Locus 6098

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,639,206 – 15,639,317
Length 111
Max. P 0.919927
window9910

overview

Window 0

Location 15,639,206 – 15,639,317
Length 111
Sequences 4
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.42
Mean single sequence MFE -29.27
Consensus MFE -26.05
Energy contribution -25.67
Covariance contribution -0.38
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 1.13
SVM RNA-class probability 0.919927
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15639206 111 + 22224390
UGCUGUGCUGUGCAGUGCUGUAUGCGUUUAUUUGACAGCUUAUGAAUCACCCACAAAGAUUUAUUUGUGCUGAUUGCAGCACAACUGUUGCACCCCAU-UCAAAAAAAAAAC
((..((((...((((((((((.............)))))..(((((((.........))))))).(((((((....)))))))))))).))))..)).-............. ( -28.82)
>DroSec_CAF1 3876 111 + 1
UGCUGUGCUGUGCAGUGCUGUAUGCGUUUAUUUGACAGCUUAUGAAUCACCCGCAAAGAUUUAUUUGUGCUGAUUGCAGCACAACUGUUGCACCCCAU-UCAAAAAAAAAAU
((..((((...((((((((((.............)))))..(((((((.........))))))).(((((((....)))))))))))).))))..)).-............. ( -28.82)
>DroSim_CAF1 3868 111 + 1
UGCUGUGCUGUGCAGUGCUGUAUGCGUUUAUUUGACAGCUUAUGAAUCACCCGCAAAGAUUUAUUUGUGCUGAUUGCAGCACAACUGUUGCACCCCAU-UCAAAAAAAAAAC
((..((((...((((((((((.............)))))..(((((((.........))))))).(((((((....)))))))))))).))))..)).-............. ( -28.82)
>DroEre_CAF1 3527 109 + 1
UGCUGUGCUGUGCUGAGCUGUGUGCAUUUAUUUGACAGCUUAUGAAUCACCCGCAAAGAUUCAUUUGCGCUGAUUGCAGCACAACUGUUGCACCCACUUUCAAAAAACA---
(((((((((((..((((((((...((......))))))))))..(((((..((((((......)))))).)))))))))))))......))).................--- ( -30.60)
>consensus
UGCUGUGCUGUGCAGUGCUGUAUGCGUUUAUUUGACAGCUUAUGAAUCACCCGCAAAGAUUUAUUUGUGCUGAUUGCAGCACAACUGUUGCACCCCAU_UCAAAAAAAAAAC
(((((((((((.....(((((.............))))).....(((((..((((((......)))))).)))))))))))))......))).................... (-26.05 = -25.67 +  -0.38)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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