Locus 6074

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,597,675 – 15,597,795
Length 120
Max. P 0.547366
window9861

overview

Window 1

Location 15,597,675 – 15,597,795
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.78
Mean single sequence MFE -43.00
Consensus MFE -27.13
Energy contribution -26.30
Covariance contribution -0.83
Combinations/Pair 1.54
Mean z-score -1.42
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.03
SVM RNA-class probability 0.547366
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15597675 120 - 22224390
GAGCACAUACCCAGCAGGGCCACGUCUCGCUGGGGUAUCUGUUCGAAGAGGUCGAGCACCAUGAGUGGAGUCAGCUCCUCGGCUGUGCUGUAAUUGCCCAGCGUUGAGUUGAGGUCACGA
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>DroVir_CAF1 8956 120 - 1
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>DroGri_CAF1 613 120 - 1
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(((((.((((((((.((((......))))))).))))).))))).....((((.(((.((.(((((((......)))))))..)).)))........(((((.....))))))))).... ( -49.20)
>DroWil_CAF1 39484 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 569 120 - 1
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>DroPer_CAF1 562 120 - 1
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>consensus
GAGCACAUGCCCAGCAAGGCCACAUCACUCUGCGGUAUCUGCUCGAACAGAUCGAGCACCAUGAGCGGAGUUAGCUCCUCGGCCGCGCUGUAAUUGCUCAGCGUUAGAUUAAGAUCACGA
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alignment

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secondary structure

Postscript

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