Locus 7352

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 18,342,424 – 18,342,524
Length 100
Max. P 0.564160
window12051

overview

Window 1

Location 18,342,424 – 18,342,524
Length 100
Sequences 6
Columns 100
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.13
Mean single sequence MFE -45.78
Consensus MFE -29.81
Energy contribution -29.65
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.564160
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18342424 100 - 22224390
CGGGACACGCUGUACAUCAGCGGAGCCGUGGUGUCCAAUGGCAUCGGAUGUGCUGCGGUCGGCGGUGAAAUGCUGACCGAUGGCGGUUCCGCCGUGGAUG
((((((.(((((((((((.(((....)))((((((....)))))).)))))))..(((((((((......)))))))))..))))))))))......... ( -47.90)
>DroVir_CAF1 21462 100 - 1
AGGGAUACGCGCUAUAUAACUGGAGCCGUGGUCUCCAAUGGCAUCGGCUGUGCCGAGGUUGGCGGCUCGAUGCUACAGGAGGGCGGCUCCGCGGUGGAUG
.....(((.(((.........((((((((..(((((..(((((((((((((((....))..))))).))))))))..))))))))))))))))))).... ( -46.80)
>DroSec_CAF1 20324 100 - 1
CGGGAUGCGCUGUACAUCAGCGGAGCCGUGGUGUCCAAUGGCAUCGGAUGUGCUGCGGUCGGCGGUGAAAUGCUGACCGAUGGCGGUUCCGCCGUGGAUG
(((..(.(((((.....))))).).)))....(((((.((((...(((..((((((((((((((......))))))))).)))))..)))))))))))). ( -46.80)
>DroEre_CAF1 20031 100 - 1
CGGGAUGCGCUGUACAUCAGCGGCGCCGUGGUGUCCAACGGCAUCGGUUGUGCGGCGGUCGGCGGAGAUGCGCUAUCCGAUGGCGGUUCCGCGGUGGAUG
.......(((((.....))))).((((((((.......((.((((((..(((((.(.(....).)...)))))...)))))).))...)))))))).... ( -43.40)
>DroYak_CAF1 20188 100 - 1
CGGGAUGCGCUGAACAUCAGCGGAGCCGUGGUGUCCAACGGCAUCGGAUGUGCUGCCGUCGGCGGUGAGACGCUAACGGAUGGCGGUUCCGCCGUGGAUG
(((..(.(((((.....))))).).)))....(((((.((((...(((..(((((((((..(((......)))..)))).)))))..)))))))))))). ( -46.90)
>DroMoj_CAF1 20504 100 - 1
AGGGAUACGCGGUAUAUUACGGGAGCCGUUGUCUCCAAUGGCAUCGGCUGCGCCGAGGUCGGUGGCAACAUGUUGCAGGAGGGCGGCUCCGCGGUGGAUG
.......(((.(((...))).((((((((..(((((..((((.(((((...))))).))))(..((.....))..).))))))))))))))))....... ( -42.90)
>consensus
CGGGAUACGCUGUACAUCAGCGGAGCCGUGGUGUCCAAUGGCAUCGGAUGUGCUGCGGUCGGCGGUGAAAUGCUAACCGAUGGCGGUUCCGCCGUGGAUG
..............((((.((((((((((..((((...((((((.....)))))).((.(((((......))))).))))))))))))))))....)))) (-29.81 = -29.65 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:36:49 2006