Locus 7790

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	19,409,755 – 19,409,860
Length	105
Max. P	0.866810

overview

Window 1

Location	19,409,755 – 19,409,860
Length	105
Sequences	6
Columns	110
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.25
Mean single sequence MFE	-54.37
Consensus MFE	-33.26
Energy contribution	-33.73
Covariance contribution	0.48
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-2.74
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.64
SVM RNA-class probability	0.809415
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19409755 105 + 22224390
CGCUUGGCCAGC--UGGGCGGCGGCUGCUGGUGUGGAUGGUGAU---GGUGGUGCAUUGCCGCCGCCACAGCGGCGCUAGCCGCCUGCUGGUGGUGGUGCGCAGCGAUAU
((((..((((((--.(((((((.(((((((..((((.(((..((---(......)))..)))))))..)))))))....))))))))))))).(((...))))))).... ( -59.30)
>DroSim_CAF1 9847 105 + 1
CGCUUGGCCAGC--UGGGCGGCGGCUGCUGGUGUGGAUGGUGAU---GGUGGUGCAUUGCCGCCGCCACAGCGGCGCUAGCCGCCUGCUGGUGGUGGUGCGCAGCGAUAU
((((..((((((--.(((((((.(((((((..((((.(((..((---(......)))..)))))))..)))))))....))))))))))))).(((...))))))).... ( -59.30)
>DroEre_CAF1 9602 105 + 1
CGCUUGGCCAGC--UGGGCGGCGGCUGCUGGUGUGGAUGGUGAU---GGUGGUGGAUUGCCGCCGCCGCAGCGGCGCUAGCAGCCUGCUGGUGGUGGUGCGCAGCGAUAU
((((..(....)--..))))..((((((((((((...((.((.(---((((((((....))))))))))).))))))))))))))(((((((......)).))))).... ( -57.40)
>DroWil_CAF1 4044 103 + 1
----UGUCCAGCAUUCGACCACUGCUGCUGCUGUUGAUGGUGAU---GAUGCUGCAUGGCAGCGGCCACUGCAGCGGCAGCCGCCUGCUGAUGAUGAUGUACAGCGAUAU
----....(((((..((......(((((((((((.(.((((...---..((((((...))))))))))).)))))))))))))..))))).................... ( -39.00)
>DroYak_CAF1 9784 105 + 1
CGCUUGGCCAGC--UGGGCGGCGGCUGCUGGUGUGGAUGGUGAU---GGUGGUGCAUUGGCGCCGCCACAGCGGCGCUAGCCGCCUGCUGGUGGUGGUGCGCAUCGAUAU
(((.(.((((((--.((((((((((.((((.(((((.(((((..---((((...))))..)))))))))).))))))).))))))))))))).)....)))......... ( -56.80)
>DroAna_CAF1 9093 108 + 1
CACUGGGCCAAC--UGGGCUGGGGCUGUUGGUGCGGGUGGUGGUGGUGGUGGUGCAUGGACACCGCUGCUACGGCGGCCGCUGCUAGCUGGUGGUGGUGUGCCGCGAUAU
((((.(((((((--..(((....))))))))).).))))((((..((((((.........))))))..)))).((((((((..(((.....)))..))).)))))..... ( -54.40)
>consensus
CGCUUGGCCAGC__UGGGCGGCGGCUGCUGGUGUGGAUGGUGAU___GGUGGUGCAUUGCCGCCGCCACAGCGGCGCUAGCCGCCUGCUGGUGGUGGUGCGCAGCGAUAU
......((((((....(((....)))))))))................((.((((((...(((((((((((((((....)))).))).)))))))))))))).))..... (-33.26 = -33.73 +   0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	19,409,755 – 19,409,860
Length	105
Sequences	6
Columns	110
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.25
Mean single sequence MFE	-40.13
Consensus MFE	-29.50
Energy contribution	-30.06
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.46
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	0.85
SVM RNA-class probability	0.866810
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19409755 105 - 22224390
AUAUCGCUGCGCACCACCACCAGCAGGCGGCUAGCGCCGCUGUGGCGGCGGCAAUGCACCACC---AUCACCAUCCACACCAGCAGCCGCCGCCCA--GCUGGCCAAGCG
....((((((............))).)))(((.(.(((((((.(((((((((..(((......---................))))))))))))))--)).)))).))). ( -45.75)
>DroSim_CAF1 9847 105 - 1
AUAUCGCUGCGCACCACCACCAGCAGGCGGCUAGCGCCGCUGUGGCGGCGGCAAUGCACCACC---AUCACCAUCCACACCAGCAGCCGCCGCCCA--GCUGGCCAAGCG
....((((((............))).)))(((.(.(((((((.(((((((((..(((......---................))))))))))))))--)).)))).))). ( -45.75)
>DroEre_CAF1 9602 105 - 1
AUAUCGCUGCGCACCACCACCAGCAGGCUGCUAGCGCCGCUGCGGCGGCGGCAAUCCACCACC---AUCACCAUCCACACCAGCAGCCGCCGCCCA--GCUGGCCAAGCG
.....((((.(........))))).....(((.(.(((((((.(((((((((...........---...................)))))))))))--)).)))).))). ( -41.31)
>DroWil_CAF1 4044 103 - 1
AUAUCGCUGUACAUCAUCAUCAGCAGGCGGCUGCCGCUGCAGUGGCCGCUGCCAUGCAGCAUC---AUCACCAUCAACAGCAGCAGCAGUGGUCGAAUGCUGGACA----
.....((((...........)))).((((((.(((((....))))).))))))...((((((.---.(((((((.....((....)).))))).))))))))....---- ( -39.10)
>DroYak_CAF1 9784 105 - 1
AUAUCGAUGCGCACCACCACCAGCAGGCGGCUAGCGCCGCUGUGGCGGCGCCAAUGCACCACC---AUCACCAUCCACACCAGCAGCCGCCGCCCA--GCUGGCCAAGCG
.........(((.......(((((.((((((..(((((((....)))))))...(((......---................)))...))))))..--)))))....))) ( -39.15)
>DroAna_CAF1 9093 108 - 1
AUAUCGCGGCACACCACCACCAGCUAGCAGCGGCCGCCGUAGCAGCGGUGUCCAUGCACCACCACCACCACCACCCGCACCAACAGCCCCAGCCCA--GUUGGCCCAGUG
.....((((.............(((.((.((((...)))).)))))(((((....)))))..............)))).(((((.((....))...--)))))....... ( -29.70)
>consensus
AUAUCGCUGCGCACCACCACCAGCAGGCGGCUAGCGCCGCUGUGGCGGCGGCAAUGCACCACC___AUCACCAUCCACACCAGCAGCCGCCGCCCA__GCUGGCCAAGCG
...................(((((.((((((....))))))..(((((((((..(((.........................))))))))))))....)))))....... (-29.50 = -30.06 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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