Locus 7415

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 18,494,199 – 18,494,319
Length 120
Max. P 0.611603
window12156

overview

Window 6

Location 18,494,199 – 18,494,319
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.67
Mean single sequence MFE -57.28
Consensus MFE -25.23
Energy contribution -27.12
Covariance contribution 1.89
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.97
Structure conservation index 0.44
SVM decision value 0.16
SVM RNA-class probability 0.611603
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18494199 120 + 22224390
UGUUGCGGCAACGUUCCUGUCAGCUGCUGCGCCUGCUGGCCCGCUUCAGCCUGCGCGGCGUGCAGCGCAUAUGGAAUGGAGAGCUGCGAUUUGCGCUGCAACAACUCUCUGAGCACCACU
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>DroVir_CAF1 2429 120 + 1
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>DroPse_CAF1 2469 120 + 1
UGUUGCGCCAGCGGGCCUGCCAACUGCUCCGGCUGCUGGCCCGGUUCAGUCUCCGCGGUGUGCACUGCAUGUGGGGCGCCGACCUGAGGGGCGCCCUGCAGGCACUGGCCGACCAGCAGC
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>DroEre_CAF1 2428 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 2453 120 + 1
UGCUGCGGCAGCGCGCCUGCCAGAUGCUGUUGCUCUUGGCACGCUUCAGUCUGCGCGGCGUGCAGUGCAUUUGGAGUGGCGAGCUGAAGAGCGCCCUGCAGGCGCUGGCCGAGCAGCAAA
(((((((((.(((((((((((((..((....))..))))))(((........))).)))))))(((((...((.((.((((..(....)..)))))).)).))))).)))..)))))).. ( -61.90)
>DroAna_CAF1 2333 120 + 1
UGUUGCGCCAGCGCGCCUGCCAACUGCUCCGCCUCCUGGCCCGCUUCAGUCUGCGCGGUGUGCAGCGUAUUUGGGGCGUGGAGCUGCGACAGGCGCUGCAGGAACUGGCCGACAACUACA
(((((.(((((((((((((.(....((((((((....))).((((((((..(((((........))))).)))))))).)))))...).))))))).))......)))))))))...... ( -55.70)
>consensus
UGUUGCGGCAGCGCGCCUGCCAACUGCUGCGCCUGCUGGCCCGCUUCAGCCUGCGCGGCGUGCAGCGCAUCUGGAGUGGGGAGCUGAGGAGUGCGCUGCAGGAACUGGCCGAGCACCACA
((((..((((..((((((.......(((((((.....(((........))).)))))))..(((((((......(((.....))).......)))))))))))))))))..))))..... (-25.23 = -27.12 +   1.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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