Locus 6500

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	16,302,470 – 16,302,563
Length	93
Max. P	0.849843

overview

Window 6

Location	16,302,470 – 16,302,563
Length	93
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.49
Mean single sequence MFE	-52.87
Consensus MFE	-36.63
Energy contribution	-36.38
Covariance contribution	-0.25
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.16
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.78
SVM RNA-class probability	0.849843
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16302470 93 + 22224390
GG-GUC-----CGGUCC-----------GAUCCAGUUCAACGGCCUUGCAGGAU-CUGCGCGCUAAGACAGUCCGCAUGGCCGUUGUCCUGGCUGGGGCCCCGCCC-GCAGA-
((-((.-----.(((((-----------.(.((((..((((((((.(((.(((.-((((.......).))))))))).))))))))..)))).).)))))..))))-.....- ( -52.10)
>DroPse_CAF1 5779 106 + 1
GGGGUC-----CGGACCUUGGGGGCCCGGCUCCAGUCCAGCGGCCUUGCCGGAUGCUGCACGCUAAGACAGUCCGCAUGGCCGUUGUGCUGGCUGGGGCCCCGCCCU-CAUA-
(((((.-----...)))))((((((..((((((((((((((((((.(((.((((.((........))...))))))).))))))))....))))))))))..)))))-)...- ( -60.10)
>DroSec_CAF1 4244 94 + 1
GG-GUC-----CGGUCC-----------GAUCCAGUUCAACGGUCUUGCAGGAU-CUGCGCGCUAAGACAGUCCGCAUGGCCGUUGUCCUGGCUGGGGCCCCGCCCUUCAGA-
((-((.-----.(((((-----------.(.((((..((((((((.(((.(((.-((((.......).))))))))).))))))))..)))).).)))))..))))......- ( -48.90)
>DroEre_CAF1 4730 94 + 1
GG-GUC-----CGGUCC-----------GAUCCAGUUCAACGGCCUUGCAGGAG-CUGCGCGCUAAGACAGUCCGCAUGGCCGUUGUCCUGGCUGGGGCCCCGCCCUUUGGA-
((-((.-----.(((((-----------.(.((((..((((((((.(((.(((.-((((.......).))))))))).))))))))..)))).).)))))..))))......- ( -51.60)
>DroAna_CAF1 4667 99 + 1
GG-GUCCUUGUCGGUCC-----------GAUCCAGUUCAACGGUCUUGCAGGAUACUGUGCGCUAAGACAGUCCGCAUGGCCGUUGUCCUGGCUGGGGCCCCGCCUU--GGAA
..-.(((..((.(((((-----------.(.((((..((((((((.(((.(((..((((.(.....))))))))))).))))))))..)))).).)))))..))...--))). ( -44.40)
>DroPer_CAF1 2611 106 + 1
GGGGUC-----CGGACCUUGGGGGCCCGGCUCCAGUCCAGCGGCCUUGCCGGAUGCUGCACGCUAAGACAGUCCGCAUGGCCGUUGUGCUGGCUGGGGCCCCGCCCU-CAUA-
(((((.-----...)))))((((((..((((((((((((((((((.(((.((((.((........))...))))))).))))))))....))))))))))..)))))-)...- ( -60.10)
>consensus
GG_GUC_____CGGUCC___________GAUCCAGUUCAACGGCCUUGCAGGAU_CUGCGCGCUAAGACAGUCCGCAUGGCCGUUGUCCUGGCUGGGGCCCCGCCCU_CAGA_
...............................((((..((((((((.(((.((((.((........))...))))))).))))))))..))))..(((((...)))))...... (-36.63 = -36.38 +  -0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	16,302,470 – 16,302,563
Length	93
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.49
Mean single sequence MFE	-45.85
Consensus MFE	-34.06
Energy contribution	-34.58
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.90
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.652844
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16302470 93 - 22224390
-UCUGC-GGGCGGGGCCCCAGCCAGGACAACGGCCAUGCGGACUGUCUUAGCGCGCAG-AUCCUGCAAGGCCGUUGAACUGGAUC-----------GGACCG-----GAC-CC
-.....-((((.((..((...((((..((((((((.((((((((((........))))-.))).))).))))))))..))))...-----------)).)).-----).)-)) ( -46.90)
>DroPse_CAF1 5779 106 - 1
-UAUG-AGGGCGGGGCCCCAGCCAGCACAACGGCCAUGCGGACUGUCUUAGCGUGCAGCAUCCGGCAAGGCCGCUGGACUGGAGCCGGGCCCCCAAGGUCCG-----GACCCC
-....-.(((((((((((...((((..((.(((((.((((((((((........))))..))).))).))))).))..))))....)))))))....)))).-----...... ( -52.10)
>DroSec_CAF1 4244 94 - 1
-UCUGAAGGGCGGGGCCCCAGCCAGGACAACGGCCAUGCGGACUGUCUUAGCGCGCAG-AUCCUGCAAGACCGUUGAACUGGAUC-----------GGACCG-----GAC-CC
-......((((.((..((...((((..((((((.(.((((((((((........))))-.))).))).).))))))..))))...-----------)).)).-----).)-)) ( -39.70)
>DroEre_CAF1 4730 94 - 1
-UCCAAAGGGCGGGGCCCCAGCCAGGACAACGGCCAUGCGGACUGUCUUAGCGCGCAG-CUCCUGCAAGGCCGUUGAACUGGAUC-----------GGACCG-----GAC-CC
-......((((.((..((...((((..((((((((.((((((((((........))))-.))).))).))))))))..))))...-----------)).)).-----).)-)) ( -46.80)
>DroAna_CAF1 4667 99 - 1
UUCC--AAGGCGGGGCCCCAGCCAGGACAACGGCCAUGCGGACUGUCUUAGCGCACAGUAUCCUGCAAGACCGUUGAACUGGAUC-----------GGACCGACAAGGAC-CC
.(((--....(((..((....((((..((((((.(.((((((((((........)))))...))))).).))))))..))))...-----------)).)))....))).-.. ( -37.50)
>DroPer_CAF1 2611 106 - 1
-UAUG-AGGGCGGGGCCCCAGCCAGCACAACGGCCAUGCGGACUGUCUUAGCGUGCAGCAUCCGGCAAGGCCGCUGGACUGGAGCCGGGCCCCCAAGGUCCG-----GACCCC
-....-.(((((((((((...((((..((.(((((.((((((((((........))))..))).))).))))).))..))))....)))))))....)))).-----...... ( -52.10)
>consensus
_UCUG_AGGGCGGGGCCCCAGCCAGGACAACGGCCAUGCGGACUGUCUUAGCGCGCAG_AUCCUGCAAGGCCGUUGAACUGGAUC___________GGACCG_____GAC_CC
........(((((....))..((((..((((((((.((((((((((........))))..))).))).))))))))..))))...............).))............ (-34.06 = -34.58 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:15:23 2006