Locus 6119

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	15,678,817 – 15,679,014
Length	197
Max. P	0.677274

overview

Window 3

Location	15,678,817 – 15,678,934
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.73
Mean single sequence MFE	-27.03
Consensus MFE	-21.10
Energy contribution	-20.94
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.30
SVM RNA-class probability	0.677274
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15678817 117 - 22224390
AAACCGGUGAAUA--UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCAAGCGAACAUGCAGAUAAAAUGCGUAUCAGAUGAUGAAAAUAAAGUAAAC-UUUUUUUUUGCAUUGCGCUGCAUAAUGGUUUU
((((((((((...--.((......))..)))))..(((.(((...(((((.......)))))....((((.((((((.((((....)-))).)))))))))).)))))).....))))). ( -27.70)
>DroSec_CAF1 6413 116 - 1
AAACCGGUGUAUA--UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCAAGCGAACAUGCAGACAAAAUGCGUAUCAGAUGAUGAAAAUAAAGUAAAC-UUU-UUUUUGCAUUGCGCUGCAUAAUGGUUUU
(((((((((.(((--...........)))))))............((((((....(((((.((((....))))((((.((((....)-)))-.)))))))))...))))))...))))). ( -27.00)
>DroSim_CAF1 3159 116 - 1
AAACCGGUGUAUA--UAUAGUACCAUUGUCACCAAGCAAGCGAACAUGCAGACAAAAUGCGUAUCAGAUGAUGAAAAUAAAGUAAAU-UUU-UUUUUGCAUUGCGCUGCAUAAUGGUUUU
(((((((((.(((--...........)))))))..(((.(((...(((((((.(((((((.((((....))))........)))...-)))-).)))))))..)))))).....))))). ( -26.40)
>DroEre_CAF1 5418 118 - 1
AGACCGGUGUAUAUAUAUAGUACCAUUGUCACCAAGCACACGAACAUGCAGACAAAAUGCGUAUCAGAGGAUGAAAAUAAAGUAAAC-UUU-UUUUUGCAUUGCUCUGCAUAAUGGUUUU
(((((((((.(((.............)))))))............(((((((...(((((.((((....))))((((.((((....)-)))-.)))))))))..)))))))...))))). ( -27.52)
>DroYak_CAF1 3177 117 - 1
AAACCGGUGUAUA--UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCACACGAACAUGCAGACAAAAUGCGUAUCAGAGGAUGAAAAUAAAGUAAACGUUU-UUUUUGCAUUGCUCUGCAUAAUGGUUUU
(((((((((.(((--...........)))))))............(((((((...((((((....((((((((.............)))))-))).))))))..)))))))...))))). ( -26.52)
>consensus
AAACCGGUGUAUA__UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCAAGCGAACAUGCAGACAAAAUGCGUAUCAGAUGAUGAAAAUAAAGUAAAC_UUU_UUUUUGCAUUGCGCUGCAUAAUGGUUUU
(((((((((.(((.............)))))))............((((((....(((((..(((....)))(((((.(((.......))).))))))))))...))))))...))))). (-21.10 = -20.94 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	15,678,896 – 15,679,014
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.75
Mean single sequence MFE	-28.32
Consensus MFE	-23.44
Energy contribution	-24.24
Covariance contribution	0.80
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.29
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	-0.01
SVM RNA-class probability	0.527267
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15678896 118 - 22224390
UGAUCGUGUGUGGUAUGAUAAUGGAUACCUUAUCAUCGGAACGCACUUUGUUAUCUAGCAGAGCUGACUCACUUAUAUAAAAACCGGUGAAUA--UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCAAG
......(((.((((..((((((((((....(((((((((.........((((....))))(((....))).............)))))).)))--....)).)))))))))))).))).. ( -28.10)
>DroSec_CAF1 6491 118 - 1
UGAUCGUGUGUGGUAUGAUAAUGGAUACCUUAUCAUCGGAACGCACUUUGUUAUCUAGCAGAGCCGACUCACUUAUAUAAAAACCGGUGUAUA--UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCAAG
......(((.((((..((((((((((....(((((((((.........((((....))))(((....))).............)))))).)))--....)).)))))))))))).))).. ( -28.10)
>DroSim_CAF1 3237 118 - 1
UGAUCGUGUGUGGUAUGAUAAUGGAUACCUUAUCAUCGGAACGCACUUUGUUAUCUAGCAGUGCCGACUCACUUAUUUAAAAACCGGUGUAUA--UAUAGUACCAUUGUCACCAAGCAAG
......(((.((((..((((((((.(((..(((((((((...(((((..(((....)))))))).(.....)...........)))))).)))--....))))))))))))))).))).. ( -30.10)
>DroEre_CAF1 5496 117 - 1
UGAUCGUGUGUGGUAUGAUA-UGGAUAACUUAUCAUCGGAAUACAC--UGUUAUCUAGCAGAGCCGACUCACUUAUAUAAAGACCGGUGUAUAUAUAUAGUACCAUUGUCACCAAGCACA
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>DroYak_CAF1 3256 117 - 1
UGAUCGUGUGUGAUAUGAUA-UGGAUACCUUAUCAUCGGAAUACACCGUGUUAUCUAGCAGAGCCGACUCACUUAUAUAAAAACCGGUGUAUA--UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCACA
.....(((((((((((((((-.((...)).)))))..(((((((((((((((....))))(((....)))..............)))))))).--.....)))...))))))...)))). ( -28.50)
>consensus
UGAUCGUGUGUGGUAUGAUAAUGGAUACCUUAUCAUCGGAACGCACUUUGUUAUCUAGCAGAGCCGACUCACUUAUAUAAAAACCGGUGUAUA__UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCAAG
......(((.(((..((((((((((((...(((((((((.........((((....))))(((....))).............)))))).)))..)))....)))))))))))).))).. (-23.44 = -24.24 +   0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

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