Locus 6006

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	15,424,249 – 15,424,369
Length	120
Max. P	0.987325

overview

Window 7

Location	15,424,249 – 15,424,369
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.61
Mean single sequence MFE	-40.97
Consensus MFE	-37.58
Energy contribution	-38.38
Covariance contribution	0.81
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-1.10
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	0.31
SVM RNA-class probability	0.682900
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15424249 120 + 22224390
UGGAGCGCAGGAAGCGCUCCAGCUUGUCCGGCUCCAUGUAGACAUCGUCGUCCGCCCGGAUGAACCACUCGAAGCGGUCGAUGUAGUGCUCGUACAUGUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU
((((((((.....))))))))....((((.....((((...((((((((((((....))))))(((.(.....).))))))))).(((((.((((.....)))))))))))))..)))). ( -48.60)
>DroPse_CAF1 16342 120 + 1
UGGAACGCAGGAAGCGCUCCAGCUUGUUCGGCUCCAUGUACACAUCGUCGUCGGCACGGAUAAACCACUCGAAGCGGUCGAUGUAGUGCUCGUACAUAUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU
((((.(((.....))).))))....((((.....((((...(((((((((((((...((.....))..)))..)))).)))))).(((((.((((.....)))))))))))))..)))). ( -34.70)
>DroSec_CAF1 14412 120 + 1
UGGAGCGCAGGAAGCGCUCCAGCUUGUCCGGCUCCAUGUAGACAUCGUCGUCCGCCCGGAUGAACCACUCGAAGCGGUCGAUGUAGUGCUCGUACAUGUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU
((((((((.....))))))))....((((.....((((...((((((((((((....))))))(((.(.....).))))))))).(((((.((((.....)))))))))))))..)))). ( -48.60)
>DroEre_CAF1 13261 120 + 1
UGGAGCGUAGGAAGCGUUCCAGCUUGUCCGGCUCCAUGUAGACAUCGUCGUCCGCCCGAAUGAACCACUCGAAGCGGUCGAUGUAGUGCUCGUACAUGUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU
((((((((.....))))))))....((((.(((.((((((((((((((((.((((.(((.((...)).)))..)))).)))))..))).)).)))))).))).((......))..)))). ( -43.60)
>DroYak_CAF1 12871 120 + 1
UGGAGCGUAGGAAGCGUUCCAGCUUAUCCGGCUCCAUGUAGACAUCGUCGUCCGCCCGGAUGAACCACUCAAAGCGAUCGAUGUAGUGCUCGUACAUGUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU
((((((...((((((......)))..))).)))))).....((((((((((((....)))))).....((.....)).)))))).(((((.((((.....)))))))))........... ( -38.00)
>DroPer_CAF1 16275 120 + 1
UGGAACGCAGGAAGCGCUCCAGCUUGUUCGGCUCCAUGUACACAUCGUCGUCGGCACGGAUAAACCACUCGAAGCGGUCGAUGUAGUGUUCGUACAUAUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU
((((.(((.....))).))))....((((.....((((...(((((((((((((...((.....))..)))..)))).)))))).(((((.((((.....)))))))))))))..)))). ( -32.30)
>consensus
UGGAGCGCAGGAAGCGCUCCAGCUUGUCCGGCUCCAUGUAGACAUCGUCGUCCGCCCGGAUGAACCACUCGAAGCGGUCGAUGUAGUGCUCGUACAUGUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU
((((((((.....))))))))....((((.....((((...((((((((((((....))))))(((.(.....).))))))))).(((((.((((.....)))))))))))))..)))). (-37.58 = -38.38 +   0.81)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	15,424,249 – 15,424,369
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.61
Mean single sequence MFE	-44.30
Consensus MFE	-39.51
Energy contribution	-40.27
Covariance contribution	0.75
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.12
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	2.07
SVM RNA-class probability	0.987325
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15424249 120 - 22224390
AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUACAUGUACGAGCACUACAUCGACCGCUUCGAGUGGUUCAUCCGGGCGGACGACGAUGUCUACAUGGAGCCGGACAAGCUGGAGCGCUUCCUGCGCUCCA
.((((((((((.((((((((.....)))).))))..(((((((((((.....)))))((.(((....))).))))))))...))))))...)))).....(((((((.....))))))). ( -50.70)
>DroPse_CAF1 16342 120 - 1
AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUAUAUGUACGAGCACUACAUCGACCGCUUCGAGUGGUUUAUCCGUGCCGACGACGAUGUGUACAUGGAGCCGAACAAGCUGGAGCGCUUCCUGCGUUCCA
....(((((((.((((((((.....)))).)))).((((((((((((.....))))).....(((....))).)))))))..)))))))...........(((((((.....))))))). ( -43.90)
>DroSec_CAF1 14412 120 - 1
AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUACAUGUACGAGCACUACAUCGACCGCUUCGAGUGGUUCAUCCGGGCGGACGACGAUGUCUACAUGGAGCCGGACAAGCUGGAGCGCUUCCUGCGCUCCA
.((((((((((.((((((((.....)))).))))..(((((((((((.....)))))((.(((....))).))))))))...))))))...)))).....(((((((.....))))))). ( -50.70)
>DroEre_CAF1 13261 120 - 1
AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUACAUGUACGAGCACUACAUCGACCGCUUCGAGUGGUUCAUUCGGGCGGACGACGAUGUCUACAUGGAGCCGGACAAGCUGGAACGCUUCCUACGCUCCA
.((((((((((.((((((((.....)))).))))..((((((.(((((.((((((...)))))))))))....))))))...))))))...)))).....(((.((.......)).))). ( -42.20)
>DroYak_CAF1 12871 120 - 1
AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUACAUGUACGAGCACUACAUCGAUCGCUUUGAGUGGUUCAUCCGGGCGGACGACGAUGUCUACAUGGAGCCGGAUAAGCUGGAACGCUUCCUACGCUCCA
.((((...((((.(((((((.....)))).)))(((((.((((.....)))))))))))))..))))((((......))))...((((((.(((..(((......))))))...)))))) ( -38.10)
>DroPer_CAF1 16275 120 - 1
AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUAUAUGUACGAACACUACAUCGACCGCUUCGAGUGGUUUAUCCGUGCCGACGACGAUGUGUACAUGGAGCCGAACAAGCUGGAGCGCUUCCUGCGUUCCA
....(((((((.((((((((.....)))))......(((((((((((.....))))).....(((....))).))))))))))))))))...........(((((((.....))))))). ( -40.20)
>consensus
AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUACAUGUACGAGCACUACAUCGACCGCUUCGAGUGGUUCAUCCGGGCGGACGACGAUGUCUACAUGGAGCCGGACAAGCUGGAGCGCUUCCUGCGCUCCA
.((((((((((.((((((((.....)))).))))..(((((((((((.....)))))((.(((....))).))))))))...)))))))...))).....(((((((.....))))))). (-39.51 = -40.27 +   0.75)

alignment

secondary structure

dotplot

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