Locus 6734

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 16,754,715 – 16,755,016
Length 301
Max. P 0.991771
window11002 window11003 window11004 window11005 window11006

overview

Window 2

Location 16,754,715 – 16,754,834
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.95
Mean single sequence MFE -30.04
Consensus MFE -24.60
Energy contribution -25.04
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.95
SVM RNA-class probability 0.887695
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16754715 119 + 22224390
CUCUUUGCCAACUAAUCCCGGCCAUAAUUUUAUGGCA-CUAUUUUAUUGUAUAACGCGCUAUAAAUGAGCUGCUGAUAGCGAUGCGAUACGAAUCAAUCGAUUUAUAGCCGCGUGCAGUU
....((((............((((((....)))))).-...............(((((((((((((..((((....))))(((..(((....))).))).)))))))).))))))))).. ( -30.80)
>DroSec_CAF1 41720 119 + 1
CUCUUAGCCAACUAAUCCCGGCCAUAAUUUUAUGGCA-CUAUUUUAUUGUAUAACGCGCUAUAAAUGAGCUGCUGAUAGCGAUACGAUACGAAUCAAUCGAUUUAUAGCCGCGUGCAGUA
....................((((((....)))))).-......((((((...(((((((((((((..((((....))))....((((........)))))))))))).))))))))))) ( -31.00)
>DroSim_CAF1 38883 119 + 1
CUCUUUGCCAACUAAUCCCGGUCAUAAUUUUAUGGCA-CUGUUUUAUUGUAUAACGCUCUAUAAAUGAGCUGCUGAUAGCGAUACGAUACGAAUCAAUCGAUUUAUAGCCGCGUGCAGUA
....(((((((.(((..(.(((((((....)))))).-).)..))))))....((((.((((((((..((((....))))....((((........))))))))))))..)))))))).. ( -24.80)
>DroEre_CAF1 33213 114 + 1
CUCUAUGGCCCCUAAUCUCGGCCAUAAUUUUAUGGCA-CUUUUUUAUUGUAUAACGCGCUAUAAAGGAGCUGCUGAUAGC-----GAUACGAAUCAAUCGAUUUAUAGCCGCGUGCAGUA
((((((((((.........))))))).(((((((((.-(................).)))))))))))).(((((...((-----(.((..((((....))))..))..)))...))))) ( -31.39)
>DroYak_CAF1 33563 119 + 1
CUCUUUGGCACCUAAUCCCGGCCAUAAUUUUAUGGCAUCAUUUUUAUUGUAUAACGCUCUAUAAAGGAGCUGGCGAUAGCUGC-UGAUACGAAUCAAUCGAUUUAUAGCCGCGUGCAGUA
.......((((...((((((((((((....))))))...................(((((.....)))))))).))).((.((-((....(((((....))))).)))).)))))).... ( -32.20)
>consensus
CUCUUUGCCAACUAAUCCCGGCCAUAAUUUUAUGGCA_CUAUUUUAUUGUAUAACGCGCUAUAAAUGAGCUGCUGAUAGCGAU_CGAUACGAAUCAAUCGAUUUAUAGCCGCGUGCAGUA
....................((((((....))))))........((((((...((((((((((((...((((....)))).........(((.....))).))))))).))))))))))) (-24.60 = -25.04 +   0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 16,754,754 – 16,754,874
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.99
Mean single sequence MFE -27.46
Consensus MFE -22.96
Energy contribution -23.40
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.29
Structure conservation index 0.84
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.525741
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16754754 120 + 22224390
AUUUUAUUGUAUAACGCGCUAUAAAUGAGCUGCUGAUAGCGAUGCGAUACGAAUCAAUCGAUUUAUAGCCGCGUGCAGUUAUCUUUACGGCCGCCGCCAAAUCAAUCAAUUUAAAUUUGA
.....(((((...(((((((((((((..((((....))))(((..(((....))).))).)))))))).)))))))))).........(((....))).......((((.......)))) ( -26.70)
>DroSec_CAF1 41759 120 + 1
AUUUUAUUGUAUAACGCGCUAUAAAUGAGCUGCUGAUAGCGAUACGAUACGAAUCAAUCGAUUUAUAGCCGCGUGCAGUAAUCUUUACGGCCGCCGCCAAAUCAAUCAAUUUAAAUUUGA
...(((((((...(((((((((((((..((((....))))....((((........)))))))))))).)))))))))))).......(((....))).......((((.......)))) ( -29.30)
>DroSim_CAF1 38922 120 + 1
GUUUUAUUGUAUAACGCUCUAUAAAUGAGCUGCUGAUAGCGAUACGAUACGAAUCAAUCGAUUUAUAGCCGCGUGCAGUAAUCUUUACGGCCGCCGCCAAAUCAAUCAAUUUAAAUUUGA
....((((((((...((((.......))))(((.....)))))))))))..........(((((...((.(((.((.(((.....))).))))).)).)))))..((((.......)))) ( -26.50)
>DroEre_CAF1 33252 115 + 1
UUUUUAUUGUAUAACGCGCUAUAAAGGAGCUGCUGAUAGC-----GAUACGAAUCAAUCGAUUUAUAGCCGCGUGCAGUAAUCUUUACGGCCGCCGCCAAAUCAAUCAAUUUAAAUUUGA
...(((((((...((((((((((((.((((((....))))-----(((....)))..))..))))))).)))))))))))).......(((....))).......((((.......)))) ( -27.00)
>DroYak_CAF1 33603 119 + 1
UUUUUAUUGUAUAACGCUCUAUAAAGGAGCUGGCGAUAGCUGC-UGAUACGAAUCAAUCGAUUUAUAGCCGCGUGCAGUAAUCUUUACGGUCGCCGCCAAAUCAAUCAAUUUAAAUUUGA
(((..((((......(((((.....))))).((((((.((.((-((....(((((....))))).)))).))(((.((....)).))).))))))...........))))..)))..... ( -27.80)
>consensus
AUUUUAUUGUAUAACGCGCUAUAAAUGAGCUGCUGAUAGCGAU_CGAUACGAAUCAAUCGAUUUAUAGCCGCGUGCAGUAAUCUUUACGGCCGCCGCCAAAUCAAUCAAUUUAAAUUUGA
...(((((((...((((((((((((...((((....)))).........(((.....))).))))))).)))))))))))).......(((....))).......((((.......)))) (-22.96 = -23.40 +   0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 16,754,754 – 16,754,874
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.99
Mean single sequence MFE -30.62
Consensus MFE -24.10
Energy contribution -25.30
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.82
SVM RNA-class probability 0.858476
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16754754 120 - 22224390
UCAAAUUUAAAUUGAUUGAUUUGGCGGCGGCCGUAAAGAUAACUGCACGCGGCUAUAAAUCGAUUGAUUCGUAUCGCAUCGCUAUCAGCAGCUCAUUUAUAGCGCGUUAUACAAUAAAAU
.........(((..(((((((((((.(((((.((.......)).)).))).))))..)))))))..))).(((((((...((.....)).(((.......))))))..))))........ ( -31.70)
>DroSec_CAF1 41759 120 - 1
UCAAAUUUAAAUUGAUUGAUUUGGCGGCGGCCGUAAAGAUUACUGCACGCGGCUAUAAAUCGAUUGAUUCGUAUCGUAUCGCUAUCAGCAGCUCAUUUAUAGCGCGUUAUACAAUAAAAU
.........(((..(((((((((((.(((((.(((.....))).)).))).))))..)))))))..))).(((((((...((.....)).(((.......))))))..))))........ ( -30.70)
>DroSim_CAF1 38922 120 - 1
UCAAAUUUAAAUUGAUUGAUUUGGCGGCGGCCGUAAAGAUUACUGCACGCGGCUAUAAAUCGAUUGAUUCGUAUCGUAUCGCUAUCAGCAGCUCAUUUAUAGAGCGUUAUACAAUAAAAC
.........(((..(((((((((((.(((((.(((.....))).)).))).))))..)))))))..)))......((((.((.....)).((((.......))))...))))........ ( -32.30)
>DroEre_CAF1 33252 115 - 1
UCAAAUUUAAAUUGAUUGAUUUGGCGGCGGCCGUAAAGAUUACUGCACGCGGCUAUAAAUCGAUUGAUUCGUAUC-----GCUAUCAGCAGCUCCUUUAUAGCGCGUUAUACAAUAAAAA
.........(((..(((((((((((.(((((.(((.....))).)).))).))))..)))))))..))).(((((-----(((((.((......))..))))))....))))........ ( -30.10)
>DroYak_CAF1 33603 119 - 1
UCAAAUUUAAAUUGAUUGAUUUGGCGGCGACCGUAAAGAUUACUGCACGCGGCUAUAAAUCGAUUGAUUCGUAUCA-GCAGCUAUCGCCAGCUCCUUUAUAGAGCGUUAUACAAUAAAAA
.........(((..(((((((((((.(((.(.(((.....))).)..))).))))..)))))))..))).((((.(-((.((....))..((((.......)))))))))))........ ( -28.30)
>consensus
UCAAAUUUAAAUUGAUUGAUUUGGCGGCGGCCGUAAAGAUUACUGCACGCGGCUAUAAAUCGAUUGAUUCGUAUCG_AUCGCUAUCAGCAGCUCAUUUAUAGCGCGUUAUACAAUAAAAA
.........(((..(((((((((((.(((((.(((.....))).)).))).))))..)))))))..))).((((.....((((((.............))))))....))))........ (-24.10 = -25.30 +   1.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 16,754,874 – 16,754,976
Length 102
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.51
Mean single sequence MFE -31.35
Consensus MFE -19.51
Energy contribution -21.20
Covariance contribution 1.69
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.97
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.57
SVM RNA-class probability 0.786971
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16754874 102 - 22224390
CAUGCUCGUCAUAUAUCAUAUAGUAUAUACAUAUAUAUAUAUUACCUGUGCG------UGCGUGUAUG----UGUGUGUGCGGGA--------UGGCAGAAAUCAGAAAUCACGGCUUAA
...(((.(((((........(((((((((......)))))))))((((..((------..((......----))..))..)))))--------)))).(....).........))).... ( -24.60)
>DroSec_CAF1 41879 112 - 1
CAUGCUCGCCAUAUAUCAUAUAGUAUAUACAUAUA----UAUUACCUGUGUGCACCUGUGCGCACGUG----UGUGUGUGCGGGAUGGUUGGAUGGCAGAAAUCAGAAAUCACGGCUUAA
...(((.(((((..(((((...((((((((((((.----........(((((((....))))))))))----)))))))))...)))))...))))).(....).........))).... ( -36.70)
>DroSim_CAF1 39042 112 - 1
CAUGCUCGCCAUAUAUCAUAUAGUAUAUACAUAUA----UAUUAUCUGUGUGCACCUGUGCGCACGUG----UGUGUGUGCGGGAUGGUUGGAUGGCAGAAAUCAGAAAUCACGGCUUAA
(((.(((((((((((.((((((((((((....)))----))))))..(((((((....))))))))))----)))))).))))))))(((((((..(........)..))).)))).... ( -36.70)
>DroEre_CAF1 33367 97 - 1
CAUGCUCGCCAUAUAUCAUAUAGUAUAUACAUAUU--------ACCCGUGUGCACCUGUGUGUCUGUGUGUCUGUGUGUGCGGGA--------UGGCAGA-------AAUCACGGCUUAA
(((.(((((((((((.(((((((.(((((((...(--------((....)))....))))))))))))))..)))))).))))))--------)).....-------............. ( -27.40)
>consensus
CAUGCUCGCCAUAUAUCAUAUAGUAUAUACAUAUA____UAUUACCUGUGUGCACCUGUGCGCACGUG____UGUGUGUGCGGGA________UGGCAGAAAUCAGAAAUCACGGCUUAA
...(((.(((((..(((((...(((((((((...............((((((((....))))))))......)))))))))...)))))...))))).((.........))..))).... (-19.51 = -21.20 +   1.69)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 16,754,906 – 16,755,016
Length 110
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.36
Mean single sequence MFE -34.33
Consensus MFE -27.85
Energy contribution -27.48
Covariance contribution -0.37
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -3.19
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 2.29
SVM RNA-class probability 0.991771
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16754906 110 - 22224390
GCCAUAAAAUAUUAUAUUGGUAUAACCGGGCUGUAAUCGGCAUGCUCGUCAUAUAUCAUAUAGUAUAUACAUAUAUAUAUAUUACCUGUGCG------UGCGUGUAUG----UGUGUGUG
........(((((((((.((((((..((((((((.....))).)))))...))))))))))))))).((((((((((((((((((......)------)).)))))))----)))))))) ( -32.80)
>DroSec_CAF1 41919 112 - 1
GCCAUAAAAUAUUAUAUUGGUAUAACCGGGCUGUAAUCGGCAUGCUCGCCAUAUAUCAUAUAGUAUAUACAUAUA----UAUUACCUGUGUGCACCUGUGCGCACGUG----UGUGUGUG
........(((((((((.((((((..((((((((.....))).)))))...))))))))))))))).((((((((----(((.....(((((((....))))))))))----)))))))) ( -37.70)
>DroSim_CAF1 39082 112 - 1
GCCAUAAAAUAUUAUAUUGGUAUAACCGGGCUGUAAUCGGCAUGCUCGCCAUAUAUCAUAUAGUAUAUACAUAUA----UAUUAUCUGUGUGCACCUGUGCGCACGUG----UGUGUGUG
........(((((((((.((((((..((((((((.....))).)))))...))))))))))))))).((((((((----(((.....(((((((....))))))))))----)))))))) ( -37.70)
>DroEre_CAF1 33392 112 - 1
GCCAUAAAAUAUUAUAUUGGUAUAACCGGGCUGUAAUCGGCAUGCUCGCCAUAUAUCAUAUAGUAUAUACAUAUU--------ACCCGUGUGCACCUGUGUGUCUGUGUGUCUGUGUGUG
........(((((((((.((((((..((((((((.....))).)))))...)))))))))))))))(((((((.(--------((.((.(..((....))..).)).)))..))))))). ( -29.10)
>consensus
GCCAUAAAAUAUUAUAUUGGUAUAACCGGGCUGUAAUCGGCAUGCUCGCCAUAUAUCAUAUAGUAUAUACAUAUA____UAUUACCUGUGUGCACCUGUGCGCACGUG____UGUGUGUG
........(((((((((.((((((..((((((((.....))).)))))...))))))))))))))).((((((((...........((((((((....))))))))......)))))))) (-27.85 = -27.48 +  -0.37)

alignment

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