Locus 6151

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	15,717,383 – 15,717,657
Length	274
Max. P	0.987427

overview

Window 6

Location	15,717,383 – 15,717,503
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.63
Mean single sequence MFE	-38.38
Consensus MFE	-32.70
Energy contribution	-32.18
Covariance contribution	-0.52
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.37
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	0.38
SVM RNA-class probability	0.714248
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15717383 120 + 22224390
CUGAUUGCGAGCCCAGUUUGCAGACACCCAGGUGAUUACUGUUUGCGUUUGCAUUUGCGGCGGCAUUAAGAUCACUUGAUAUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGUUUUGUUA
..((((((..(((((...(((((((.(.(((.......)))...).)))))))...(((.((((.((((((((...........)))).)))))))).))).))))).))))))...... ( -37.60)
>DroSec_CAF1 866 120 + 1
CUGAUUGCGAGCCCAGUUUGCAGACACCCAGGUGAUUACUGUUUGCGUUUGCAUUCGCGGCGGCAUUAAGAUCACUUGAUAUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGCUUUGUUA
....((((..((((((..(((((((.(.(((.......)))...).)))))))..)(((.((((.((((((((...........)))).)))))))).))).))))).))))........ ( -37.30)
>DroSim_CAF1 214 120 + 1
CUGAUUGCGAGCCCAGUUUGCAGACACCCAGGUGAUUACUGUUUGCGUUUGCAUUCGCGGCGGCAUUAAGAUCACUUGAUAUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGUUUUGUUA
..((((((..((((((..(((((((.(.(((.......)))...).)))))))..)(((.((((.((((((((...........)))).)))))))).))).))))).))))))...... ( -39.50)
>DroEre_CAF1 890 114 + 1
CUGAUUGCGAGGCCAAUUUGCAGACACCCAGGUGAUUGCUGUUUGCGUUUGCA------GCGGCAUUAAGAUCACUUGAUAUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGAGGGCAGCGGUUUUGUCA
......((((((((.....((((.(((....))).)))).(((.((.((((((------.((((.((((((((...........)))).)))))))).)))))).))))))))))))).. ( -39.30)
>DroYak_CAF1 246 114 + 1
CUGAUUGCGAACCCAGUUUGCAGACGCCCAGGUGAUUGCUGUUUGCGUUUGCA------GCGGCAUUAAGAUCACUUGAUAUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGAGGGCAGCGGUUUUGUCA
.....(((((((...)))))))(((...(((((((((((((((.((....)))------)))))).....)))))))).............((((((.(((....))).)))))).))). ( -38.20)
>consensus
CUGAUUGCGAGCCCAGUUUGCAGACACCCAGGUGAUUACUGUUUGCGUUUGCAUU_GCGGCGGCAUUAAGAUCACUUGAUAUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGUUUUGUUA
.....(((((((...)))))))((((..(((((((((......(((...(((.......))))))....))))))))).............((((((.(((....))).)))))))))). (-32.70 = -32.18 +  -0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	15,717,463 – 15,717,577
Length	114
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.21
Mean single sequence MFE	-35.06
Consensus MFE	-30.28
Energy contribution	-30.44
Covariance contribution	0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.44
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	0.71
SVM RNA-class probability	0.829576
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15717463 114 + 22224390
AUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGUUUUGUUACGUGCAAUUGGUCAAUAGUGU---UACUCGUGGCGGGGGAAUUGUGAGAUUUUUUGGUGUCGCUGC---UGCUGCCAGUA
.....((((((((.(..(..(((((.(((.....))))))))..)....).))))))))..---......((((((.((....((((.(((....))).))))..)---).))))))... ( -35.70)
>DroSec_CAF1 946 120 + 1
AUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGCUUUGUUACGUGCAAUUGGUCAAUAGUGUUAUUACUCGUGGCGGGGGAAUUGUGAGAUUUUUUGGUGUCGCUGCUGCUGCUGCCAGUA
.....((((((((((((.(((....))).)))).((((.....))))....)))))))).....((((.(..((((.((....((((.(((....))).))))..)).))))..).)))) ( -39.30)
>DroSim_CAF1 294 120 + 1
AUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGUUUUGUUACGUGCAAUUGGUCAAUAGUGUUAUUACUCGUGGCGGGGGAAUUGUGAGAUUUUUUGGUGUCGCUGCUGCUGCUGCCAGUA
.....((((((((.(..(..(((((.(((.....))))))))..)....).)))))))).....((((.(..((((.((....((((.(((....))).))))..)).))))..).)))) ( -38.40)
>DroEre_CAF1 964 111 + 1
AUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGAGGGCAGCGGUUUUGUCACAUGCAAUUGGUCAAUAGUGU---UACUUGUGGCGGGGGAAUUGUGAGAUUUUUUGGUGUCGCUG------CUGCCAGUA
.............((((((((.((((((.(((...(.(((((.....((.((((..((...---..))..)))).)).....))))).)....))).)))).)))------).)))))). ( -30.80)
>DroYak_CAF1 320 111 + 1
AUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGAGGGCAGCGGUUUUGUCACAUGCAAUUGGUCAAUAGUGU---UACUCGUGGCGGGGGAAUUGUGAGAUUUUUUGGUGUCGCUG------CUGCCAGUA
.............((((((((.((((((.(((...(.(((((.....((.((((..((...---..))..)))).)).....))))).)....))).)))).)))------).)))))). ( -31.10)
>consensus
AUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGUUUUGUUACGUGCAAUUGGUCAAUAGUGU___UACUCGUGGCGGGGGAAUUGUGAGAUUUUUUGGUGUCGCUGC___UGCUGCCAGUA
.....((((((((.(...(((((((((((.....))))).))))))...).))))))))...........((((((.......((((.(((....))).))))........))))))... (-30.28 = -30.44 +   0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	15,717,540 – 15,717,657
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.29
Mean single sequence MFE	-40.40
Consensus MFE	-39.54
Energy contribution	-39.74
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.53
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	2.08
SVM RNA-class probability	0.987427
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15717540 117 - 22224390
AGCCUGCCAUCGCUGGGCGUUGGUGGCGCCGUAUCGCAUAGUCAUGACCACAUUGACGUUGGUGUGAUUCACGCCAGUUGUACUGGCAGCA---GCAGCGACACCAAAAAAUCUCACAAU
.((((((....)).)))).((((((.(((.(((((((((.((((((....)).))))....)))))))....(((((.....)))))....---)).))).))))))............. ( -41.20)
>DroSec_CAF1 1026 120 - 1
AGCCUGCCAUCGCUGGGCGUUGGUGGCGCCGUAUCGCAUAGUCAUGACCACAUUGACGUUGGUGUGAUCCACGCCAGUUGUACUGGCAGCAGCAGCAGCGACACCAAAAAAUCUCACAAU
.((((((....)).)))).((((((.(((.(.(((((((.((((((....)).))))....))))))).)..(((((.....))))).((....)).))).))))))............. ( -41.50)
>DroSim_CAF1 374 120 - 1
AGCCUGCCAUCGCUGGGCGUUGGUGGCGCCGUAUCGCAUAGUCAUGACCACAUUGACGUUGGUGUGAUCCACGCCAGUUGUACUGGCAGCAGCAGCAGCGACACCAAAAAAUCUCACAAU
.((((((....)).)))).((((((.(((.(.(((((((.((((((....)).))))....))))))).)..(((((.....))))).((....)).))).))))))............. ( -41.50)
>DroEre_CAF1 1041 114 - 1
AGCCUGCCACCGCUGGGCGUUGGUGGCGCCGUAUCGCAUAGUCAUGACCAUAUUGACGUUGGUGUGAUCCACGCCAGUUGUACUGGCAG------CAGCGACACCAAAAAAUCUCACAAU
.((((((....)).)))).((((((.(((.(((((((((.((((.........))))....)))))))....(((((.....))))).)------).))).))))))............. ( -41.00)
>DroYak_CAF1 397 114 - 1
AGCCUGCCAUCGCUGGGCGUUGGUGGCGCCGUAUCGCAUAGUCAUGACCAUAUUGACGUUGGUGUAAUUCACGCCAGUUGUACUGGCAG------CAGCGACACCAAAAAAUCUCACAAU
.((((((....)).)))).((((((.(((.((...((((.((((.........))))....)))).......(((((.....))))).)------).))).))))))............. ( -36.80)
>consensus
AGCCUGCCAUCGCUGGGCGUUGGUGGCGCCGUAUCGCAUAGUCAUGACCACAUUGACGUUGGUGUGAUCCACGCCAGUUGUACUGGCAGCA___GCAGCGACACCAAAAAAUCUCACAAU
.((((((....)).)))).((((((.(((.(.(((((((.((((.........))))....))))))).)..(((((.....)))))..........))).))))))............. (-39.54 = -39.74 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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