Locus 6435

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	16,131,070 – 16,131,199
Length	129
Max. P	0.701388

overview

Window 4

Location	16,131,070 – 16,131,168
Length	98
Sequences	5
Columns	100
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.72
Mean single sequence MFE	-28.90
Consensus MFE	-21.36
Energy contribution	-20.72
Covariance contribution	-0.64
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.27
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	0.35
SVM RNA-class probability	0.701388
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16131070 98 + 22224390
CUAUUGGUAUAUAUGUGCGUGCGUAUGUAAUGCAGCGACACACAAAUAUGUGCAUACUAUAUAUUGCGCACCUUGUGGAACUGCAACUGUG--UGUGCUC
......((((.(((((((....)))))))))))(((.(((((((....((((((..........))))))((....)).........))))--)))))). ( -27.20)
>DroSec_CAF1 4151 100 + 1
CUAUUGGUAUAUAUGUGCGUGCGUAUGUAAUGCAGCGACAUAUAUAUAUGUGCAUACUAUAUAUUGCGCACCUUGUGGAACUGCAACUGUGUGUGUGCUC
......((((((((((((((((((.....))))).)).)))))))))))..((((((.((((((((((..((....))...))))).))))))))))).. ( -33.50)
>DroSim_CAF1 4166 98 + 1
CUAUUCGUAUAUAUGUGCGUGCGUAUGUAAUGCAGCGACAUAUAUAUAUGUGCAUACUAUAUAUUGCGCACCUUGUGGAACUGCAACUGUG--UGUGCUC
.....(((((((((((((((((((.....))))).)).)))))))))))).((((((.(((..(((((..((....))...))))).))))--))))).. ( -31.30)
>DroEre_CAF1 4205 98 + 1
CUAUUGGUAUAUAUGUGCGUGCGUAUGUAAUGCAGUGACAUACAUAUAUGUGCAUACUAUGUAUUGCGCACCUUGUCGAACUGCAACUGUG--UGCGCUC
.....(((((((((((((..(..((((((.((......))))))))..)..))))).))))))))(((((((((((......))))..).)--))))).. ( -28.30)
>DroYak_CAF1 4235 98 + 1
CUAUUGGUAUAUAUGUGAGUGCGUAUGUAAUGCAGCAAUAUACAUAUAUGUGCAUACUAUGUAUUGCGCACCUUGUCGAACUACAACUGUG--UGUGCUC
........(((((((((..(((((((...)))).)))...)))))))))(..(((((..((((...(((.....).))...))))...)))--))..).. ( -24.20)
>consensus
CUAUUGGUAUAUAUGUGCGUGCGUAUGUAAUGCAGCGACAUACAUAUAUGUGCAUACUAUAUAUUGCGCACCUUGUGGAACUGCAACUGUG__UGUGCUC
......(((((((((((.((((((.((.....))))).))).)))))))))))............(((((..((((......)))).......))))).. (-21.36 = -20.72 +  -0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	16,131,100 – 16,131,199
Length	99
Sequences	5
Columns	101
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.59
Mean single sequence MFE	-26.28
Consensus MFE	-18.44
Energy contribution	-18.80
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.67
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.632210
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16131100 99 - 22224390
UGUACAAUGUACAAUGAACAUACAUUUAUGUGAGCACA--CACAGUUGCAGUUCCACAAGGUGCGCAAUAUAUAGUAUGCACAUAUUUGUGUGUCGCUGCA
(((((...)))))..((.((((((..((((((...((.--....(((((.((.((....)).))))))).....))...))))))..))))))))...... ( -26.30)
>DroSec_CAF1 4181 101 - 1
UGUACAAUGUACAAUGUACAUACAUUUAUGUGAGCACACACACAGUUGCAGUUCCACAAGGUGCGCAAUAUAUAGUAUGCACAUAUAUAUAUGUCGCUGCA
((((((........)))))).((((.((((((.(((.((.....(((((.((.((....)).))))))).....)).))).))))))...))))....... ( -23.50)
>DroSim_CAF1 4196 99 - 1
UGUACAAUGUACAAUGUACAUACAUUUAUGUGAGCACA--CACAGUUGCAGUUCCACAAGGUGCGCAAUAUAUAGUAUGCACAUAUAUAUAUGUCGCUGCA
((((((........)))))).((((.((((((.(((.(--(...(((((.((.((....)).))))))).....)).))).))))))...))))....... ( -22.70)
>DroEre_CAF1 4235 99 - 1
UGUACAAUAUACGAUUCACAUACAUUUAUGUGAGCGCA--CACAGUUGCAGUUCGACAAGGUGCGCAAUACAUAGUAUGCACAUAUAUGUAUGUCACUGCA
.................((((((((.((((((.(((((--(...((((.....))))...)))))).((((...)))).)))))).))))))))....... ( -29.70)
>DroYak_CAF1 4265 99 - 1
UGUACAAUGUACAAUGCACAUACAUUUAUGUGAGCACA--CACAGUUGUAGUUCGACAAGGUGCGCAAUACAUAGUAUGCACAUAUAUGUAUAUUGCUGCA
.(((((((((((((((..(((((...((((((.((.((--(...((((.....))))...))).))..)))))))))))..)))...))))))))).))). ( -29.20)
>consensus
UGUACAAUGUACAAUGCACAUACAUUUAUGUGAGCACA__CACAGUUGCAGUUCCACAAGGUGCGCAAUAUAUAGUAUGCACAUAUAUGUAUGUCGCUGCA
(((((...)))))....((((((((.((((((...((.......(((((.((.(......).))))))).....))...)))))).))))))))....... (-18.44 = -18.80 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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