Locus 694

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,922,706 – 1,922,824
Length 118
Max. P 0.980520
window1111

overview

Window 1

Location 1,922,706 – 1,922,824
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.58
Mean single sequence MFE -27.29
Consensus MFE -24.48
Energy contribution -23.84
Covariance contribution -0.64
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 1.86
SVM RNA-class probability 0.980520
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1922706 118 - 22224390
AUAUUUUCAUGCAAUCGUUGAGUAUUUAUUA--UGGGUACUCGUAUGCAAAACUCUAUAAACGUGUAACUAUAUCUGUGUAUAUUUAUAAUUGUAGUUGUGGGGACUUCCUUGAGUUCCC
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>DroSec_CAF1 6605 120 - 1
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>DroSim_CAF1 6911 120 - 1
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>DroEre_CAF1 6742 120 - 1
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>DroYak_CAF1 6821 120 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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