Locus 5025

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 13,161,587 – 13,161,686
Length 99
Max. P 0.619778
window8183

overview

Window 3

Location 13,161,587 – 13,161,686
Length 99
Sequences 6
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.98
Mean single sequence MFE -34.08
Consensus MFE -25.26
Energy contribution -25.73
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -1.09
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.619778
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13161587 99 + 22224390
GU-GUGGCAC------AAACAGUUUACCUGCAGCUGCAGGAUCUGCUCAGUGACUAUGUGCAGCCAUGCGUCAUGGACUGCAAGGUGGGUGUGCGCACCUAUCUGG
..-(((((((------...(((....(((((....)))))..)))....))).)))).((((((((((...))))).)))))(((((((((....))))))))).. ( -40.60)
>DroVir_CAF1 34954 99 + 1
CU-GUGUUAC------UUUCAGUCUAUUUGCAGCUGCAGGAUCUGCUUAGCGACUAUGUGCAGCCCUGCGUGAUGGACUGCAAAGUGGGUGUGCGCACCUAUCUGG
..-.....((------((((((((((((((((((((((.(...(((...)))....).))))))..)))).))))))))).)))))(((((....)))))...... ( -34.90)
>DroGri_CAF1 26185 100 + 1
GC-CCGGCAU-U----UUGCAGUCUAUUUGCAGCUGCAGGAUCUGUUGAGCGACUACGUGCAGCCGUGCGUUAUGGACUGCAAGGUGGGCGUGCGCACCUAUCUGG
..-((((...-.----.((((((((((.((((((((((.(....(((....)))..).))))))..))))..))))))))))(((((.(....).)))))..)))) ( -42.50)
>DroYak_CAF1 22947 96 + 1
----------UACCACACACAGUUUAUUUGCAGCUGCAGGAUCUGCUCAGUGACUAUGUGCAGCCGUGCGUGAUGGACUGCAAGGUGGGCGUGCGCACCUAUCUGG
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>DroMoj_CAF1 33317 99 + 1
UU-CGUUUAC------UUUCAGUUUAUCUGCAGCUGCAAGAUCUGCUCAGUGACUAUGUGCAGCCGUGCGUCAUGGAUUGCAAAGUGGGUGUGCGCACCUACCUGG
..-...((((------(...(((..((((((....)).))))..))).))))).....((((((((((...))))).)))))..(((((((....))))))).... ( -29.60)
>DroAna_CAF1 26536 100 + 1
CUUGAAA---UUC---CUCCAGUGUAUCUGCAACUACAGGAUCUGUUGAGCGACUAUGUCCAGCCGUGUGUGAUGGACUGCAAGGUGGGUGUUCGCACUUAUCUGG
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>consensus
CU_GUGG_AC______UUACAGUUUAUCUGCAGCUGCAGGAUCUGCUCAGCGACUAUGUGCAGCCGUGCGUGAUGGACUGCAAGGUGGGUGUGCGCACCUAUCUGG
...................(((((((..((((((((((((.((........))))...))))))..))))...)))))))..(((((((((....))))))))).. (-25.26 = -25.73 +   0.48)

alignment

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secondary structure

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