Locus 7821

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	19,483,685 – 19,483,885
Length	200
Max. P	0.999221

overview

Window 8

Location	19,483,685 – 19,483,805
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.92
Mean single sequence MFE	-49.50
Consensus MFE	-46.78
Energy contribution	-46.22
Covariance contribution	-0.56
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.04
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	3.44
SVM RNA-class probability	0.999221
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19483685 120 - 22224390
AACGACUGCGAAACGCGCAGAUUGAAGCGGACGCGGAGGUCAAGAGCGGCAACGUGUCGUGCAGCGUUCUGGAUCCAGUAUACCUGGAAUGGGAUGCGCUGGUCAGUGUGUUGGACGGCG
..((((((((.....))))).)))..(((((((((...(((......)))..)))))).))).((((((((..(((((.....))))).))))))))((((..(((....)))..)))). ( -47.70)
>DroSec_CAF1 5670 120 - 1
AACGCCUGCGAAAUGCGCAGGCUGAAGCGGAUGCGGAGGCCAAGAGCGGCAACGUGUCGUGCAGCGUGCAGGAUCCAGUAUACCUGGAAUGGGAUGCACUGGUCAGUGUGUUGGACGGAG
...(((((((.....))))))).......((((((...(((......)))..))))))((.(((((..(..((.(((((.(((((.....))).)).))))))).)..))))).)).... ( -49.10)
>DroSim_CAF1 6620 120 - 1
AACGCCUGCGAAAUGCGCAGGCUGAAGCGGACGCGGAGGUCAAGAGCGGCAACGUGUCGUGCAGCGUGCUGGAUCCAGUAUACCUGGAAUGGGAUGCACUGGUCAGUGUGUUGGACGGGG
...(((((((.....))))))).......((((((...(((......)))..))))))((.(((((..((((..(((((.(((((.....))).)).)))))))))..))))).)).... ( -52.10)
>DroEre_CAF1 5351 120 - 1
AACGCCUGCGAAACGCGCAGGCCGAAGCGGAUGCGGAGGUCAAAAGCGGUAACGUGUCGUGCAGCGUGCUGGAUCCGGUUUACCUUGAAUGGGAUGCACUGGUGAGUGUGCUGGACGGCG
...(((((((.....)))))))....(((..(((...........)))....)))(((((.(((((..((.(..(((((.(((((.....))).)).)))))).))..))))).))))). ( -48.10)
>DroYak_CAF1 4906 120 - 1
AACGCCUGCGAAACGCGCAGGCUGAAGCGGAUGCGGAGGUCAAGAGCGGCAACGUGUCGUGCAGCGUGCUGGAUCCGGUAUACCUGGAAUGGGAUGCACUGGUGAGUGUGCUGGACGGCG
...(((((((.....)))))))....((.((((((...(((......)))..))))))((.(((((..((.(..(((((.(((((.....))).)).)))))).))..))))).)).)). ( -50.50)
>consensus
AACGCCUGCGAAACGCGCAGGCUGAAGCGGAUGCGGAGGUCAAGAGCGGCAACGUGUCGUGCAGCGUGCUGGAUCCAGUAUACCUGGAAUGGGAUGCACUGGUCAGUGUGUUGGACGGCG
...(((((((.....))))))).......((((((...(((......)))..))))))((.(((((..(((...(((((.(((((.....))).)).))))).)))..))))).)).... (-46.78 = -46.22 +  -0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	19,483,725 – 19,483,845
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.33
Mean single sequence MFE	-49.90
Consensus MFE	-46.32
Energy contribution	-46.00
Covariance contribution	-0.32
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.66
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	2.09
SVM RNA-class probability	0.987727
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19483725 120 - 22224390
CCGUUGGUCACGUAUGGCUACUGCGAACAGUGGCUGCAGCAACGACUGCGAAACGCGCAGAUUGAAGCGGACGCGGAGGUCAAGAGCGGCAACGUGUCGUGCAGCGUUCUGGAUCCAGUA
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>DroSec_CAF1 5710 120 - 1
CCGUUGAUCACGUAUGGCUACUGCGAACAGUGGCUGCAGCAACGCCUGCGAAAUGCGCAGGCUGAAGCGGAUGCGGAGGCCAAGAGCGGCAACGUGUCGUGCAGCGUGCAGGAUCCAGUA
.....((((..((((((((((((....)))))))((((((..((((((((.....))))))).)..)).((((((...(((......)))..)))))).)))).)))))..))))..... ( -51.40)
>DroSim_CAF1 6660 120 - 1
CCGUUGAUCACGUAUGGCUACUGCGAACAGUGGCUGCAGCAACGCCUGCGAAAUGCGCAGGCUGAAGCGGACGCGGAGGUCAAGAGCGGCAACGUGUCGUGCAGCGUGCUGGAUCCAGUA
.....((((......((((((((....)))))))).(((((..(((((((.....)))))))....(((((((((...(((......)))..)))))).)))....)))))))))..... ( -51.60)
>DroEre_CAF1 5391 120 - 1
CCGUUGGUCACGUAUGGCUACUGCGAACAGUGGCUGCAGCAACGCCUGCGAAACGCGCAGGCCGAAGCGGAUGCGGAGGUCAAAAGCGGUAACGUGUCGUGCAGCGUGCUGGAUCCGGUU
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>DroYak_CAF1 4946 120 - 1
CCGUUGGUCACAUAUGGCUACUGCGAACAGUGGCUGCAGCAACGCCUGCGAAACGCGCAGGCUGAAGCGGAUGCGGAGGUCAAGAGCGGCAACGUGUCGUGCAGCGUGCUGGAUCCGGUA
(((..((((......((((((((....)))))))).(((((..(((((((.....)))))))....(((((((((...(((......)))..)))))).)))....)))))))))))).. ( -51.20)
>consensus
CCGUUGGUCACGUAUGGCUACUGCGAACAGUGGCUGCAGCAACGCCUGCGAAACGCGCAGGCUGAAGCGGAUGCGGAGGUCAAGAGCGGCAACGUGUCGUGCAGCGUGCUGGAUCCAGUA
((((((....)).)))).(((((.((.(((((((((((((..((((((((.....))))))).)..)).((((((...(((......)))..)))))).)))))).)))))..))))))) (-46.32 = -46.00 +  -0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	19,483,765 – 19,483,885
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.92
Mean single sequence MFE	-47.74
Consensus MFE	-44.32
Energy contribution	-44.76
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.55
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	1.70
SVM RNA-class probability	0.972705
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19483765 120 + 22224390
ACCUCCGCGUCCGCUUCAAUCUGCGCGUUUCGCAGUCGUUGCUGCAGCCACUGUUCGCAGUAGCCAUACGUGACCAACGGCUGCACCAGGGUGGCCAGGCGGAAAAUCUCAAGGAAGUCG
...(((((.((((((.....(((((.....)))))...(((.(((((((..((.((((.(((....))))))).))..))))))).))))))))..).)))))................. ( -41.10)
>DroSec_CAF1 5750 120 + 1
GCCUCCGCAUCCGCUUCAGCCUGCGCAUUUCGCAGGCGUUGCUGCAGCCACUGUUCGCAGUAGCCAUACGUGAUCAACGGCUGCACCAGGGUGGCCAGGCGGAAAAUCUCAAGGAAGUCG
...(((((..(((((...(((((((.....))))))).(((.(((((((..((.((((.(((....))))))).))..))))))).))))))))....)))))................. ( -49.50)
>DroSim_CAF1 6700 120 + 1
ACCUCCGCGUCCGCUUCAGCCUGCGCAUUUCGCAGGCGUUGCUGCAGCCACUGUUCGCAGUAGCCAUACGUGAUCAACGGCUGCACCAGGGUGGCCAGGCGGAAAAUCUCAAGGAAGUCG
...(((((.((((((...(((((((.....))))))).(((.(((((((..((.((((.(((....))))))).))..))))))).))))))))..).)))))................. ( -49.10)
>DroEre_CAF1 5431 120 + 1
ACCUCCGCAUCCGCUUCGGCCUGCGCGUUUCGCAGGCGUUGCUGCAGCCACUGUUCGCAGUAGCCAUACGUGACCAACGGCUGCACCAGCGUGGCCAGACGGAAAAUUUCAAGGAAGUCG
...(((((..((((....(((((((.....)))))))((((.(((((((..((.((((.(((....))))))).))..))))))).))))))))...).))))................. ( -48.40)
>DroYak_CAF1 4986 120 + 1
ACCUCCGCAUCCGCUUCAGCCUGCGCGUUUCGCAGGCGUUGCUGCAGCCACUGUUCGCAGUAGCCAUAUGUGACCAACGGCUGCACCAGUGUGGCCAGGCGGAAAAUCUCGAGGAAGUCG
.((((....((((((((((((((((.....)))))))(((((((((((....))).))))))))......))).....(((..((....))..))).)))))).......))))...... ( -50.60)
>consensus
ACCUCCGCAUCCGCUUCAGCCUGCGCGUUUCGCAGGCGUUGCUGCAGCCACUGUUCGCAGUAGCCAUACGUGACCAACGGCUGCACCAGGGUGGCCAGGCGGAAAAUCUCAAGGAAGUCG
...(((((..((((....(((((((.....))))))).(((.(((((((..((.((((.(((....))))))).))..))))))).))).))))....)))))................. (-44.32 = -44.76 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

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