Locus 673

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,870,939 – 1,871,038
Length 99
Max. P 0.622172
window1084

overview

Window 4

Location 1,870,939 – 1,871,038
Length 99
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.61
Mean single sequence MFE -40.82
Consensus MFE -26.12
Energy contribution -29.01
Covariance contribution 2.89
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -1.76
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.622172
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1870939 99 + 22224390
CUAGGUCCA-------CGCCUACGCCAACCCUUACGCCAGCCGUCACGCC---UA---CCGCCAGUGAUGGAGUGGCGGCCAAGAGCGUGAGGGUUACCCGGCACUCGUCGC
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>DroSec_CAF1 8264 99 + 1
CUAGGUCCA-------CGCCUACACCAACCCUUACGCCAGCCGUCACGCC---UA---CCGCCAGUGAUGGAGUGGCGGCCAAGAGCGUGAGGGUUACCCGGCACUCGUCGC
.(((((...-------.)))))....((((((((((((.((((((((...---..---...(((....))).))))))))...).)))))))))))...((((....)))). ( -42.80)
>DroSim_CAF1 3512 99 + 1
CUAGGUCCA-------CGCCUACGCCAACCCUUACGCCAGCCGUCACGCC---UA---CCGCCAGUGAUGGAGUGGCGGCCAAGAGCGUGAGGGUUACCCGGCACUCGUCGC
.(((((...-------.))))).(((((((((((((((.((((((((...---..---...(((....))).))))))))...).)))))))))))....)))......... ( -43.90)
>DroEre_CAF1 6884 96 + 1
CUAGGUCCA-------CACCUACGCCAACCCUUGCGCC---CGUCACGCC---CA---CCGCCAGCGAUGGAGUGGCGGCCAAGAGCGUGAGGGUUACACGGCACUCGUCGC
.(((((...-------.))))).(((((((((..((((---((((((..(---((---.((....)).))).)))))))......)))..))))))....)))......... ( -42.10)
>DroYak_CAF1 8842 99 + 1
CAAGGUCCA-------CACCUACGCCAACCCUUACGCCAGCUGUCACGCC---CA---CCGCCAGCGAUGGACUGGCGGCCAAGAGCGUGAGGGUUACCCGGCACUCGUCGC
..((((...-------.))))..(((((((((((((((.(((((((.(.(---((---.((....)).))).))))))))...).)))))))))))....)))......... ( -40.50)
>DroMoj_CAF1 430 111 + 1
C-AGAUCGAUCAGACGAACCUUCGCCUCUGAUAACGGAAUGCGGCACUCCGCGCAGAACCUACUCCGAGGCACUGGCAGCAAAGAGUGUGCGCUUUACACGGCACUCGUCGC
.-...((((((((((((....)))..))))))..)))...(((((.....((.(((..(((......)))..)))))......((((((.((.......))))))))))))) ( -31.70)
>consensus
CUAGGUCCA_______CACCUACGCCAACCCUUACGCCAGCCGUCACGCC___CA___CCGCCAGCGAUGGAGUGGCGGCCAAGAGCGUGAGGGUUACCCGGCACUCGUCGC
.(((((...........))))).((((((((((((((..((((((((..............(((....))).)))))))).....)))))))))))....)))......... (-26.12 = -29.01 +   2.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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