20,190,718
Length	118
Sequences	5
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.07
Mean single sequence MFE	-39.52
Consensus MFE	-34.32
Energy contribution	-34.40
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.07
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	2.08
SVM RNA-class probability	0.987464
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20190600 118 + 22224390
GUUAUUAUUAUGGCUAUCGAUGCUCCCCGAUGGAUGGAUGGGCUUGGCUUUAAAGCCGAGCCAACUUCGUAUCGCCGGCACGUAGCCAUAACCUAACUCAAGAUCGGACUGCUUUAAG
((((...(((((((((.((.((((...((((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))))))..)))))))))))))))..))))..................... ( -42.00)
>DroSec_CAF1 12253 112 + 1
GUUAUUAUUAUGGCUAUCGAUGCCCC------AGUGGAUGGGCUUGGCUUUAAAGCCGGGCCAACUUCGCACCGCCGGCACGUAGCCAUAACCUAACUCAAGAUCGGGCUGCUUUAAG
((((...(((((((((.((.((((..------.(((((..(((((((((....)))))))))....)).)))....)))))))))))))))..))))..................... ( -41.20)
>DroSim_CAF1 10372 112 + 1
GUUAUUAUUAUGGCUAUCGAUGCCCC------AAUGGAUGGGCUUGGCUUUAAAGCCGGGCCAACUUCGCACCGCCGGCACGUAGCCAUAACCUAACUCAAGAUCGGGCUGCUUUAAG
((((...(((((((((.((.((((..------..((((..(((((((((....)))))))))....)).)).....)))))))))))))))..))))..................... ( -38.10)
>DroEre_CAF1 10111 111 + 1
GUUAUUAUUAUGGCUAUCGAUGCUCC------GAUGGAUGGGCAUGGCUUUAAAGCCG-GCAAACUUUGUACCGCGGGCACGUAGCCAUAAGCAAACUCAGGACCGGGCGGCUUUAAG
.......(((((((((.((.(((.((------(.((((..(((.(((((....)))))-)).....)..).))))))))))))))))))))((...(((......)))..))...... ( -35.90)
>DroYak_CAF1 9793 112 + 1
GUUAUUAUUAUGGCUAUCGAUGCUCC------GUCGAAUGGGCGUGGCUUUAAAGCCGUGCCAACUUCGUACCGCGUGCACGUAGCCAUAACCUAACCCAAGAUCGGGCGGCUUUAAG
.......(((((((((.((.(((.((------(.((((..(((((((((....)))))))))...))))...)).).))))))))))))))((...(((......))).))....... ( -40.40)
>consensus
GUUAUUAUUAUGGCUAUCGAUGCUCC______GAUGGAUGGGCUUGGCUUUAAAGCCGGGCCAACUUCGUACCGCCGGCACGUAGCCAUAACCUAACUCAAGAUCGGGCUGCUUUAAG
((((...(((((((((.((.((((.........(((((..(((((((((....)))))))))...)))))......)))))))))))))))..))))..................... (-34.32 = -34.40 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	20,190,600 – 20,190,718
Length	118
Sequences	5
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.07
Mean single sequence MFE	-37.44
Consensus MFE	-26.98
Energy contribution	-27.98
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.79
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.12
SVM RNA-class probability	0.594413
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20190600 118 - 22224390
CUUAAAGCAGUCCGAUCUUGAGUUAGGUUAUGGCUACGUGCCGGCGAUACGAAGUUGGCUCGGCUUUAAAGCCAAGCCCAUCCAUCCAUCGGGGAGCAUCGAUAGCCAUAAUAAUAAC
(((((..(((.......)))..)))))(((((((((((((((..((((.....((.((((.((((....)))).)))).))......))))..).))).)).)))))))))....... ( -35.20)
>DroSec_CAF1 12253 112 - 1
CUUAAAGCAGCCCGAUCUUGAGUUAGGUUAUGGCUACGUGCCGGCGGUGCGAAGUUGGCCCGGCUUUAAAGCCAAGCCCAUCCACU------GGGGCAUCGAUAGCCAUAAUAAUAAC
(((((..(((.......)))..)))))(((((((((((((((..(((((.((....(((..((((....))))..)))..))))))------).)))).)).)))))))))....... ( -39.30)
>DroSim_CAF1 10372 112 - 1
CUUAAAGCAGCCCGAUCUUGAGUUAGGUUAUGGCUACGUGCCGGCGGUGCGAAGUUGGCCCGGCUUUAAAGCCAAGCCCAUCCAUU------GGGGCAUCGAUAGCCAUAAUAAUAAC
(((((..(((.......)))..)))))((((((((((((((((((((.((.......))))((((....))))..)))((.....)------).)))).)).)))))))))....... ( -37.60)
>DroEre_CAF1 10111 111 - 1
CUUAAAGCCGCCCGGUCCUGAGUUUGCUUAUGGCUACGUGCCCGCGGUACAAAGUUUGC-CGGCUUUAAAGCCAUGCCCAUCCAUC------GGAGCAUCGAUAGCCAUAAUAAUAAC
((((..(((....)))..)))).....(((((((((((((((((.((((.......)))-)((((....))))............)------)).))).)).)))))))))....... ( -35.10)
>DroYak_CAF1 9793 112 - 1
CUUAAAGCCGCCCGAUCUUGGGUUAGGUUAUGGCUACGUGCACGCGGUACGAAGUUGGCACGGCUUUAAAGCCACGCCCAUUCGAC------GGAGCAUCGAUAGCCAUAAUAAUAAC
......((((((((....)))))..)))(((((((((((((...(.((.((((...(((..((((....))))..)))..))))))------.).))).)).))))))))........ ( -40.00)
>consensus
CUUAAAGCAGCCCGAUCUUGAGUUAGGUUAUGGCUACGUGCCGGCGGUACGAAGUUGGCCCGGCUUUAAAGCCAAGCCCAUCCAUC______GGAGCAUCGAUAGCCAUAAUAAUAAC
.....................((((..(((((((((((.((((((........))))))..((((....))))..((((.............)).))..)).)))))))))...)))) (-26.98 = -27.98 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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