Locus 7359

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 18,354,721 – 18,354,841
Length 120
Max. P 0.757578
window12060

overview

Window 0

Location 18,354,721 – 18,354,841
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.58
Mean single sequence MFE -58.26
Consensus MFE -45.50
Energy contribution -47.78
Covariance contribution 2.28
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.71
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.49
SVM RNA-class probability 0.757578
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18354721 120 + 22224390
AGCGCCGAGGAGCAGAGGUCGGUGCCGUCUGAAGCGGUGGCCAGCAUGCCGGAGACGCUGCCCGCCACUGCGACGGUGACGGCGUCGAGCAUCGACUGCACCGUGGCGGUGCUCAAGGUG
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>DroSec_CAF1 7566 120 + 1
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>DroAna_CAF1 18028 111 + 1
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>DroEre_CAF1 7133 120 + 1
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>DroYak_CAF1 6758 120 + 1
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>consensus
AGCGCCGAGGAGCAGAGGGCGGUGCCGUCUGAAGCGGUGGCCAGCAUGCCGGAGACGCUGCCCGCAACUGCGACGGUGACGGCGUCGAGCAUCGACUGCACCGUGGCGGUGCUCAAGGUG
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alignment

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